家康死后，很顺利的，日本统治大权落在他的嫡子二代征夷大将军秀忠之手。群雄割据、互相争斗的战国时代，终于在一位有权力的将军之下结束。从此将军之职也成为世袭。
日本的文武大官，不论是关白，是摄政，是将军，在习惯上，都与天皇相仿，一概世袭。父以传子，子以传孙，一代代延续下去，只论门阀，而不论有没有胜任的才干。既得的权益绝不轻易放弃，奇怪的是，除了地位相埒的野心家之外，不会有人前来篡夺。丰臣秀吉当年亟亟地让出关白之位，由他不成材的外甥顶他丰臣的姓，来承继他关白的职位，理由就在此。而家康当了两年的征夷大将军之后，立刻让自己的儿子秀忠来接替，也在此。名义上，虽然算是由天皇任命，但天皇早已不过是受人豢养的傀儡，谁还能不奉命行事？而其他诸侯权贵也只有俯首听命，不敢违抗了。
德川秀忠是位老实人，比起他父亲来，才具差得远，不过守成则绰绰有余。家康批评他的儿子说：这是个木头人，不会随机应变！在关原之战时，他领着一部份重兵，监视着真田昌幸父子的动静，大战开始，他居然没有分调军队去接应老父，而死盯着真田，使他失去了建立功勋的机会。他尤其怕老婆。夫人德子，是淀君的小妹，和阿姊一样，是美人，也和阿姊一样，脾气非常倔强。在家里，不断地狮子吼，因此秀忠绝不敢有越轨的行动。偶尔秀忠一个不小心，在众侍女之中发生不寻常的关系，只要被她发觉，除了将受孕的侍女逐出府外，并且还强迫堕胎。
秀忠嗣位之后，很忠实地执行他父亲的遗规，严守着所留下来的法度，不敢逾越。首先被处罚的是褔岛正则。这位丰臣秀吉七支枪的勇将，在关原之战中，请缨当了先锋，替家康建立了首功。家康对他虽然封赏有加，但总是以客将相待。他也知趣，深悟明哲保身的道理，往往称病不问世事。大阪方面屡次密函相招，他都将原件转呈给家康，以明心迹。
丰臣氏灭亡之后，褔岛是丰臣秀吉唯一的旧部。他当然觉得不自在，因此十分谨慎小心，很怕被人怀疑他会有贰心，甚至都不敢与其他大名互通音问。他的领地跨越了备后、安艺两郡，总共领有四十九万八千石，是家康诸子以外，最大的大名之一。但是在家康死后三年，由于他所居住的广岛城需要修理，他于是动工，乘机添建，不料被人告发，说他违抗武家法度的第六条：居城需要修补时，应先行请准，惟绝对不可有新筑。他不得已只好将新添的一部份拆除，但是舍不得将附属的二之丸和三之丸一同拆掉。秀忠便毫不客气，革去他备后、安艺两郡之地，改调他到川中岛去，由四十九万八千石的大领域，左迁往四万五千石的地方。正则只好遵命，五年后死于任所，得年六十有四。死后由于他是犯过武家法度的罪人，应该由幕府派人来验明正身后再葬，他儿子不肯，在使者未到之前，就火葬了，于是又犯了法度，再一次处罚，由四万五千石中再削减了四万二千石。余三千石留给了他的儿子正利。丰臣秀吉麾下，七支枪勇将，这时已全都下世。
家康病革，自知将死，请他最亲近的两位高僧天海、崇传，以及他倚为左右手的本多正纯三人到病榻前，吩咐道：我死后，将我遗骸先送到久能山，献给神。葬礼在江户的增上寺举行，再在我的故乡三河大树寺里立我的牌位，一年以后，周忌的时候，替我在日光建造一所小庙，将我的棺柩迎进去，以镇守关东八州。他逝世后，当然按照他的遗言一一忠实地照做。他选定日光的理由，不仅是风景秀丽，也由于地势高旷，在崇山之中俯瞰关东。秀忠动员各地诸侯，兴建他所希望的小庙，但这所小庙，据监工的大和尚崇传送给京都的报告中写道：不但壮丽，并且结构之美实难描叙。足见得在当时，已经比其他的庙宇要华丽多了。完工之后，定名为东照宫。
