二代征夷大将军德川秀忠，在四十五岁时，就将将军的职位让给了他年甫二十岁的儿子家光，自己乐得安然去享清褔。
家光是秀忠的长子，家康的长孙。家康老年得孙，后继有人，对这孩子十分疼爱，将自己的小名竹千代赐给了他。竹千代的母亲德子，和阿姊淀君，有同样的梗劲，认为江户是个没有文化的乡下地方，竹千代生下之后，她不肯在江户就地请奶娘，非要远巴巴地到京都去请一位有教养的名门之女来充当不可，于是动员了当时幕府派驻在京都的代表板仓胜重去物色。板仓居然找到一位极有来历的女将来。她的父亲是明智光秀部下大将，明智败亡之后，一同殉难，遗下妻女二人，十分穷苦，幸而母系亲属之中，有与小早川秀秋的家臣略有姻娅的人，因此倚托过去，到了及笄之年，便嫁给了这位家臣为妻。她小名阿褔。阿福有武士血液，从小就不爱针黹，却练得一身好武艺，会使长刀。有一天，她一人在家，一群无赖汉闯入她家，意在抢劫，不料被她连杀二贼，其余的三个见状，拔腿就跑，保存了她家财宝，因而英名大噪。她的丈夫有了外遇，被她发现，她便甘言蜜语地诓骗那女娇娃，到她家里来。乘丈夫不在，便一刀将那天真的女对头刺死。情敌虽然杀了，但爱情也同时飞逝。出狱之后，丈夫再也不肯重圆破镜，二人从此仳离。她孤零零地过了半生，直到受聘为家康的太孙的奶娘。
竹千代三岁的时候，妈妈德子又生了弟弟。这小弟比他伶俐，很得妈妈的宠爱。惧内的爸爸跟着也对弟弟有偏爱。梗脾气的竹千代当然有感觉，知道爸妈都不喜欢他，而爱弟弟，心里自然难过。在他十二岁的时候，有一天受了些闲气，一时转不过来，居然寻死，幸而被奶娘阿褔发现救了下来。阿褔千方百计安慰他，都扭不转竹千代悲伤的情绪。阿福终于想出绝招来。
那时恰好已是元和元年的秋天，家康灭了丰臣秀赖，凯旋回到了江户。阿福乘老人兴高采烈的时候，不顾身分的悬殊，秘密报告了竹千代的情形。这虽然是告御状的行径，但是老人倒没有怪罪下来，反而温语嘉勉了她一番。过了几天家康将两位孙儿唤了来。 《日本外史》描述会见的情形道：公迎世子于上座，忠长（弟弟的名字）欲踵升，公曰叱叱，汝敢欲升斯座乎。坐定，供糕，公取其一命左右曰，进于竹千代，取其一投与忠长，曰阿国（弟弟小名国松）吃之。对于两孙，显然的两种待遇，很大的差别。老人不但是做给秀忠德子夫妇看，也借此抚慰竹千代，使他增强信心。到了年底，老人回到骏府去度岁，行前他吩咐道：明年我预备带着竹千代上京去，在京都替他行元服礼。家康这句话，虽然没有能实践而去世，但竹千代的身分是确定了。秀忠夫妇不敢违背老父的遗旨，在竹千代刚二十岁的时候，便将将军之位让给了他。
竹千代对祖父，有无上的怀慕，不但尊敬，并且感激，是他的恩人。倘若没有祖父作主，将军之位绝轮不到他来当。因此也不能不感谢奶娘，没有她，谁敢冒冒失失替他去诉苦。祖父当然也不会当着众人面，演出那出羞辱弟弟的喜剧。奶娘的地位，在他心目中，自然比亲生父母还要重要。而她的智慧也够高，她不屑与一群女侍争领导，却厕身众师傅之中，得到不少知识。她去见家康诉苦之前，就下了不少工夫。先去结交了家康的宠妾阿胜，又去结交了骏府衙门里的大红人本多正纯，将家康的习惯、脾气摸得一清二楚之后，才行动的。看起来好像冒失，其实计划极为周密，所以她才能一举就将家康打动。
竹千代继任将军前，早就行过元服礼，取名家光。但是还没有娶亲，经人说媒，在就任为将军的第二年，迎娶了京都的大家闺秀，摄政鹰司信房的女儿房子为妻，比家光还长两岁。新娘过门之后，发觉早有一位难缠的婆婆在等着她。这位婆婆却不是真婆婆，而是奶娘。将军这时封她为府里的总管，原本总管之职，应该是受夫人的节制，但这位奶娘总管反过来是要管夫人。
新娘房子，是累代为官、文质彬彬的家庭里长大的小姐，什么事都循着规矩，有条不紊地处理。而这位假婆婆偏偏相反，她从小耍刀弄枪，在杀人不眨眼的武士群里混出来的，两者没有一点相似之处，当然合不来。新人敌不过奶娘，只有逃走，再也不敢回来。而将军丢了夫人，并不着急。原来他另有所欢，他蓄养了娈童，他好男色。房子夫人溜走后，他也没有再娶，一直到三十岁，还没有子嗣。将军无后，那还了得，奶娘阿褔自感责任重大，不能不替将军物色一位美貌娇娘。于是她下令募集，像选秀女一样，聚集了不少年轻貌美的女娃，由她教育、训练，预备将她们揉化成材时，再呈献给将军。其中有一小娇娘，十分美貌，名唤阿爱，不料奶娘发现阿爱的爸爸当过国松的枪法老师，国松是竹千代时代最惹人讨厌的小弟，老师的女儿也好不了，因此将她冷藏了起来，但是既年轻又貌美，哪里冷藏得住。她和一个唱花旦的戏子勾搭上，两人幽会的时候，被老婆婆撞见，小花旦在惊慌之中，躲进一口箱子里去，老婆婆早就瞧得清楚，拔出利刃，往箱中插了进去，一声惨叫，那位偷香客死在他自己选择的棺材里了。这还不算，奶娘又把阿爱扭送到她爸爸面前，勒令她爸亲手将爱女掐死。
