神宗熙宁二年，苏东坡带了新婚的妻子和弟弟同返京师，这一年正是王安石开始实行新政，掀起了王氏变法的政治风暴，也就是历史上所谓朋党之争，苏氏兄弟也被卷入这场长达八年的风暴之中。
元佑老臣以司马光为首，反对新政，与王安石形同水火，不幸的是，他们一个个都败退下来，削职的削职，罢官的罢官，有的下狱治罪，有的流放异域；主要原因是二十来岁的神宗皇帝，血气方刚，雄心勃勃，一心要富国强兵，而王安石则决心要用他的一套新政达成神宗的理想，获得了神宗的信任，他乃不惜排除一切障碍，雷厉风行，搅得人仰马翻，天下大乱，民怨沸腾。
韩琦三朝为相，虽已遭降职外放，不忍见青苗法为害百性，遂不计个人利害，接连上疏奏明实情，请皇帝废止新法，不可榨取民脂民膏以充国库，供皇帝穷兵黩武。
神宗看了韩琦的奏折，内心虽然有些动摇，但是经不住王安石的一再怂恿，要坚持到底，铲除阻力，接着又将司马光降职，迫范镇辞官。这时恼火了苏东坡，上了一道奏折，对王安石的青苗法展开了毫不留情的攻击，奏折中说：
百姓足，君孰与不足？臣不知陛下所谓富者，富民欤？抑富国欤？今陛下使农民举息而与商贾争利，岂理也哉？而怪其不成乎？夫陛下苟诚心乎为民，则虽或谤之而人不信；苟诚心乎为利，则虽自解释而人不服。吏受贿枉法，人必谓之赃；非其有而取之，人必谓之盗。苟有其实，不敢辞其名。今青苗有二分之息，而不谓之放债取利可乎？今天下以为利，陛下以为义。天下以为贪，陛下以为廉，不胜其纷纭也今天下有心者怒，有口者谤，古之君臣，相与忧勤，以营一代之业者，似不如此区区之忠，惟陛下察之，臣谨昧死。
苏东坡的这篇奏折，并没有发生什么作用。
紧接着御史台的孙觉、吕公着二人，又向神宗陈奏青苗法为害百姓，措词激烈，遭到罢斥，所遗职位立即由王安石的心腹爪牙取代，在短短几个月之内，大臣纷纷遭到罢黜，满朝新贵，清一色都是王的鹰犬。
元老重臣曾公亮、欧阳修、司马光，眼看大势已去，心灰意冷之下，相继辞官，归隐林泉去了。
司马光临去还愤怒不已的向神宗陈奏：
安石以为贤则贤，以为愚则愚；以为是则是，以为非则非。谄附安石者，谓之忠良；攻难安石者，谓之谗慝；臣之才识，固安石之所愚；臣之议论，固安石之所非，伏望圣恩，裁处其罪
神宗皇帝虽然敬重这些老臣，但是已深受王安石的蛊惑，渴望以实行新政而达成富国强兵，好强展能的万丈雄心；所以也就不惜付出铲除一批批反对者的代价，一切听任王安石的摆布了。
如此一来，受害最烈的，还是善良无辜的百姓。
苏东坡如果是一个只图显贵，不计志节的小人，对王安石稍作攀附，即可青云直上；如果他是一个只计个人安危，明哲保身的人，也可以顺水推舟，上要不反对新政，便能平安无事。
但是，良知不容许他那样做，正义感更不容许他沉默。当王安石又要废除科举，改变学制的时候，苏东坡怒吼了，鼓起虽千万人吾往矣的勇气，和宁为玉碎，不作瓦全的决心，再上万言书，以滔滔雄辩，对时政展开严厉的攻击。他早已想过，即使因此而丢职罢宫，甚至下狱治罪，肝脑涂地，也在所不惜了。
东坡在这一次的万言书中，力陈时弊，引经据典，畅所欲言，把满腔忧国忧民的赤诚，及政治见解，君臣之义，兴废利害，毫无隐讳的都宣泄了出来，他说：
得人之道，在于知人，知人之法，在于责实。使君相有知人之明，朝廷有责实之政，则胥史皂隶未尝无人，而况于学校贡举乎？虽因今之法，臣以为有余，使君相不知人，朝廷不责实，则公卿侍从常患无人，而况学校贡举乎？陛下视祖宗之世，贡举之法与今为孰精？言语文章与今为孰优？所得人才与今为孰多？天下之士与今为孰辨？较此四者之长短，其议决矣，
在论及为君之道，东坡阐明孟子所说君权民授之义，应获得民众的拥护，他说：
书曰：予临兆民，凛乎若朽索之御六马，言天下莫危于人主也，聚则为君民，散则为仇雠，聚散之间，不容毫厘，故天下归往谓之王，人各有心谓之独夫，由此观之，人主之所悖者，人心而已。人心之于人主也，如木之有根，如灯之有膏，如鱼之有水，如农之有田，如商贾之有财；木无根则槁，灯无膏则灭，鱼无水则死，农无田则饥，商贾无财则贫，人主失人心则亡，此理之必然，不可逭之灾也，其为可畏，从古已然
意指新政已使黎民怨怼，失去人心，到了惶惶不可终日的地步。
神宗皇帝看了东坡的这篇奏折之后，很快就传旨召见，这给东坡很大的鼓舞，以为皇上终于重视他的意见；神宗称赞他奏折写得很好，而且要他当面再对时政指陈得失，无有所隐。苏东坡也就老实不客气的说：
陛下生知之性，天纵文武，不患不明，不患不勤，不患不断，但患求治太急，听言太广，进人太锐，愿镇以安静，待物之来，然后应之。
皇上听罢悚然动容，虽然没有使他立即降旨废除新政，但是在神宗内心已发生了震撼作用，对新政有了怀疑。
这样一来，苏东坡自然成了王安石的眼中钉，必欲去之而后甘心。
正好不久之后，东坡在进士的策问考试命题中，更触怒了王安石，他出的题目是：
晋武平吴以独断而克；苻坚伐晋以独断而亡；齐桓专任管仲而明；燕哙专任子彘而败，事同而功异，何也？
其意似在影射神宗专任王安石强行新政，将遭恶果；王安石立即发动御史谢景温，对东坡展开攻击，捏造许多流言，罗织东坡的过失，东坡终于被远谪到杭州去做通判。