文久二年八月里，四个英国人从香港来日本避暑，四人之中有一位是女人，他们乘星期天骑马郊游，有人关照他们叫他们小心，这四人说：不要紧，我们有信心，跟亚洲人相处惯了，知道他们的习性，不用怕。他们从横滨出发，行不多远，不巧迎面来了一队藩主的行列，是岛津久光由江户回藩路过生麦村，这一行列浩浩荡荡有数十人之众。四个英国人闪在一旁让行列走过，但四人中为首的一匹马的马头还是碰到行列中人，于是行列中武士不由分说，拔出刀来，便将骑马的人李查孙杀死，其他两位男士也都在背上挨了刀，幸好逃得快，没有送命。剩下的布罗代儿夫人无恙，回到了原地，后来就称该事件为生麦事件。英方大怒，马上派了八艘大型军舰来，要求谢罪并赔偿十万镑，幕府无奈，只得照付，并令凶手引咎辞职，但是英方不肯，还是要求惩凶，他们直接去和萨摩藩交涉，幕府不准，英方就在第二年的六月派了七艘军舰到鹿儿岛逮捕凶犯，将他处死，还索赔二万五千镑，萨摩藩当然不肯，交涉良久，英方不耐，将藩属的船天佑丸外三条船捕获，并破坏所有的炮台，鹿儿岛城也受了损，不过英方也受了重创，旗舰不得不退出战场，回到横滨。英方发觉日本民气不可侮，与中国不同，就不再追究了，仅仅要了二万五千镑由幕府代垫，就这样结案了。
在岛津久光归途中发生了生麦事件，虽然激怒了英国，但是大快日本的攘夷人心，久光也有了光彩。不过寺田屋事件得罪了思想过激的志士，使得公武一体运动大受打击。久光不免失望，怏怏回藩。他归藩之后，公武一体运动缺少了主持人，反过来激进派变得很嚣张。
【天诛流行】
本来日本人天生就有嗜杀的一面，不过过往古文风很盛，一般平民都不许带武器，所以凶杀事件很少见。但是自从武士有了刀之后，形势就不同了。再加上攘夷思想的激烈作风，杀人变成平常事。这时恐怖潮流风行，对公武一体人士将有不利的行动。被人称为四奸二嫔的人，如岩仓具视、千种有父、富小路敬直、久我建通，女官如今城重子、堀河纪子等只好辞官，隐名变姓躲起来，以免被害。但是还是不免有人被杀。九条关白的家臣岛田左近是公武合体派。有一天，忽然被砍了头。岛田左近是个人缘很坏的人。杀他的是萨摩藩士田中新兵卫，官府没有治他罪，反而因此出了大锋头，都认为他执行了天诛。于是天诛就大流行起来，死了很多人。
长州藩的藩主毛利庆亲和他的儿子定广都到了京都。长州藩和土佐藩的动向，很自然地掌握了尊攘派的指导权。定广为了要帮助敕使大原重德，又转到了江户。因此长州藩和萨摩藩的岛津久光，很显然已经不是地方官，而是干预中央政治的大员了。土佐藩也不甘落后。不过他们是佐幕派，和萨、长站在相反的立场。此外还有仙台、肥后、筑前诸藩动向也不能轻视。他们大概都倾向于效忠朝廷，虽然周旋于公武合体上，但是很明显的袒护天皇这一面。
自从天诛声明要对付岩仓具视，他不能不躲起来之后，少壮派的公卿三条实美就成为宫廷里的中心人物。天皇此时要敕令幕府执行攘夷政策，大家公推三条美实为敕使。三条奉命之后，为了要表示郑重起见，故意摆架子。京都到江户的旅程，最多十二、三天可到，他缓缓而行，走了十七天。幕府奉到了敕命，一时不知所措。既怕诸外国，又不敢得罪天皇。正巧这时有一批过激派的志士，因为英国使馆占据了一块靠海的风景区，盖了房子，既破坏景观，又不许闲人来赏花，激起众怒。于是这批志士领头，用一把大火将房子烧了。此举不啻给幕府及长州藩和主张公武合体的人一个很大的打击。英国当然把这烧房子的事算在幕府头上，要求赔偿。而幕府也只能算是接奉了诏敕，完成了攘夷的行动，并且答应将军亲自来京都朝见天皇。三条实美任务完毕归京。这时毛利庆亲已经由天皇任命为参议，定广受命任京都守护，和三条的关系愈来愈深了。
【将军被恐吓及反幕思想的抬头】
文久三年的二月里，将军家茂到了京都。这时京都还在流布天诛，每天有人被杀。京都的等持院里供奉着木雕像，刻的是足利朝三代最有威望的人物。这尊氏、义诠和义满三座像都被砍了头，并附了一块大牌子，上书逆贼应该受天诛。这是由十多位志士想出来恐吓将军的，被京都的守护查出来，要把这几位志士处死。但是朝廷和长州藩都来讲情，只好从宽处置了。从此，幕府的威信就减退了。