这样凶蛮狠毒的奶娘，无论对什么人，都会横眉竖眼，唯独见了将军，会露出极慈爱的颜面来。她懂得奉承，懂得逢迎。将军嫌饭菜不好，她便马上增加御膳房的师傅，招请名厨，命令他们去做七种不同口味的菜肴伺候。她知道将军爱奢华，是她怂恿将军改建东照宫。金碧辉煌的大庙，虽然是家光的杰作，但却是她的主意。家康、秀忠两代将军遗留在久能山库房里的六百万金银，在家光一代手中全部花光，是要感谢这位奶娘的帮忙。
奶娘的恶名虽然传遍了各处，但只有将军仍蒙在鼓里，认为她是一位能干、善于辞令、体察入微、人缘极好的老太太。这时他的妹夫后水尾天皇在闹脾气，说要退位，要不干。到底是真心，还是作态，谁也说不清楚。是什么原因也没有人知道。因此非派人到京都去，跟天皇当面谈一谈不可。将军认为她最适合，她能言善道柔顺和气，必定能讨得天皇的好感，乘她要到伊势去参拜神宫的机会，命她也晋谒天皇。天皇是受了气。在禁中及公家法度发布前，天皇行动已经受到限制。后水尾的父皇，后阳成天皇，就是因为受了家康的管束，而决意禅位的。后阳成天皇有两位宠爱的女官，而这两女官都与朝廷里的一位大臣私通，被天皇发觉，于是大怒，下令将三人处以极刑。不过后阳成天皇是一位神经质病态的人，常常会胸口发闷、目眩、呕吐、下痢、胃里不舒服。还会独自一个在空屋子里发号施令，以满足他的至尊欲、优越感。因此家康不愿将这件风流案闹得太大，将三人流放到异地就算了。哪知天皇大不高兴，认为受了拘束，大发脾气，拿出不合作的撒手锏来，不干了。
儿子后水尾天皇即位之后，这不干的暗影自然会留在他心中，随时都能仿效。本来，天皇早已没有干头，无权无势，除了与穷大臣们周旋以外，无事可做。而最困难的是手头拮据，捉襟见肘。天皇每年的收入是四万五千二百五十石，另外有黄金二万六千四百两。比起一个小诸侯的收入，连一半都不够。而开销则浩大。朝廷里的达官贵人，名义好听得很，但收入十分菲薄，最多年俸不过一万石，有的才几百石。皇室对这班穷官不能不津贴。但财源何处寻，不得已只好卖官鬻爵，可怜这穷宫穷爵也都卖不起价钱，稍微值点价的只有紫衣。紫衣是镶了金边的紫色袈裟，得到天皇敕许的才有资格披。而凡身披紫衣者，必须是德高望重、学养兼优的高僧。在僧侣界里，这是至高无上的荣耀。起初，由于限制认真，得披紫衣的人数极少，但是后来为荣名所驱，想得紫衣的僧侣自不免想尽方法追求。大寺院的住职个个有钱，在金银的诱惑下，天皇敕许的紫衣几乎毫不为奇了。
将军的胞妹和子在十四岁就嫁给二十五岁的后水尾天皇。那时是元和六年的六月。二代将军秀忠还没有让位。天皇娶将军之女为妻，是前所未有的盛事，幕府为了筹备妆奁，耗了不少心血。出阁刮当天，由二条城的将军府邸，运到宫里去的箱笼，总计三百七十八抬，价值在七十万石以上，豪华的程度空前绝后。嫁过去之后，小两口还能相处，四年后由女御册封为中宫皇后，并且生了一位皇女之后，接连又生了两位皇子和三位皇女。不过天皇在和子入宫以前，早就有过妃嫔，并且也都生过子女。和子的母亲是有名的妒妇德子，从来不准自己的丈夫有外遇，对这位天皇女婿当然也要管，在纪录上看，和子入宫以后，天皇便没有和其他女性有过孩子。但其实天皇和女官们之间，不知怀过多少胎，只可怜一个都没有能活，不是生下来就闷死，便是堕了胎。天皇对这样一位丈母娘既恨又怕，虽然江户京都一东一西距离很远，但秘密的遥控，尤甚于当面的斥责，使得天皇日夕不安。就在这当口，又爆发了紫衣事件。
这时已经是宽永四年。各寺院里，由于供求的关系，紫衣人越来越多。当年所制订的法度显然松弛。幕府不能不管，高级干部几经磋商之后，决定加以整顿，于是宣布在法度公布后，皇室所颁发的敕许都一概无效。法度是元和元年公布施行的，距离宽永四年，已经有十五年。就是说在十五年间所敕许能穿紫衣的，现在全取消资格。当时就有一位学人细川忠兴论道：敕命，竟有七八十件为幕府宣布无效，主上经此打击，焉能不愤然以为耻乎。
天皇当然受不了，这是对他的尊严的一大挑战，也是揭了他的疮疤。在这样里外夹攻的环境下，他还怎么能混？他唯一的解脱，是学他的父亲，一走了事。这就是他闹着要退位的主因。