将军秀忠每年都要到东照宫去参拜扫墓。当年由江户到日光，需要三天的日程，第一站是岩槻，第二站古河，第三站宇都宫。在这三站过夜之后，才能缓缓上山到达日光。宇都宫是个重镇，扼守着通达陆奥出羽的咽喉。并且是在日光山脚下，有守护东照宫的任务。宇都宫的城主，奥平家昌突然病逝，儿子只有七岁，无法负得起这样的重任，只好另选干员来填补遗缺。在众幕僚之中，本多正纯最能干，当年家康本人都倚为左右手的人，由他来充任最妥当不过。本多本人也喜出望外。他原本是幕宾，所受的待遇，年俸不过三万三千石，现在能为城主，年入可得十五万五千石，骤然间增加了五倍，他焉能不心花怒放。不过却有人对他发生了极大的厌恶。不是别人，而是他前任奥平家昌的母亲，家康的长女，将军秀忠的胞姊龟姬。龟姬与将军秀忠之间手足情深，秀忠对老姊丧夫克子的际遇十分同情，借此机会，调她到古河来，可以拉近一站，照应起来方便，并且古河的年入，比宇都宫多一万石，生活可以优裕一些。谁知龟姬住惯了宇都宫，老大的不愿搬迁，这次的更调，她认为完全是本多正纯使的坏，抢了她的地盘。她怀恨在心，存心报复，便对秀忠不断地说一些不利于本多正纯的坏话。在幕府办事时，本多与将军朝夕相处无话不谈，可以说是心心相印，但是调到了宇都宫之后，免不了渐渐疏远。姊弟闲话家常时，总有一两句会听得进去。于是秀忠对本多的信任慢慢动摇了。
家康逝世七周年，秀忠照例要到东照宫参拜。道经宇都宫，本多早就有了准备，他为将军重新改建了行馆，将将军下榻之处刻意修饰了一番，由天花板一直到地板，都很用了些心思，并且为了谨慎起见，特地新添了警卫。四月中旬，将军夫妇以及龟姬等一行人，住宿了一夜之后，顺利上了山。四月十七日是忌辰，本多等到十九日仍不见将军由山上下来，忽然接到通知，说因夫人有病，由小路经壬生回銮江户了。这一决定十分离奇，但本多也没有很在意。哪知四个月后，本多奉命出差到出羽，处理要案，办完之后，将军的两位使者由江户到来，传达命令，将他宇都宫十五万五千石没收，他以及他儿子正胜都流配在出羽，不许回去。姑念他年已老迈，留给他伙食费用五万五千石。但他对于将军这份特别的恩惠不肯接受，终于经过十五年，死在配所。
他到底犯了什么罪？是谁诬告他的？无疑的是龟姬。龟姬指控本多有谋反并杀害将军的企图。她提出来的可疑之点：一、为什么本多忽然招兵买马，购进大量枪械？二、为什么要大兴土木，改建行馆，而行馆之中，传闻有很多奇怪的装置？三、为什么营建行馆要在深夜？四、为什么完工之后，要把与工程有关人员杀光？
龟姬这许多疑问，果然引起秀忠极度不安。他中夜不寐，披衣起身，发现所有的雨窗都不能开，自己如同被关在一个大盒子里一样，更引起他的疑窦。他又听说天花板是吊起来的，只要动某一机关，整个房顶会压下来。而浴室地板下排列着钢刀，稍一不慎地板会翻转，沐浴的人便成为一团肉酱。他不敢出声，既然已经落在本多的手掌中，深怕打草惊蛇，会激起他立刻动手，因此秀忠不动声色，等到天明，赶快脱离险境，再也不敢循原路回去。
是不是真的有机关能使天花板塌下来，是不是真的浴室下有钢刀，谁都没有去证实。不过雨窗打不开，原是好意，上了闩之后，当然可以防范奸人从外面来偷袭，至于将军真的相从里面出去的话，只须用脚一踢自然会踢开。木头搭盖的日本房子，哪里能关得住人。
不过本多挨了冤枉，也是报应。他在十年前也害过一个人。那时家康还健在，同在家康幕下极受信任的大久保忠邻，是本多最嫉视的敌手，为了离间家康与大久保之间的关系，他不断制造一些闲言闲语，以引起双方的疑虑。有一天，他侦知家康将要由江户赴骏府，途中预备在大久保的领地小田原住宿，他便买通了一位八十多岁的老翁，向家康告密：大久保行为古怪，有不轨的企图。家康果然被唬住，不敢到小田原去，在一个小村镇里过了夜，第二天由秀忠迎接回到了江户。
不久，大久保被派到京都，处理基督徒的骚动事件。办完之后，幕府的钦使也到了，不但无赏，反而有罪，传令将他充军到近江。大久保这时正在下棋，聆听之后，他要求容他下完这盘棋，因为一旦做了囚人，便没有再下棋的机会了。这位伺候家康秀忠父子历四十余年之久的老幕宾，就此锒铛下狱，虽然后来逢赦，但他不愿出狱，他说：如果当初无罪，而冤枉了我，就等于证明主公的不明，因此我不愿意主公有昏庸之名而被释放。系狱十四年，以七十六岁高龄逝世。本多用计害了大久保，八年以后，在冥冥之中，龟姬替大久保报了仇。
丰臣秀吉晚年发现基督教的传教，与佛教的劝人为善，有大不同的地方，是怀有侵略领土的野心，于是开始严禁。但是自从德川家康掌政之后，为了奖励贸易，与外洋通商的关系，没有十分注意到教会的活动。放任的结果，使得教会加速发展，由九州开始蔓延，很快遍及全国，一直到虾夷地方，都有信徒。人数在庆长五年只有三十万，到了庆长十五年，已经接近一百万了。