天诛流行之后，弄得社会上非常不安宁。幕府不能不管，最后想出了一个办法，召集一批浪人武士，组织起一个警察力量，专门对付执行天诛的人。在将军到达京都之前，先派这班人去警卫。他们住的地方是京都郊外壬生村，于是就号称为壬生武士。跟壬生武士一齐来的他们的首领清河八郎，有一天忽然召集大家说道：我们虽然是受幕府的召请，来到京都，得到禄位，要我们存着尊王攘夷的大义。但是万一幕府的官员做出违反皇命的事情来时，我们不应该对他们客气，要拿出决心来谴责他们。他这番话很明显地有讨幕思想。当初出主意组织警察力量的，原本就是清河八郎。幕府没有弄清楚他的思想，所以才酿成了大错。幕府知道他有讨幕的意图之后，恐怕会发生事情，马不停蹄地假托，说是横滨英国舰队要闹事，需要壬生武士赶快回江户警戒。等清河八郎回到江户之后，便将他解职，并将壬生武士改组。在三百人之中，被留下二十四人，有的说是十五人，成立了新撰组，由近藤勇领头。近藤勇很忠心，替幕府建立了很多功勋，杀了很多人，新撰组也牺牲了很多人。不过终因幕府的灭亡，也不能不被消灭。近藤勇在一次战斗中，被砍伤右肩，最后被捕，斩了首。
幕府实行了公武一体政策后，自以为从此没有人会批评他不尊重皇室了。但是恰恰相反，流言传出说幕府是要挟公主篡夺皇位。于是在日本的西部京都一带发生了寺田屋骚动，在东部，则在江户的坂下门发生了不幸事件，有几名志士不满意幕府老中，把安藤刺伤，因为他是公武一体的策划人。幕府大惊，马上辟谣，承认自己有错。家茂又于文久三年的三月里，率领各地藩主朝拜天皇，恢复了废弃两百多年的礼仪。第二年家茂再到京都，去贺茂参拜，好像公武一体政策相当成功。但是问题是在攘夷上。萨摩藩和英国之间的冲突刚刚摆平，长州还没有受到教训，全藩上下都在攘夷的气氛中很顺利地成立了奇兵队。奇兵队的创办人是吉田松阴的弟子高杉晋作。为什么要叫作奇兵队？是有别于萨藩的正规军。无论什么样的人，只要强壮拿得动武器，便可以入队当兵。萨摩藩吃过亏，知道洋人的厉害，与其盲目的攘夷，不如先学他们的科技，得到真髓之后再去攘夷，这便是萨摩志士暂时隐忍的态度。
【破约攘夷】
不过高高在上的孝明天皇还坚持着破约攘夷的原则。家茂为了迎合圣意，在文久三年的五月，下令决心遵行破约攘夷政策。不过各藩奉到命令之后，都没有实行的意向，唯独长州起劲，先对美国舰船开了炮，继续又对法国船、荷兰船开炮，结果却被人家打沉了两条船，连炮台也被上陆的法国陆战队毁坏了。但是长州派吃了败仗反而意气扬扬，认为只有他们遵从了天皇的旨意，完成了破约攘夷大愿。不过朝廷里的意见忽然大有改变，认为此事不妥，洋人一定会来报复。这种莽撞盲目的行为只能有害，而对大局无益，命令长州志士中止行动。志士们一腔热血，受此打击，心有未甘，大家决意带了奇兵队到京都请愿。元治元年，志士们真的带了一部份军队东上，半路遇到了阻止他们的幕府军，双方于是开起火来。奇兵队训练不够，连战皆败。志士死了很多，自杀的也很多。孝明天皇为了保护皇宫，对那发炮的长州士兵发了追讨令。幕府跟着也发布了征长令。长州志士现在变成举国上下一致唾骂的朝廷之敌，他们气极了。
而更糟的是四国联合舰队成立，由前年五月开始就计划如何来报复。几个留英的学生（内中有伊藤博文）打听到四国即将发动攻击，赶快回国报告。果然到了元治元年（西历一八六四年）秋八月，十七艘船五千多兵攻来了。第一天就将炮台摧毁，上陆的陆战队把长州的几门炮或毁或夺全解决了。奇兵队虽然奋战，但哪里挡得住西洋的精锐枪炮，只有败下阵来投降，由幕府来替他们办理善后，又付出了不少赔款。