奶娘兴头兴脑地到了京都，由幕府驻京代表板仓重宗（胜重的儿子）替她安排晋谒天皇。她无官无位，是个将军家里的佣人，哪里有资格见天皇！但是她人已经来了，奉了将军之命进宫，板仓不敢抗命，于是临时将她的身分抬高，算是贵胄三条西实条的妹子，替她取了个官名为春日局。并且要求天皇接见她时，赏给她一杯酒，那是臣下所能得到的最高荣誉。奶娘神神气气地拜见了天皇，喝了那杯酒，正要开口，天皇忽然一言不发，霍地站了起来，愤然而去。天皇实在感觉受了委屈，以金枝玉叶万乘之尊的身分，要接见一个下人，除了敬她酒之外，还要聆听她的训辞，太过分，太过分，天皇再也忍不住，只好退席。不但退席，天皇反覆沉思，终于下了决心退位。
十一月初八清晨，天皇召集众大臣，要他们衣冠整齐地前来早朝，天皇有重要大事决定。天皇宣布即日禅位，传位给七岁的皇女兴子。皇后和子以下，所有的侧近预先都不知内情。
兴子内亲王是后水尾天皇的长女，她出生以后，皇后虽然接连又生了两位皇子，但都不幸早夭。天皇因急于内禅，不再等是否会有男嗣，先急急忙忙摆脱这受尽了德川家侮辱的天皇之位，由一半也是德川后人的兴子来尝尝当倒楣天皇的滋味。他没有其他办法来抵抗幕府的压迫。但他的禅位的确也使得幕府手足无措。幕府派驻皇室内的联络官中院通村，对天皇的处境十分同情，当幕府代表板仓问他天皇禅位的原因时，他毫不迟疑地答道：像目前这样的情形，天皇还怎么能当！他这句话传到了江户之后，将军大怒，立刻将他撒了职。幕府在无计可施的状况下，甚至想将天皇流放到隐岐岛去，总算众臣苦谏，没有实现。结果幕府方面采取了不理睬的态度，他（天皇）既然不识抬举，就由他去堕落吧！这一年就在无人过问中，无声无息地逝去，到了第二年的九月，朝廷的大臣们看不过去，不得不向幕府质问，幕府才在万分不情愿的姿态下，批发上皇每年的生活费三千石。核定了兴子内亲王的即位大典在紫宸殿举行，日期为宽永七年九月十二日，号称为明正天皇。
后水尾天皇退位后不久，难缠的丈母娘去世。接着隐居的五十四岁的老丈人秀忠将军也病逝。双方不愉快的情绪渐渐淡了下来。不过将军心里，对他部下中院通村总有疙瘩。尤其他那句话，明显地左袒天皇，使得他耿耿于怀，久久不能平复。五年以后，他终于把中院叫到江户来，然后连同中院的儿子，都一起关进东睿山的大牢里，是什么罪，没有说，不过一般人都猜想到，中院虽然被罢免，但他还是和逊位的天皇交往得很密，因此而遭忌。年余之后，由于高僧天海的说情，将他放还京都。又有人说，将军忽然想作诗，天海介绍中院说他教得最好，交换条件是请将军释放了他。但中院居然不肯，他说家光连和歌都还没有作好，怎么能学作诗！他宁可做阶下囚，也不能去教一个没有天份的将军。结果将军还是赦了他，服了他的硬骨头。
十七世纪的初期，世界大局有了剧烈的转变。在欧陆，英国在女王伊莉莎白一世治下，不论文治武功，都烜赫一时。女王虽然以七十岁的高龄薨，但英国的海运已经有了神速的发展。英国的舰队，在女王的旗帜下，依然纵横四海所向无敌。法国，一代贤君亨利四世虽为疯狂的教徒刺死，但国库殷实，后继的能相利希留又能平定内乱，奠定了法国在大陆的霸基。两国之外，西班牙、荷兰、葡萄牙都在海外四出拓地，帝国主义有了雏形。
这时思想家勇敢地揭开了科学领域的大幕，露出了智慧的光芒。英国的培根、法国的笛卡儿冲破了为教义所蒙罩的黑暗，旧信仰不断动摇。宗教受了刺激，渗进了新血轮，起了变化，于是新旧两派企图以武力消灭对方，掀起了史无前例的杀戮。
在亚洲，与日本有密切关系的明朝开始大乱。神宗逝世后，东林与非东林之间互相攻讦，引发了梃击、红丸、移宫三案，朝廷里闹得乌烟瘴气。而关外，后金崛起，八旗兵一路南侵，努尔哈赤对明廷发表了七大恨誓师进犯，在萨尔浒一仗，将杨镐所率领的四十万精兵杀得溃不成军。明廷从此不振，昏庸的熹宗用人不辨能呆，而满朝文武竟没有一个拿得出有效的御侮办法来。
日本在这转变时期，却享有了前所未见的太平。家光承袭了父祖的余荫，不但有完美的法度可以遵循，有忠诚的能臣供他驱使，并且府库充盈，久能山的金银随他任意挥霍，他生父二代将军秀忠死后，他更肆无忌惮，为所欲为。他的奶娘春日局又从旁纵惯，使他成为日本历史上最奢侈、最会乱花钱的君主。
他的杰作是日光的东照宫。他最感激最崇拜的人，是他祖父家康。没有祖父，他绝对当不了将军。为了感谢祖父的栽培，他大兴土木，将那已经号称结构完美的东照宫拆除，重新再建，由宽永十一年开始，一直到十三年才完工，总共耗费了金五十六万八千两，银百贯，米千石。就是今天观光客所看到的日光大庙宇。
