大阪的形势十分孤立，有力的友军一个也没有。除了关原之战后，无处可栖的败军之将的后人，如大谷吉继的儿子大学、增田长盛的儿子盛次，倚附过来之外，比较有点力量的只有真田幸村。
幸村是真田昌幸的次子。在群雄争霸的战国时期，昌幸是武田信玄麾下的武将，武田灭亡之后归顺织田，织田信长被弑，又归依家康。但是由于家康与北条言和，强迫他将新占领的沼田城还给北条。昌幸不肯，于是翻了脸，从此昌幸与家康成为敌对的仇人。石田三成的政变中，他参加了西军，遏阻了秀忠的援兵，使得秀忠没有能驰援家康，参加关原之战，致使秀忠终生饮恨。这时，昌幸虽然已经在三年前亡故，但幸村却没有忘记他父亲的夙敌旧怨，誓死与家康不共戴天。幸村不但英武，也有胆识，可以说是大阪方面唯一的将才。余下来的，便是淀君引以为腹心的大野治长集团，治长之外，二弟治房、三弟治胤统率着一群浪人武士。由于受到淀君的宠信，他们的发言最有力量，可以决定和战。家康为了和平解决纷争，选定了大野治长为交涉的对手方。
在和平谈判当中，家康虽然按兵不动，却不断以大炮向大阪城轰击。他实行心战，每夜隆隆的炮声，弹丸的爆炸，不但使得守城的士兵心惊胆战，就连在安全地带的淀君和秀赖也不能安枕。家康想借疲劳与恐惧来唤醒他们母子二人的理性，以及摧毁他们的战意。
几天之后淀君果然受不了。她答应由大野提出言和的条件，愿为人质到江户去，不过希望家康收容大阪方面所雇佣的浪人武士，并且增加他们的薪给。
家康对于后者断然拒绝。他不但不能增加无功受禄之辈的薪给，并且根本没有收编这批浪人武士的意愿。
家康这时恰好请到了一位炮击名手，便毫不客气地对准了大阪城的天守阁，发射炮弹，击中了支柱，又一枚击中了千席大厅，使得淀君惊慌万状。
近在咫尺的天皇派了三位敕使前来，向家康传达了旨意，希望家康返京，同时命令秀赖言和。家康拒绝了。家康的措辞尽管十分婉转，但明显表示，这是武士间的纠纷，请圣上毋须干预，大有君命有所不受的气概。天皇碰了一鼻子灰之后，从此对武人之间的一切，不再过问了。
家康发现大野治长已经被浪人武士包围，不能作主，便改变策略，想利用女眷和淀君直接谈判。在他阵营里有一将京极忠高，是淀君的胞妹号称常高院的儿子。常高院居孀为尼，一直陪伴着淀君在大阪。家康命令忠高到阵前喊话，请常高院出来。于是便由常高院代表淀君，家康方面由他的爱妾阿茶代表，双方往返交涉，达成协议：
一、将大阪城最主要的大城留下，辅翼的两座小城拆毁。
二、所有的濠沟全部填实。
三、由大野治长、织田信雄遣送人质过来。
四、大阪城内所有的武士，对以上各条不准有异议。
双方交换了协议文之后，家康便启程返回京都的二条城。这时已是庆长十九年的年尾。他在京都度了岁，然后回到骏府。紧张的局势忽然松弛了下来，好像长久的和平有望。
和平是恢复了，但大阪方面，后遗的工作仍然十分繁重。辅翼大阪城的两小城二丸、三丸，不能不开始拆除，濠沟不能不填实，这两项工程不但浩大，并且也令人心酸。丰臣方面君臣，个个都老大的不愿意，这是先人太合殿下亲自规划出来的金城汤池，留给后世子孙的一项精心杰作，现在要由自己人亲手去破坏铲平，真是情何以堪。而更使他们不能不愤恨的是，已经在心如刀割涕泗交流中，还要受到德川方面监督者的催促、挑剔、辱骂，怎么能忍受得了！
春天就这样在怒气冲天里过去了。丰臣家君臣深悔当时没有能战斗到底，瓦全的味道似乎还不如玉碎！而浪人武士间也蠢蠢欲动。他们在上次的战斗中，没有得到任何好处，却饱受了奚落。德川拒绝收编他们，丰臣也认为他们是累赘、是包袱。他们深有自知之明，此时唯一的出路，是死拼，在死中求活。
庆长改元为元和元年。三月里，家康得到情报，说大阪不但停止拆墙、填沟，并且又聚集粮草、弹药，召募浪人武士，显然在准备大战。家康质问后，大野的辩白不能使他满意，于是又提出了两项办法，任由丰臣选择：
一、丰臣氏退出大阪，移到大和或伊势。
二、解散所有浪人武士，仅能保留原有的家臣。