长州志士经过这次的挫败非常懊恼。一方面得罪了天皇，另一方面未能攘夷反而吃了败辱。而最使他们不能平的，是幕府对他们的态度。命令他们解散奇兵队，不能随便持有武器，要绝对服从。他们的这股怨气无处发泄，只有向幕府发了。这种意见尤其在下层里非常普遍。就在这情形下，幕府还发动了征长令，指挥了二十藩，命令他们集合十五万大军，威胁长州。如果不听调度的话，就玉石俱焚。长州志士上层方面，只有谢罪降伏。命令两位家老切腹自杀，但是下层不服。征长军的参谋西乡隆盛看到长州藩里有内讧，便命令全军撤退。
【改变攘夷想法】
长州的内讧愈闹愈大。奇兵队的创始人高杉晋作在下关举兵，马上很多人都响应他。地方上的豪商也有来加入阵营的。科技专家更不用说，踊跃地贡献他们的才学。西洋式的枪炮他们购自国外。萨、英战后，萨方尝到英军武器的利害，就设法和英方接近，买他们的枪炮。长州志士很多看清楚了这点，也和英方取得联系，秘密和英方接触，由英商那里取得武器弹药。高杉冷静地思考后，又受了清廷鸦片之战惨败的教训，知道盲目的攘夷没有用，不如把国家治好，储存国力才是上策。今天的长州正是医治皇国疾病最好的工具。长州志士有了这样的信念和装备与支援，所以所向无敌，战无不胜，攻无不克。他们的敌对方是谁？当然是幕府了。长州变成一股讨幕的力量，幕府焉能容忍？于是发出第二次征伐长州的命令。将军家茂也亲自领军由江户出发，浩浩荡荡西上了。
幕府为了要加强自己的武备，早就向法国购买了新式的加农炮，这时也到了横滨。幕府有了万全的准备，想一鼓破敌。长州听到消息之后，也积极设法购入武器。恰巧这时正是美国南北战争刚打完，枪炮都没有用了，价钱便宜得很，有一个英国掮客，名叫格洛弗，一向和萨藩做生意，认为这是奇货可居，有意向萨藩兜售。萨藩的流浪客坂本龙马本来是胜海舟的部属，在海军训练所服务，该所封闭后失业，不过因为他有航海的专门知识，常为好客的西乡隆盛延请为座上客。西乡在萨藩很有地位，也很想和长州接近，一时苦无机缘，这时既有格洛弗来兜售枪炮，何不转让给长州。不过要有人为两藩拉纤，而此人正是坂本龙马。两藩从此由于运输武器的关系，当然渐渐密切起来，成为莫逆之交了。于是两藩结为同盟，由西乡代表萨摩藩，木户孝允代表长州藩，坂本做证人，双方签订盟约六条。主要的几条，全是对付幕府的。
幕府接到萨长联盟的报告，当然一惊。不过相信早晚他们会降伏。将军家茂把大本营设在大阪，静静等候长州前来投诚。不料长州居然丝毫没有求饶的样子，而朝廷之中却议论纷纷，很多大臣都主张对长州不要太严厉，适可而止就行了。但是因为将军也不肯亲自来恳求天皇下诏，只好由幕府请求天皇，天皇无奈颁发了征讨长州的敕令。可是老百姓全不愿意打仗，而各藩也对筹办军费感到十分困难，暗地里反对再征长。因为拗于幕府的命令，只好硬着头皮跟着摇旗呐喊。就在万分不愿意的情形下，终于揭开战争的序幕。长州军勇不可当，连战连胜，从来没有在自己藩内的土地上打过仗。唯独一件不幸事件，是高杉病死了，死时才二十九岁。他的死，反而刺激了他一手创办的奇兵队，使得奇兵队连建奇功。不过幕府军究竟人多，没有吃到致命的败仗，两军在胶着的时候，忽然将军家茂也死了。他才二十一岁，脚气冲心，不治而亡，无后，却留下了一个年轻的寡妇和子及无法收拾的征长问题。幕府陷入苦境，慌了手脚。
【孝明天皇崩殂与新时代的开始】
家茂逝世后五个月，孝明天皇以三十六岁的壮年，忽然也崩殂了。他染上了天花，病了不到二十天，便去世。谣言说他是被毒死。据英国公使馆的馆员传出来的消息说：天皇无论如何都不肯对外国人让步，这样就一定会导致幕府的崩坏。不管怎么样，朝廷里的人预见一定会同外国冲突，所以他们不能不先除了天皇这是洋人的看法，不一定正确。不过天皇之死，对幕府还不能不说是一种打击。
孝明天皇之后，承继皇位的是十五岁的明治天皇。而这时将军也推定了庆喜。庆喜原本就有承继家定的希望，并且比家茂的人望还高，不过因为他父亲齐昭为幕府所忌，大家怕他，所以连庆喜也怕在内。现在齐昭既已亡故，而一时又无人嗣位，当然庆喜是最适当的人选了。