在同一年，名义上是晋谒天皇（他的外甥女）和上皇，他率领了三十万大军，浩浩荡荡到了京都。除了增加上皇的年费，由三千石一跃而为一万石之外，又赏赐给京都市民银五千贯。他借此机会，夸耀财富，大摆威风。而主要的目的，是想缓和上皇对他的不满。但是幕府（武家）方面这类的举措行为，只能增加皇室以及朝廷里贵胄（公家）的厌恶与反感。终德川之世，所谓的武家与公家之间的对立，从来没有能化解，只有日益犀利。
家康的子女很多，但在他逝世前，年长的几位都相继亡故。剩下来的家光三位叔父都能安分，不敢有任何越轨的行为。唯独家光的同母弟国松跋扈任性，极难控制。家光从小就受他弟弟的欺凌，始终耿耿于怀。当了将军之后，由于父母双双在堂，对这位桀骜不驯的兄弟仍然无法羁縻。而国松由于父母的宠爱，根本没有把当了将军的阿哥放在眼里。他虽然已经受封为骏河、远江、甲斐三大区域的首长，拥有五十五万石，并且由朝廷颁任为大纳言，仅次于大臣之位，但他仍然不满足，要求将大阪也划给他，增加待遇为百万石。
不过人世间，贪总不会有好结果。谦受益，满招损，他最不该是去骏州浅间山里打猎。浅间山是幕府禁杀生之地，他居然骄横到干犯法度，并且将阻止他打猎的官吏杀害。事闻于秀忠，一向极其尊重法度的秀忠，当然大怒。虽然是极度溺爱的儿子，也不能不处罚，于是下令将他关在甲州，禁止他活动。这便给了家光报复的好机会。不久秀忠病倒，国松闻病，拜托了崇传、天海两位高僧，替他向秀忠求情释放他，他发誓以后一切大小事，都由年长的家臣作主，他自己再也不管事。他虽然哀哀苦求，但两位和尚都十分知趣，谁也不肯多管闲事。直到秀忠病逝，国松还是没有能恢复自由。几个月后，阿哥便将他所有的领地财产全部没收，将他由甲州改押到高崎牢狱里，最后又命他切腹自杀。小时像心肝宝贝似的、被父母溺爱的贵公子，落得凄惨的下场，死时才二十八岁。
家光杀了同胞兄弟，好像为人狠毒，但似乎并不尽然。他对属下，相当宽厚仁慈，不是无情之主。他对国松，可能另有苦衷，而不是专为报复幼年时代所受的委屈。国松有野心，贪婪无厌，若不将他及时除掉，将来遗患无穷。当年家康杀丰臣秀赖的道理在此，唐太宗自残手足的道理也在此。
家光对他的奶娘春日局，可以说是仁至义尽。家光亲生父母相继去世之后不久，奶娘也病重。家光写了一封信，劝她服药，这封信至今留存，情词恳切，无论是谁看了都会感动。信中写道：
很久以前，妳发誓不吃药，是为了使我吃药能加倍有效。我现在不是来劝你吃药，而是前几天，由于家纲生病，我看护他，免不了累着了。接着妳又生病，我怎么能不急，所以为了我，妳一定要吃药，恢复妳的健康，否则我也会吃不消。这完全是为我而不是妳自己。请妳务必听话，倘若妳硬是不肯，而有了三长两短的话，人都会怪我没有尽心呢！
家光为什么要写这样奇怪的信，是因为他在二十六岁时，染上了天花，病势十分严重。身为奶娘的春日局急坏了，于是对神发愿，情愿将她生命中应得的针药方面的恩惠，全部移给家光，叩请神祇救助，医好家光。她若有病，她绝不吃药，绝不针灸。后来，家光果然好了。因此这次生病，她坚不肯服药。
她死后，家光为之累日不欢，甚至每月对他祖父例行的祭拜，都为之撤除。家光又起用了她的儿子为老中（幕府中高级干部），封他为小田原城主，年俸有八万五千石，是天皇收入的八倍有余。
家光不仅对春日局给予特殊待遇，对其他老臣也一样宽厚。酒井忠胜、土井利胜、青山忠俊等三人，都是他祖父授意他父亲二代将军秀忠任命的。三人个性不同，酒井稳重诚实，土井聪明，青山刚直，代表了仁、智、勇三种迥然不同的德行。家康特地选他们三人来辅佐家光，使得他们能影响他的为人，而家光的确也能重用他们。刚直的青山脾气最急躁，家光若不听他的进谏时，他会将腰间短刀扔到隔壁房间里去，裸了上身，奔到家光面前，厉声说道：您要是不听我的话，就先斩了我的头，然后您爱怎么做就怎么做！青山这样的态度，家光也能忍受。
有一次家光生了病，将政务交给酒井暂时代理。病愈后，他发现样样处理得有条不紊，感欣之余，他留了一张条子给酒井，现在也还留存，文曰：
余日昨小恙，万事承蒙代办，感何可言。足下以诚相待，使我感愧，此后有关一切政务至希发抒高见，推诚赐教。凡足下以为可行者，即请见告。余兹对神明发誓，今后对足下绝对信任，务恳竭尽欲言。