这两项，丰臣氏都无法接受。虽然以前丰臣秀吉也曾命令过家康，将他累代父祖所传给他的三河，以及家康自己苦心经营的骏河、甲斐等地让出，但是是以更大的领域来做交换的。另外一项前例是织田信长的发源地尾张，由信雄承继之后不久，秀吉便命他让出，迁居大阪为寓公，等于剥夺了一切。现在显然要淀君、秀赖母子步信雄的后尘，而绝非以更好更大的地方来安置他们。至于解散浪人武士，更是办不到。这批凶悍粗暴的莽汉，早就骑在淀君、秀赖母子的头上，不受任何人的统御命令，驱逐他们等于对他们掀起一场内战，谁都不敢轻易尝试。
因此家康所提出来的办法，大阪方面无法爽爽快快地承诺。而在这期间，大野在一次返回寓所的途中，黑夜里遭人狙击，虽然没有送命，但也引起了绝大的骚动。是谁干的？传说是浪人武士。他们疑心大野有投降的意图，出卖了他们。
拖到了四月底，家康的第九子义直在名古屋结婚。他亲临证婚之后，便到京都，再度对大阪提出了上述两办法，大阪依然没有满意的答覆，他便挥军进击。
大阪的地形与前已大不相同。很多障碍物被拆除，沟渠被填实，变成无险可凭的野战场。家康的大军更容易纵横驰骋，在第一次的接触中，大阪便丧失了几员猛将。大规模的拼死决战，是由五月初五开始，初七大阪方面已届强弩之末，真田幸村还能率领所部，冲上了家康大本营的茶臼山，将家康最精锐的号称旗本的御林军，杀得四散奔逃，家康本人都不能不退避三里之遥。但幸村终因寡不敌众，全军覆没，幸村本人也饮恨殉难。秀赖所领的亲兵七队全部战死，只有大野三兄弟所集合的浪人武士纷纷逃散，不知去向。淀君和秀赖由于天守阁被毁，不得已躲到天守阁下的库房里。初七的黄昏薄暮，大阪仅余的武力也垮了。大野治长乘夜色蒙蒙当中，托他手下武将将家康最怜爱的孙女千姬，在乱军中护送了出来。大野是希望在释出千姬之后，也许能略平家康的气愤，借此饶得淀君和秀赖的性命，但是家康无动于衷，仍然包围了库房。
初八的黎明，淀君知道无望，看着儿子秀赖切腹自杀后，也刎颈而亡。秀赖才得二十三岁，淀君确实的年龄不详，大约四十余，大野治长以及他的老娘一同殉难。
淀君、秀赖死后，家康一改以前宽大待人的胸襟。他忽然残忍起来，下令到处搜寻丰臣氏的余党，每天处死的人数以百计。由京都到伏见之间，设了十八处棚架，每一架上陈列了千余颗新斩下的人头，任由行人观览。
秀赖和侍妾之间所生的儿子，也已经八岁，名国松，由乳母救了出来，逃到伏见，但不幸被逮，连同伺候他的小童，年龄也不过只有十二、三岁，都毫无容赦，一起被押到六条河原枭首示众。丰臣氏的后裔被斩尽杀绝。秀赖七岁的小女孩没有被杀，却被迫为尼，号天秀，终其一生在镰仓的东庆寺修行。
关于千姬的脱出，另外有一悲剧的传说。在战斗正酣时，家康悬念孙女的安全，看见大阪城冒出冲天火焰，焦急万分，便传令他部属诸将，无论什么人，只要能将千姬平安救出来，就以千姬嫁给他。令出之后，出羽守坂崎直盛便只身冲入城内，居然被他找到千姬，并且安全地救了出来。家康大喜，立刻加了他薪俸一万石，并且答应以千姬嫁他为妻。但是千姬嫌他丑陋不肯成婚，她的父亲秀忠也不愿勉强她，于是改嫁俊秀的本多忠刻，在出阁的当天，直盛实行抢婚，不幸被护从兵丁包围，只好自杀而死。
这一传说并非事实，却能说明当时民间对家康不顾自己孙女的幸福，利用她为工具，以缓和两姓的嫌隙，后来仍然落得个悲惨的结局，不能不说是个极大的讽刺。
至于家康何以要对丰臣氏使出斩草除根、惨绝人寰的绝招来？似乎是由于日本一向讲究睚眦必报，何况是灭门之恨！哪有不报复之理。因此为了长保子孙后代不被丰臣氏所杀害，只有将丰臣氏一丝一毫的苗芽都铲除净尽。
家康灭了丰臣氏之后，他的威望虽然确立，日本无论哪个角落里，都没有人对他表示不臣服或反抗，比起任何时代的征夷大将军都威风，但他读过书，受过中国儒家思想的薰陶，懂得以马上得天下，却不能以马上治天下的道理。他不敢自满，必须另外找到一套长治久安的方法，因此他重视学问，想从中国的各种典籍里寻求解答。他对汉文下过工夫，了解力似乎也很高，在钟铭事件发生前不久，他为了测验当时僧侣的学识程度，曾经由他亲自出题，选取了《论语》中的一句：
