十五岁的明治天皇虽然冲龄，但已经表现出过人的智慧，受宫中人一致地信服。大政奉还的呼声一天比一天高起来。
如果把当时各方对政局的看法做如下的推定的话：
法国是拥护幕府的。
英国支持萨长、两藩，如果幕府能与合作更好，对大政奉还也赞成。
美国荷兰无意见。
宫廷内的讨幕派以岩仓具视为中心，与王政复古派联合。
王政复古派只要幕府肯在形式上奉还政权就已经满足。
佐幕派主张公武合体。
亲幕派是庆喜的死党。
亲法派主张强化幕府。
长州藩反幕最力。
萨摩藩反幕，但也赞成大政奉还。
土佐藩主张大政奉还，但也不反对反幕。
芸州藩与上同。
宇和岛藩及越前藩均与上同。
会津藩拥护幕府。
由上面的分析看来，土佐藩主张大政奉还最力。土佐藩的代表是山内丰信，山内有个心腹，名叫后藤象二郎，专门替他买军舰，和坂本龙马是朋友。有一次一同乘船由长崎回到京都，途中二人倾谈国事，坂本很多意见，号称船中八策。八策中最重要的几点如下：一、政权由幕府归还给朝廷，政令由朝廷发。二、设上下议政局。三、制订宪法。四、人才登用。五、条约改订。六、整顿海陆军后藤把它修改了一下，上下两院的议长由将军担任，名义上由朝廷发号施令，实权还在将军之手。山内对此案同意，就提出来称为大政奉还案。
【大政奉还案】
大政奉还的呼声刚开始的时候，庆喜已经有了盘算。他想反正幕府现在需要改革，以配合法国方面的要求。法国虽然想强化幕府，但一时力不从心，进行得很慢，而各强藩正虎视眈眈，伺机而动。长州一藩已经对付得很吃力，如果各方都起来进攻，则毫无胜算了。所以不如虚与委蛇，假意同意大政奉还，徐图再起，或者取实弃名，暂时放弃将军之名，以观后变。
山内提出的方案，远比庆喜想像的要缓和得多。这方案似乎只要庆喜做列藩会议的议长，其他对幕府的态度和要求似乎没有多大的改变。庆喜的属员和策士们则想因此可以大大地加强幕府的势力，挟天皇以令诸侯。至于各外国的看法如何呢？英国大使最为高兴。他以为从此幕府一切权限都转移到天皇，日本将真正成为以朝廷为中心的国家了。法国大使正在热海度假，听见这个大政奉还的消息马上赶到江户来。他非常惊讶，立刻召集会议，研判的结果认为，对庆喜的名声不会有太大的坏影响。如果天皇要议订宪法，召集会议的话，议长必定是将军。倘若有人反对，就立刻退席回到江户，徐图再起。如果起冲突的话，一定是将军这面得胜。日本如果想近代化，则非将军莫属，这便是法国人的想法。
【天皇的密敕】
大政奉还案是相当缓和，与讨幕派有很大的距离。坚持讨幕的只有长州藩，其余的强藩都是两面赞成，但这时忽然出现了密敕，是天皇的诏书，文曰：
源庆喜，借累世之威，恃阖族之强，妄贼害忠良，数弃绝王命，遂矫先帝之诏而不惧，跻万民于沟壑而不顾，罪恶所至，神州将倾覆焉。朕今为民父母，是贼而不讨，何以上对先帝之灵，下报万民之深雠哉。此朕之忧愤之所在，谅阖而不顾者，万不可已也。汝宜体朕之意，殄戮贼臣庆喜，以速奏回天之伟勋，而措生灵于山岳之安。此朕之愿，无敢或懈。
原文就是汉文。总共有两份，一份给萨摩藩，另外一份是给长州藩。当时没有复印机，两份都是手写的。文章是有名的汉学家玉松操所撰拟。主意大概是岩仓具视、正亲町和三条实美三人所出。不管这密敕是否真的，但它的作用却很大。这份密敕与庆喜的大政奉还的奏章同时到达。于是萨、长两藩暂时把密敕收起，静观庆喜以后的动向。庆喜接到大政奉还案之后，想想索性把将军职位也辞掉，看朝廷究竟怎么样来处置他。庆喜总以为朝廷必无他法，只有请他复位。谁知岩仓早料到他有以退为进的奸计，已经和西乡隆盛、大久保一藏联络过，预备将密敕公开出来，实行讨幕。不过因为庆喜还好像另有意见，朝廷各公卿又将讨幕行动延期，各公卿很怕会打起仗来，决定召集十万石以上的诸藩主来京都开会。诸藩主里当然有很多是忠于幕府的，于是反幕派与拥幕派两方都调集大军，成为对峙的局面。
【五藩政变】