他爱微服出巡，一天，他走进目黑村边的一座小庙里休息，和庙里的住持闲谈时，发现原来这所庙是一位道号净光院的老尼所兴建的。而这位老尼不是别人，是被他母亲赶走的父亲的旧情人静子。静子被逐出府门时，已有身孕，幸而为将军的属下保科正光所收留，孩子生下后，将军不敢公然来认，只好从了保科的姓，算是保科的儿子，取名正之。家光意外遇到了自己的亲兄弟，除了厚赏老保科之外，立刻将原来老保科的封地信州的三万石，转移到山形的二十万石，并且重用了保科正之。
本来作为一国之尊的将军，常常微服是不太妥当。一次，他去察看自己养猎鹰的地方，事先没有通知，就闯了进去。守门人不认得家光，连忙拦阻喝道：将军的养鹰场，谁敢乱闯。说着提棍便打，幸而随从赶来，及时阻止。守门人知道闯了大祸，吓得魂不附体，算了，不要难为他！家光吩咐他的护卫，不但没有责骂要打他的人，反而嘉奖了。
他的属下也十分爱戴他。清晨寒天，他外出时，穿的鞋总是暖暖的。他觉得奇怪，很久以后才发现是酒井将鞋搋在怀里，免得他穿时冰脚。他顿然悟到他个人无谓的嗜好，可能引起许多麻烦，使他的属下不安。他从此不再微行。
历史上评论他，认为家光能继承父祖遗业，信守法度，勤政爱人，虽然他将两代以来所积蓄的金银用光，使得幕府财政开始困难，但仍不失为贤主。不过他对基督徒的处置，比以前更加严厉，引发了九州一带的大乱，导致了所谓的锁国政策，几乎二百有余年间，日本没有与世界各国往来。
九州的岛原与天草两处，本来都是教徒生息之所。很早以前，西洋来的神父传播福音，感化了纯朴的老百姓。他们受了洗，成为虔诚信徒。九州离京畿腹地相当远，何况那时正当群雄争霸时期，谁都没有闲工夫来管人民的信仰行为。一直到丰臣秀吉进攻九州的时候，才发现了问题，开始取缔，而信徒们一向采取殉道精神，逆来顺受，宁被烧死钉死，也不抵抗。据估计在二十五年间，被官方杀戮的信徒不下三十万人。
岛原本来的藩主是有马睛信，一个虔诚的信徒，甚至派过人访问罗马教宗。但在冈本大八案中被牵连，冤冤枉枉地被处死。他的后任由松仓重政递补。天草本是小西行长的根源地。行长参加石田三成的政变，兵败被擒，由于信教，不能自裁，被拖去游街后，枭首示众。他的后任由寺泽坚高接替。
松仓、寺泽两人都不是基督徒，并且由于受了幕府之命，对于崇信天主的教徒要勒令改宗，否则严办。而这一区的老百姓几乎清一色都是信徒，要全区的人改宗，谈何容易，从何下手煞费周章。因为信教的人不怕死，做了殉道者，反而可以升天。最后想出来的办法是课税，凡是不肯改宗的，就课税。养一头牛要上税，生孩子要上税，家里有炉子要上税，窗户也上税，棚架也上税。在这万税之下，老百姓还是不肯改宗，而正巧这时九州地方连年荒歉，到处饥馑，饿殍遍野，民不聊生。小西行长的旧部在这样情形下，忍不住了。他们没有追随小西之后而自杀，因为他们也是基督徒，但都是置生死于度外的浪人武士。一天一个老百姓的女儿被捕，官吏把她剥得光光之后，再把她活活烧死。老父当场发狂，动手格斗，于是一哄而起，酿成了暴动。
说也奇怪，在二十多年前，一位名叫马可斯的神父在天草被驱逐出境的时候，对信徒们预言道：将来会有一个十六岁的童男在此出现。他生有异禀，通晓教义，能显奇迹。天上的飞云红得像烧焦了一样，地上发出声音。这时每个人的额头上现出十字，山野里飘扬着白旗，基督教吞噬了所有的异教，上帝来拯救万民了。这段预言，在信徒中，父以传子子以传孙，流传了十几年。他们傻傻等候这一天的到来。小西的部下这次抓住机会，找出一个十六岁的孩子来，举旗反了。他们推举这孩子为总大将，取名为天草四郎。总大将之下设有侍（武士）大将、铁炮（洋枪）大将、军师、总务等职位，都由小西的旧部充任，俨然是一个有组织的团队。
在岛原城下，他们立了一面白旗，旗上画了一只巨大的银杯，里面有一个圆形太阳，中间有个十字架，杯子的两旁跪着天使样的人物。在这不伦不类的旗帜下，居然立刻拥集了三千人。岛原的城主松仓重治这时到江户参加定期朝拜，守城的家臣不敢进剿，只好关起城门以求自保。邻近的各藩受到法度的限制，不能随便出兵，于是在这扰攘期间，本来集合三千人的叛军，现在已经增加到两万三千余，铁炮三千挺了。
幕府接到告急的报告之后大惊。那时已经有了二十多年的太平，真正作过战、有经验的武人十分稀少。于是遴选了一位在大阪之役中出过力的板仓重昌领兵去讨伐。重昌是板仓胜重之子，重宗的弟弟。老板仓曾经在京都坐镇二十年，是家康倚为左右手的人物，虽然早于十年前亡故，但他的政绩深为幕府当局所称道。尤其他在京都处理基督徒案件，恩威并施，成为对付教徒的典范。小板仓虽然地位不高，但到底他是武将出身，习于兵旅，同时可以仗乃父的余威，使得叛徒慑伏。