为政北辰，居其所而众星拱之。
令他们论说。足见得他不但汉文根抵甚深，并且《论语》也够熟。由此更可以知道钟铭事件里，是他硬诬作者国家安康一句，故意将他的名字腰斩，触他的楣头，显然是恶意挑剔，而不是不懂文意。
这时天下大定，他决心偃武修文，由汉籍里他发现了《贞观政要》一书。他本来就极倾心唐太宗，在这本《贞观政要》里，太宗与群臣的对话，使他得到很多启示，悟出治国要道必须先修法。他于是首先制定了武家诸法度，作为武人遵行的法典，约束了武人的行为。随后撰拟了禁中公家诸法度，是文官以及与皇室有关的大法，总共十七条，第一条：
天子诸艺能之事，第一御学问也。
文辞极其不通，大概是限制天皇只应该从事于学问、百艺。最后又颁布了寺院诸法度。以上三法度，作为武家、公家、僧侣三类人的行为准则。从此一切悉依法度行事，天皇也不例外。赏罚陟黜都有了根据，谁也不敢再有异议。
元和二年的正月二十一日，虽然在严寒之中，家康兴致勃勃，约了他的老友茶屋四郎次郎带着大批鹰犬，到骏河郊外放鹰打猎，十分愉快。在猎罢歇脚预备进餐的时候，次郎闲谈起最近流行一道菜十分鲜美，是鲷鱼用油煎熟，再蘸上大量的蒜盐，其味无穷。家康听罢，食指大动，立刻派人去买了两条大鲷鱼、三条甘鲷，照样烹调起来，果然鲜极。家康边饮边吃，异常高兴，不觉过量。不一时难过起来，腹痛如绞，就此病倒。他本来深通医术，很多卿贵政要生病时，都会来请他开方诊治，都能药到病除。但这次他自己医疗居然无效，病了几个月后，病情日益加重，延到四月十七日，溘然长逝，享寿七十有五。
时为日本的元和二年，西历一六一六年。清太祖努尔哈赤即位，明万历四十四年。神宗虽然只是五十多岁的人，但已经极为衰老，不久于人世了。
家康的身体素称健壮，不过偶然也会有突发性的晕倒，据现在的医学判断，认为他可能患有胃癌。在激烈奔驰运动之后，潜伏在胃里的老癌，本来在安安静静空空的胃里，突然冲进大量的辛辣异体蛋白质，刺激它爆发、扩张，以至于不可收拾。说明了家康病情突然恶化的原因，似乎可信，我们也无须再去证实。
家康自幼颠沛流离，吃尽人间辛酸，却因而练得一身好武艺。不论是骑马、击剑、游泳，都专精，而最善于射，他能百步穿杨，号称东海道上第一，后来喜用洋枪，虽然七十岁的老人，发射的命中率仍然很高。而最难得的是他喜怒不形于色，在多舛的命运里，他能忍，在今川义元部下，受尽委屈，织田信长横蛮地杀了他的爱妻，丰臣秀吉是他手下败将，他居然服服贴贴地屈从其下，成为莫逆之交。以上说明了他虽然有高度的智慧，矫健的体力，而他能在平时深藏不露，俟机方动，并且绝不勉强追求侥幸，因此他能将织田、丰臣两人所累积的功勋汇合，完成了统一日本的大业，成为三百年德川时代的始祖。
家康虽然世代武人，但他却喜欢结交武人以外的朋友。他最亲密的伙伴是位商人，就是陪他饮酒吃鲷鱼的茶屋四郎次郎。次郎在很早以前，便是德川家调度军需的能员，他不仅供应物资，同时也替家康传达情报，侦察消息。家康每战必胜，无坚不摧，仰赖于次郎的情报甚大。本能寺之变时，织田信长被弑的噩耗传出后，掀起了绝大的混乱。各地土豪乘群龙无首的当口，纷起掠夺，成为盗匪的世界。而家康还在悠闲漫游，不知已有突变。在赴三河老家的归途中，必须经过最危险的贼寨伊贺，幸而次郎在沿路各村庄里施舍了买路钱，方得顺利安全通过。
家康的贸易知识全由次郎处得来。他知道贸易可以致富，商贾是通有无的媒介、无孔不入的探测者。他与当时的武人大不同，对商贾绝不轻视欺凌，反而严令部属刻意保护。因此在他的境内，总是呈现出一片繁荣景象，原本几乎无人烟的江户，曾几何时，在他逝世前，已经成为凌驾京都之上的大都会。
他唯一的遗憾，是没有能与大明恢复贸易与亲善关系。丰臣秀吉所盲目引起的七年战祸，死伤了不知多少无辜生灵，虽然虎头蛇尾地结束了，但是自古以来，中韩日三国之间和睦相处的形象破坏无遗，尤其明廷方面对日本免不了存有无穷猜疑。家康几次复交的试探都没能成功，使得他赍志以终。