使得家康紧张起来的原因，是由于他幕府的职员里发生了舞弊案，而舞弊的人都是基督徒。
岛原的城主有马睛信，是长崎奉行长谷川藤广的好友。他们为了报复一艘停在长崎港口，葡萄牙船上的水手，无故杀害了他们的部属，便将葡船击沉。这条船是铁甲轮，在无国交的状态下，有马认为自己是立了大功，幕府理应大大奖赏他。恰好他有一位朋友冈本大八，是幕府红人本多正纯最得力的助手。冈本答应替他说项，领回他的祖产三个郡的土地，不过需要大量的运动费。有马大喜，付了运动费之后，缓缓等候，经过三年，只得到了家康盖了印章的一纸文书，除此别无下文。他实在心焦，直接写了封信给本多正纯催问此事，于是全案爆发。严鞫之下，冈本承认家康盖了章的文书是他偷盖的，运动费是他吞没的。他自知绝无幸免的希望，由于他恨透了告发他的有马，在供词中，也拉了有马下水，硬诬有马有杀害他的好友长谷川藤广的企图。长谷川是当朝要员，幕府不能不认真处理，于是又将有马逮捕。有马是个莽汉，拙于言词，审讯之下，竟糊里糊涂地认了罪。幕府勒令他切腹自杀。本案虽然结束，但幕府不能不追究有马和冈本之间的关系，他们怎么成为知交的。调查的结果，原来他们二人都是基督徒，有互相资助之雅。这件事使得家康大惊，因为有马是堂堂的方面大员，而冈本更是执掌密勿的干部，都被基督教吸收了去，其他部门必定也有渗透分子。经密查的结果，号称御林军的旗本里，居然有十四名是基督徒，府里的侍女也有信教的。
家康如噩梦初醒，知道事态严重，等于自己的心肝肺腑操在外夷的手中，随时都可以被他们挖走。家康从小就受过一向一揆叛乱的教训，知道信仰迷人的厉害。基督教迷人的程度可能更甚于一向。他于是赶不及地延请了他最信任的高僧崇传和尚，研究如何处置到处潜伏着的异心人。崇传也别无他法，只有建议他从速取缔，并且替他起草了一道严禁基督教的命令，文曰：基督徒潜来日本之目的，不仅为通商，实欲乘机散布邪说，扰乱我宗法，企图化日本为其私物点穿了基督教是有领土野心的邪教。
家康老来受了这一打击，使他极度不安，几乎怀疑每个人都可能是背叛他的基督徒。因此他甚至对像大久保忠邻这样的老伙伴，都会由于一个不相干的老翁的告发，而发生了迷惑。庆长十九年，他派遣了大久保到京都，命令他将在京都的一所基督教教堂焚毁，再将著名的传教士高山右近、内藤如安逮捕，押解到长崎，然后再将他们驱逐到吕宋。家康可能是借此试验大久保有没有袒护基督徒的迹象。大久保虽然处理得漂亮，但好像家康的疑团未解，终于将大久保无缘无故地降了罪。
家康处罚基督徒的方法也很绝。他将信徒裹在稻草袋里，只露出头来，然后一个个往上堆，堆成像金字塔一样。压在底下的人喘不过气来，求死不能，虽然想唱赞美歌也唱不出调来，在难过万分中，只要谁肯说愿意改宗，就马上释放，写了悔过书之后，便可以回家。但是信徒之中倔强的多，虽然受了折磨，松口求饶的还是很少，最后只有一批一批地将他们烧死。
当初家康只注意到贸易。那时西班牙在吕宋岛建立了据点，英国开始拓展印度的资源，都有船舶往来向日本搜购生丝。每次的买卖，家康总能得到一两件新鲜产品，使他大开眼界，因此他极愿意和洋人打交道。虽然他也知道洋人除了贸易之外，总脱不了要传教，但他以为二者必然可以分开。他委托到东方来寻找金银岛的魏斯加伊诺，传达一封国书给新西班牙国，说明他的立场：日本自古崇奉神佛，与贵国宗教大异其趣，以故贵我两国无宗教上之缘分，务希以后勿再布教。惟商船之往来，与贵我两国皆有大利，当恳继续展拓为幸。
家康的贸易与宗教的分离运动，没有得到对方有利的反应。新西班牙国不久改为独立的墨西哥，根本没有再理会日本。家康逝世后，他的后继人，由于基督教的日益猖獗，认为洋人惹不得，不但严禁了基督教，连贸易也断绝。到了宽永年间，日本开始实行了锁国政策，与世界各国，除了中韩以外，一概不再往来。这时二代将军秀忠虽然只是四十五岁的壮年人，却已经告老让位，由他儿子家光继位了。