板仓到达时，岛原城早已被叛军攻破占领。板仓动员了九州各地诸侯的兵丁围攻岛原城。在第一回合中，便被守城的老百姓杀得大败。第二次的总攻击，从夜里开始，一度冲到城墙边，还是被石块枪弹击退，死伤无算。各地集合来的部队欺板仓官小，不甘受他的节制，在不能齐心合力的状况下，每次进袭，都被叛军击退。板仓心焦如焚，这时他又接到幕府的通知，大将松平信纲已经率领援军到了京都近郊。他如再打不下岛原城，而让一位文臣的松平夺了首功，岂不是颜面丧尽！这时已是宽永十四年的元旦，他于是下令辰时总攻，但是联合军的一部，有马，偏偏不听号令，偷偷在寅时抢先攻城。如果真能得胜，倒也罢了，不幸败下阵来，并且惊动了城中的叛军，他们发觉幕府方面将大举来犯时，立刻加紧准备，板仓军来袭，正好中了他们的埋伏，几乎全军覆没。板仓大怒，命令各路兵丁联合出击，居然没有一个听他号令的。他率领了少数亲兵依然前冲，守城人大呼：大将单骑来啦！一块巨石向他掷去，正中他的头盔，又一枪贯穿他的前胸。可怜的板仓，不但没有能立功，反而丧命于不伦不类的基督旗下，是时五十一岁。
板仓悲壮殉职后四天，松平信纲到了。差不多在同时，去江户参加定期朝拜的九州各地的藩主也都集合，听候信纲的调遣，总兵力有十二万人，将小小的岛原城团团围住。
松平信纲是家光手下最亲信的家臣之一，从九岁开始，就当了家光幼年时代的伴侣。家光小时，看见大殿的屋顶上麻雀做了窝，央求信纲去捉小鸟。但是大殿是个重要的所在，怎么能准许孩童爬上去玩耍，只好等到夜深人静时去捉。不料在视线模糊、暗黑之中，信纲失足跌了下来。虽然没有跌伤，但惊动了将军与夫人。将军责问他：是谁教你去捉雀子的？信纲知道如说了实话，家光一定会受罚。他于是答道是他自己想要。将军知道他撒谎，将他装进一个口袋里，系在柱子上，不招供出来的话，便不准饮食。信纲居然忍受到底，始终不招。将军无奈释放了他，却对夫人说道：这孩子，将来倒是家光的忠诚家臣！
家光当了将军之后，立刻任命他为伊豆的太守，补为老中（幕府高级干部），这时奉命出征。他虽然从来没有打过仗、作过战，是一位从事案头笔墨的人，但谁都明白他是将军的心腹重臣，没有人敢不听他的调度，于是全军肃然。但是他的战略和板仓迥然不同。板仓是武人，免不了要硬碰硬地逞一时之勇，松平却知道这批叛党早就横了心，不预备再生还，跟他们死斗，必然伤亡甚众，于是他想如何软化他们的敌意。因此他先按兵不动，只令大军将岛原城围得水泄不通，并不接战。他发现在九州肥后的监狱里，关着天草四郎的一个亲戚，连忙把他放了出来，命他带了一封劝降的文告到岛原城，辞句写得十分婉转，答应叛徒赦免他们的罪行，并且保证他们改善行政上的各种措施。城里的老百姓，一方面由于对藩主们毫无信任，另一方面叛乱以来连战皆捷，并且杀了幕府的大将，气焰大增，因此对于劝降文告，不但未生软化之心，反而认为幕府方面知难而退。
松平见一计不行，又生一计，恰巧这时有一条荷兰军舰停泊在天草附近。松平便请荷舰帮忙，炮轰岛原城。荷兰那时刚刚脱离西班牙的统治，舰长又是新教徒，邀他去攻打一个他所痛恨的西班牙旧教徒所培植的党羽，自然何乐而不为。他慨然允诺，下令他舰上的十五尊炮对准岛原城发射，一共发出了四百多枚炮弹，虽然也毁坏了城墙一角，但没有能摧陷要地，岛原城依然屹立。松平空欢喜了一场，但是他发现炸药的威力，于是挖掘地道埋进炸药，准备炸毁坚固的墙根，但又被守城人发觉，灌入大量的秽水臭尿，使得药粉失去效力。
相持两个多月，城内早已粮尽，在罗掘俱穷的状况下，城中守将不能不冒险出来夺粮，可怜他们都已是多日未进食的人，体力自然不支，被幕府军围剿后全歼，幕府军并乘胜追击，终于城破，两万多人全被屠杀，只留下一个卧底的奸细，名叫山田右卫门。这真是一将功成万骨枯，松平消灭了两万多名基督徒之后，当然又升了官，不过这一次的经验，使得他亲身领略到基督徒的顽强，如果纵容他们发展蔓延的话，必然会成为不可制的力量。而若要禁教，就要先禁止洋人入境。这就是幕府当局所得到的结论。