这是一个新局面。庆喜掌政以后，很想有点作为，本想亲自完成征讨长州的使命，正要启行的时候，接到报告，说小仓已经被敌方攻陷了。小仓是咽喉地带，落入敌手就无险可守了，不得已只好遵奉朝廷之命休战。庆喜于是派遣了胜海舟到广岛和长州言和。庆喜对胜海舟并无好感，只因为他口才好，和萨摩藩的人有交情，又可以与长州方面接近，除了他之外，无人有这么好的条件。胜海舟到了广岛之后，与长州方面的代表广泽井上等交涉，答应在幕府撤退的时候，长州兵不来追击。庆喜再以天皇逝世为理由，请朝廷出面命令双方解兵，然后由幕府布告天下。再征长算是结束，这场战争也就这样告一段落。
庆喜结束了再征长之后，就着手改革幕府。他起用了不少青年才俊，不论门阀、关系、地位，在当时的确是一种革命的举动。他并且不顾一切，和法国公使陆需做朋友，言听计从。法国那时正当拿破仑三世当政的时候，他努力向国外发展，陆需的各种援日计划，也无有不从。庆喜听从了陆需的建议，先组织了常备军，一反旧日的编制，完全采取法国的办法，连服装装束都改变，部队都由法籍军官训练，最初训练了步、骑、炮三兵种，总共一万数千人。由于这常备军的创设，整个幕府的机构不能不随之改变。
庆喜听从了陆需的建议，把国家的体制西洋化，成立了陆、海、内、外、财政、会计等部，再在其上设立一个总管样的人物，就是后来的首相。为了实行这种改革，幕府需要很多钱。法国慨然借给日本六百万元，在当时是一个很大的数字。为了偿还这笔借款，幕府不能不将生丝的贸易全部交给法国。日法之间，经济关系就非常密切起来。
幕府在庆喜积极整顿下，颇有复兴的气象，讨幕派志士大为紧张。岩仓具视批评庆喜说：我观察近时将军庆喜的行动，发现他非常果断，勇于担当，其志似不在小，是不可轻视的强敌。岩仓是讨幕派的领袖，颇有政治家风度的人物。坂本龙马也说，庆喜的作风与往日完全不同，十分奋发有为，我们不能不小心。木户孝允也说，现在政令一新，兵马制度颇有可观，庆喜的胆略不可轻侮，简直是家康的再生了。
但是庆喜与法国走得太近，几乎成为法兰西的保护国。英国因为兜售武器的关系，和萨、长两藩一直保持友好。可以说这时的日本，几乎陷于半殖民地状态，与中国当时的情形差不多，也受不平等条约的束缚。关税也操在洋人手中，大规模的借款要付重息，也要延聘外籍军事教官，还要受外籍顾问的指挥。至于外国军队的驻屯，是中国所无的。所以说日本的情形还不如中国。
【中国的情形】
这时在中国虽然还没有外籍军驻进来，但是已经不成为一个完整自主的国家。清廷的道光帝，自从鸦片战争后，继续做了几年的窝囊皇帝，最后听到长毛造反的消息，在懊恼悔恨中逝世了。继他的是咸丰帝，一个更昏庸的君主，在位十一年。十一年当中不断地和长毛匪斗争。长毛匪夺取了南京，自称太平天国，清延已经在覆亡的边缘，幸而有曾国藩练了乡勇，将局势挽救过来，虽然没有等到最后胜利，咸丰帝在凯歌声中逝世，留下三位年轻的后妃和战乱的国家。这三位后妃之中，有一位野心特别大，她仗着生过唯一的一个小王子，所以出奇地骄横，先毒杀了和她争宠的妃子，又用同一手法翦除了与她共同垂帘听政十三年的慈安太后。这狠毒的妇人是谁？就是慈禧。由一八六一年开始她独自执政，清廷在她手中，几乎与她同时送了终。
曾国藩兄弟虽然剿灭了太平天国，但是国家的元气究竟受了损，不过十几年的鏖战，除了鸦片战争是一场国际大战，见识过真正西洋近代武器外，捻匪和长毛都是国内的叛乱，所用的武器比较落伍古老，偶尔有洋人参加在内，亦不过只是一现而已。所以我们虽然连年征讨，但在武器的改良方面，没有多大进步，和日本不同。日本所受到的是国际性战争的教训。洋人所用的枪炮全是最新式的，并且那时不论幕府或是各藩，都讲究刷新自身的装备，与慈禧不同。一个只想享受而不顾国家的人，焉能不亡？
幸而在同治五年，西历一八六六年的十一月，中国诞生了一位救星孙中山先生。