到了庆应三年的十一月十五日，讨幕志士坂本龙马和中冈慎太郎被人杀死了。两人都是年才三十刚出头的英才，这对讨幕派是一大打击。于是讨幕派不能不早一点行动，以大久保及岩仓二人为中心，要计划举行一次政变，以王政复古为号召。他们先跟西乡商议好，又与长州的藩士品川弥二郎协议，由大久保西乡等的萨摩藩志士和土佐、芸州、尾张、越前共五藩的藩士联合起来，举行政变。在这一天的朝议里，先恢复了长州藩主父子的官位，凡是被幕府判有罪的人员一概赦免，由朝廷发布王政复古的大号令，接受将军的辞职与奉还大政，并废止幕府、摄政、关白等机构，新设总裁、议定、参与等三职。当晚的会议中，很显然地讨幕派压倒了公武合体派，不顾妥协派的反对，决定命令庆喜辞官献地。幕府算是完了。
统治了日本将近三百年的德川朝，在十五代将军庆喜之手亡了。庆喜怎么能甘心？辞官他不在乎，但是献地就不简单了。究竟应该献多少地，怎么订，这与每年的收入有关。几经商讨，都没有结果。
关于献地问题的确很费思量。一般的意见认为土地应该属于天皇所有。天皇的东西应该归还给天皇。既然要命德川庆喜献地，那其他各藩将如何呢？当时废藩置县的议论，尚未成熟。庆喜顽强抗命，好像很有理由。权谋政治家岩仓具视深怕把事情弄僵，建议将献地问题暂时不谈，只请庆喜晋京来就新政府给他的议定的官位。
【庆喜忘形】
他果然来了，也完成了就任议定的手续。一切都很顺利，似乎双方已经没有敌意。倘若没有新变化，可以说王政复古的政变是毫无意义了。讨幕可以算是完全失败。但是事情忽然又有了转变。庆喜做了官，一时忘形，急于想报复，发表了萨藩的罪状，进行讨萨行动。他调动了他在鸟羽和伏见的大军，总共有一万五千人，进发京都。而这时萨摩藩只有兵三千，连同长州兵一千五百人，加起来还不够庆喜三分之一的兵力。不过接战以后，幕府军大败，全军朝大阪退去。庆喜和少数亲信逃离大阪城，由海路乘船回到了江户。大败的原因很多，当然是因为幕府军的武器不够精良，训练不足，指挥有缺陷。但是最主要的是士气低落。大家认为德川朝气数已尽，神又降临到天皇这边了。这次的胜利对讨幕派影响太大，诸小藩本来心存观望的，都反起幕来，大阪的大商人也都支持新政府，财政的收入方面有了很大的转变。这可以说是在戊辰这一年的内战中最具有决定性的一战。庆喜逃到江户后，不知怎么办才好。是认罪呢？还是抗争呢？他没有主意。他在朝廷里的朋友纷纷替他讲情，说这不是他的错，是他手下人蛮干所致。法国人也替他说情，不过都没有用。朝廷还是不肯饶他，他只有到上野大慈寺去自己关闭自己。不过仗还是照打。朝廷正式发了追讨令，文曰：
庆喜之反状已明，始终欺诈朝廷，大逆无道，不得不加讨伐，敉平贼徒，以救万民于涂炭。
并将他的官位、土地一概褫夺，任命了有栖川宫炽仁亲王为大总督，率军分三路进军东征。所到之处都势如破竹，很快就到了江户城下。这时幕府的陆军总裁是胜海舟，虽然当时幕府的海军还有相当战斗力量，但胜海舟见大势已去，不如劝庆喜认罪表示恭顺，才是国家之褔。庆喜接纳了胜的意见，也同时请住在轮王寺的家茂夫人和宫说情，请饶一命和存续德川家的命脉。
【山冈铁太郎的忠义】
不过萨摩藩的西乡隆盛和大久保都不肯。西乡说和宫虽然是天皇的公主，但也是贼党，无权过问。非命庆喜切腹不可。大久保说庆喜之罪为天地之所不容。可是到了三月里，他们的态度突然都软化了。山冈铁太郎是德川家里的人，很有骨气，有心救主。他想直接去求大总督有栖川殿下赦免庆喜，碰巧遇见了胜海舟。他知道胜与西乡隆盛相识，求胜写一封信给西乡以便晋见。他穿过了好多关卡终于到达。西乡怜他是个忠义之士，又有胜的情谊，慨然许诺，开出七项条件，庆喜若能接受，则可赦免他并准允德川家存续。
不过第一条山冈就不能接受。第一条是庆喜必须由备前藩看管。备前虽非蛮荒之地，到底是异乡，庆喜总不能受人管束。至于其他各条，山冈认为都还合理。于是辩论终日，不得结果而散。西乡感于山冈的忠义，答应此一问题他慢慢地设法解决。几天过后，胜到了江户，马上去看西乡，顺便带了山冈所改的七项条款。他只将第一条改为由庆喜引退到水户，其余更动了几个字，文意照旧。胜海舟将原件递给西乡，西乡一字不改就呈给大总督通过了。就这样庆喜得以不杀。