幕府在这次岛原、天草之乱后，决心采取锁国政策，所谓锁国者，就是不与洋人打交道。自从十七世纪初，由于海运渐渐发达，欧洲各国发现了美洲大陆之后，冒险家便不顾海难的危险，四出拓地，寻觅新刺激，偶尔也会漂流到日本来。日本的老百姓对于这些闯进来的异类，一向和善相待。一开始分辨不出他们是那一国人，到了庆长年间，才发觉他们之间还有很大的差别，并且互相仇视。这种情形是洋人自己暴露出来的。本来荷兰商人偶尔到日本来时，便会以高价购买生丝，并且以日本不出产或稀有珍物来交换，被家康知悉，因此也十分鼓励洋人到日本来，甚至将漂流来的船员留在日本，给他们官职，命他们替他建造船只。但是不久又有一位西班牙驻吕宋岛的总督卸任归国，遇到台风，被吹到日本海岸，船破不能续航，也由家康延见。而这位总督对荷兰商人极表厌恶，力劝家康不能跟他们有任何交易，说他们是海盗、是匪贼，却要求家康开放那时刚刚实行的禁教。家康恍然大悟，原来洋人相互之间有很大的差别、很深的嫌隙与矛盾。而两相比较之下，所谓的海盗，似乎对日本倒没有什么大害处，反而是来宣导褔音的传教士十分可怕，因此对于荷兰商人有比较良好的印象。家康逝世后，二代将军秀忠恪遵先人的遗训，严禁传教但开放贸易，特辟长崎为贸易港口，容纳洋船出入。除了荷兰船外，与荷商竞争最烈的是葡萄牙人，他们是旧派天主教徒，除了做生意之外，免不了夹带着宗教色彩，船上经常有神父祈祷。这当然是幕府当局所最疑忌的。在这次岛原、天草大骚动之后，幕府毅然下令不准葡船入境。从此除了中国、荷兰以外，其他任何国家的船只都不准入境，直到培里的黑船闯入，两百十七年间，日本没有和世界各国有过来往。
被日本拒绝往来的葡萄牙人当然心有未甘。本来生丝的买卖几乎是他们独占，获利甚丰，但是曾几何时，被荷兰分润，已经使得他们十分不快，并且刚在去年为他们在长崎港外兴建的出岛，给他们有一个固定的憩息之所，使得他们误认为日方飨以特权，不意忽然遭到驱逐，使他们大惑不解。经过一年后，他们于是又由澳门乘船来到，要求日方恢复以往的待遇。幕府却毫不客气，将船焚毁，船上六十一个葡萄牙人全部斩首。
葡萄牙不肯死心，七年后，他们又派了两条战舰，要求通商，幕府有了准备，九州各地奉幕府之命，调兵遣将严阵以待，坚守锁国原则，绝不妥协，葡舰只好退走。
日本是不是真的锁了国？实际上又不尽然，十七世纪像万花筒，不断转变。自从卡斯提尔女王伊莎贝尔资助哥伦布，发现了新大陆之后，刺激了冒险家的航海热，最热心于海外拓展的国家，当然莫过于卡斯提尔的后身西班牙了。西班牙国王菲力普二世娶了葡萄牙公主为后之后，奄有西、葡两国，声势甚盛，他企图囊括当时海外的贸易。荷兰本来是西国北鄙的一省，荷兰商人从葡京的里斯本将葡国从南洋得来的货品，主要是肉桂、丁香等的香料，转运到北欧牟利，但是菲力普二世对于荷兰的臣民十分不满，因为他们是新教徒，为了迫使他们改宗天主教，便禁止他们再来利用里斯本港口。顽强的新教徒却不肯屈服，一方面酝酿独立，另一方面自己也去寻求在南洋的基地。被他们找到了巴达维亚，不但取给香料十分方便，并且四季风和日丽，土人友善驯服。他们驻屯下来之后，建立了东印度公司，营业蒸蒸日上，在极盛时期，商船有一百五十余艘，战舰四十艘，兵卒十万名。他们在海上横行，遇到葡国的商船便去虏捉，抗拒的就击沉。在七年之间，葡国商船被荷舰虏去或击沉的，不下一百五十艘。荷兰那时的势力范围包括了日本，日本自以为是锁国，实际上是受了荷兰的包围，被荷兰独占了生丝贸易。
荷兰独占了日本的生丝贸易，幕府早就有了默契。在一个买主与一个卖主的情形下，容易统治。九州各地的藩主以及大阪或堺的商人都无从插手。幕府官吏只须将生丝统购之后，等候荷兰船只到来，便全部销售过去，形成一种非常简单的国营事业，由荷兰方面交换来的东西，除了金银之外，便是新式的枪炮武器。因此幕府的武力，随着贸易的发展，而日益犀利，当然比只有刀剑以自卫的诸藩要强得多。在武器悬殊的状况下，说明了诸藩纵然对幕府当局不满不服，但谁都不敢公然反叛，这也是日本保持了太平的主因。
荷兰对日本的影响从此日益加深。起初日人只限于贸易上的需要，学习语言，但后来发觉荷兰人并不亟亟于传道，而对于天文、地理以及枪炮的制造，甚至御马术，都比他们以前所知的要专精得多。于是开始试验翻译他们认为不含宗教毒素的书籍，从此日本有了所谓的兰学。长崎成为学习兰学的中心。
日本虽然锁国，却没有断绝和中国往来。不过中国已经发生了极大的震撼。明廷自从熹宗即位，在一位极其昏庸的君主之下，乳媪客氏和她的姘夫假太监魏忠贤做尽了坏事，使得朝纲大乱，杀害了不知多少忠良义士。熹宗崩后，崇祯帝嗣位，虽然一心想励精图治，但国事已不可为。盗贼纷起，酿成为四窜的流寇。关外，努尔哈赤的后人，一个个精干智勇，不但会用兵，还会用间，于是战必胜攻必克；又由蒙古人手中取得了大元的传国玺，更增加了他们入主中原的信心。改了他们后金的国号，称为大清。流寇张献忠、李自成也都是聪明人，官军狠，他们就降就逃；官军弱，他们就叛就抢。朝廷往往认为他们同是子民，不肯狠下心来痛剿，在抚剿不定的情况下，流寇日益壮大，终至不可收拾。在京师陷落的前夕，纯良的皇帝发出狠劲，眼看着自己的皇后自缢，再将心爱的众妃嫔一个个砍死，最后叫了十五岁的公主来，狠狠说道：妳为什么要生在我家！顺手挥刀砍断了她的左臂。皇帝疯狂地杀了他家人之后，登上万岁山，在寿皇亭里，披发御蓝衫，跣左足，右朱履，自缢而死，明朝便这样亡了国。三十年前，淀君和秀赖的下场结束了丰臣氏，惨酷的程度也相仿佛，不过究竟他们是咎由自取。与一心想做尧舜之君，反而冤冤枉枉地亡了国的崇祯帝不同。历史上似乎只有一位君王能和他相比，那便是一百余年后，被他心爱的人民砍了头的法国国王路易十六。
大陆上的风暴日本竟毫无感觉，岛原、天草之乱后，一批浪人武士受了刺激，认为幕府政权不为人民所拥戴，在暗中蠢蠢欲动，但表面上又恢复了平静。
上皇后水尾，自从悍妒的丈母娘德子逝世之后，恢复了他拈花惹草的自由，在宽永十年与贵族藤原氏之后、名唤光子的女侍生了男嗣。虽然不是正室所生，但孩子的母亲身分高贵，上皇很有意思培植他这小儿子，不过一时不好说出口来。和子却非常贤慧，豁达大方，绝不像她去世的母亲。知道丈夫疼爱幼子，便劝女儿将皇位让出。正好这位女天皇已经当了十几年菩萨似的傀儡，厌烦得不得了，乐得赶快重获自由，便在宽永二十年禅位，让给了九岁的皇弟绍仁亲王，是为后光明天皇。
和子劝女儿逊位的决定，是得到阿哥家光将军同意的。由于这贤淑的中宫皇后的斡旋，使得本来陷入半僵局的皇室与幕府之间的隔阂，现在完全解消。
大陆方面的情况，还是乱得一团糟。崇祯帝壮烈殉难之后，继之而来的是异族入主中国，朝代换了。八旗军显然是乘人之危，占了很大便宜，设若没有吴三桂迎降，满清不可能这样顺利兵不血刃地入了关。再设若没有洪承畴替多尔衮当先锋，多尔衮也必不能这样顺利地敉平群寇。所以这些明朝的贰臣对满清确实立了大功，因此明朝的遗臣怎么能心服。
不过明朝的君臣也太不争气，明知褔王是位淫昏庸暗扶不起的阿斗，史可法偏偏会放弃他立贤的主张，而去附和立亲的马士英。一着错满盘输，史可法死，还赔送了被屠城十日的扬州。
褔王垮了之后，太祖的九世孙唐王被海盗出身的郑芝龙兄弟拥戴，在福州建立了基地，那时明朝的湖广总督何腾蛟在长沙，收抚了流寇几十万人，和清兵对峙。在江西，举人杨廷麟募集了民兵二万余人，不但能守并且反攻，杀退清军，夺回了吉安。何杨两股军都与唐王呼应通消息，所以声势不能算不大。但是芝龙是个贪鄙小人，诛求无厌，唐王封他为南安伯，又转封他为平国公，并且将筹集兵饷的大权也交给了他，但他仍然不满意。洪承畴是他同乡，都是福建泉州人。洪早就派人和他暗通，劝他投降，许他高官。芝龙正在踌躇的当口，为了一件要求，唐王没有肯答应，他便通知洪决定归顺清朝，自己带领所部，驰赴泉州，让清兵袭入，将唐王虏去。唐王不食而死。明朝最后的一点希望又幻灭了。
芝龙当年做海盗时，流亡在日本肥前，娶了田川氏之女为妻，不久日妇有孕，芝龙没有等孩子生下就离去，七年之后才将母子领回，孩子初名森，后改为成功，十五岁时送到南京，师事钱谦益，当时的大儒，成功很受到了忠君爱国的思想。他本来就是个很有血性的青年，自从追随唐王之后，十分忠诚，唐王也喜爱他，赐姓朱，拿他当子姪辈看待。因此他对于父亲的行为极端不满，由于屡谏不听的缘故，使得父子感情破裂，影响了他们父子共同策划的大方案。
成功从小生长日本，说得一口好日语，虽然被接来中国，但一直倚随母亲，日语始终甚为流畅。由于语言上的便利，芝龙曾经命他试与日方联络，希望日方出兵援明，经过多少周折，居然被他打通和幕府之间的关系。幕府虽然并无偏袒任何一方的意向，但失意的浪人武士却闻风起舞，有跃跃欲试的企图。但是听到芝龙降清、福州陷落的消息后，幕府便回绝了成功的要求。
长江以南一带还有战斗，亡明在做最后的挣扎。日本这时表面上太平得很，三代将军家光才不过是四十余岁的壮年，但已经颇有老态。庆安四年春，他得了病，自知不起，承继他的孩子只有十一岁，无从担负重任。幸而他异母弟保科正之干练忠诚，以及由他一手提拔起来的松平信纲稳健多才，都可以付托大事，在他临终的时候，特地请了正之到枕边，重重地将幼子家纲恳托给了正之之后，便溘然长逝，行年四十有八。