秀吉就任关白之后，朝廷政事自然落到他头上来，他不能不组织一个行政机构来帮他处理，所谓的奉行制度于焉成立。他在部属之中遴选了五个人，负责钱谷、讼狱、僧祝以及其他各种庶政，这五人的职称，名之为奉行。奉行者，奉行政令之谓，在织田信长时代，已经有此名称，是临时性的职务，职务完毕即行解消，譬如修理大内的宫殿等等的工作称为修缮奉行。现在是常设机关，等于内阁的阁僚。
五奉行之中，只有一人是秀吉的亲戚，其余都是有专长的文人。而最值得注意的一人是石田三成。
三成是近江石田村里人，十五、六岁的时候就跟随了秀吉，为人伶俐机敏，善察人意，才智方面说来，真可以说是不亚于秀吉本人。三成在秀吉面前，几乎等于当年秀吉在织田信长面前一样地被宠信、被重用。
这班文人班底，在他就任为关白后极为重要，不过用武力打天下，非仰仗武士不可。像七支枪那样的勇猛战将，在这时还是最吃重的人物，虽然中部日本已定，但东西两方根深柢固的强豪，都虎踞一方，丝毫没有降伏的态势。辽远的南疆九州，更是从来没有受过任何节制。秀吉对于这几处地方，当然不肯放过，他还需要武将。能使文武双方的干部都能戮力为他效忠，而不相互倾轧，确是秀吉不可及的本领。
虽然已经位为关白了，但秀吉内心里还免不了有自卑感，为了谋求日本的统一，使得群雄能够心服，他最希望能有一个有身分的人，屈居在他之下，甘心情愿受他指挥。在他的心目中，最合乎他的要求的人是德川家康。家康比他小五岁，父祖都是累代大名，本人又是负有盛誉的武士。如果能与他成为莫逆之交，所有朝野之士都会对他肃然改观。
不过他与家康之间，偏偏发生了不愉快的事件。家康与北条之间是紧邻，往往有边界上的冲突。家康的附庸真田昌幸，本来是武田的部属，武田亡后，归属德川。家康划拨了一小区上田作为他的领地。家康与北条对垒的时候，真田出兵相助，夺取了北条氏的沼田城。
武田氏灭亡后，北条遣使与德川议和，并密商瓜分武田氏的故地，由德川取甲斐、信浓，北条则取上野，并为北条氏直，氏政的嫡子，娶家康的女儿为妇，两家结为姻好。家康同意了北条方面的建议。问题是真田由北条夺来的沼田，要归还北条，而真田怎么说都不肯，沼田是他以血肉得来的。和议因此陷入僵局。家康一时气愤，认为真田不听调度，破坏大局，领兵去惩罚他，不料被他杀退。真田还凶得很，居然向秀吉告状，说家康欺凌他，请求秀吉主持公道。秀吉于是命令越后的上杉景胜前往援助。秀吉与家康之间虽然没有正式交战，但已是敌对状态了。
另外还发生了一件事。家康手下一员老将石川数正，忽然偷偷地由三河首都冈崎，携家带眷逃到了京都，投靠秀吉。这是一个极大的震撼。一向待人宽厚、万众归心的家康，居然也会有老将背叛他，令人怀疑阵营中是否埋伏着秀吉的奸细，不但军心动摇，并且人人互相猜忌。
二十多年前家康和今川氏断绝关系的时候，是这位老将救了家康留在今川氏手中为质的儿子信康。小牧山之役时，又是代表家康出席和议的人物，是德川家重臣之一，但他对秀吉却有好感，小牧山之役后，秀吉攻打竹鼻城时，老将派人送了一套马铠给秀吉。秀吉认为老将这种献殷勤的行为，必然会被家康知道，希望他以后小心。而这样提醒了老将，反而使得老将回想起来为之万分不安，终于出走。出走的另外一个原因，是他有个儿子在大阪任职，秀吉位为关白后，下令凡是在外地有亲戚来贺的人，一律加官。为了儿子，老将数正甘冒叛臣之名，远道来贺，但他却是个不受欢迎的贺客。 《外史》上的记载是：
秀吉遇之甚薄，或榜其门嗤之。
这是给老将很大的难堪，为什么要刻薄他，理由很简单，秀吉这时候正要争取家康为己用。
秀吉首先派了三员大将邀请家康到京都。三人临行时，他再三嘱咐由于老将石川数正的离叛，一定会使得家康迁怒到我方，因此交谈时，要特别小心。三人领旨后，去见家康，虽然卑辞厚礼，但仍然碰了大钉子回来，家康说：我知道秀吉要报小牧山战败之辱，他早就计算我，我才不会中他的圈套，我不去。倘若他有意兵戎相见的话，我勉力敬陪。
秀吉并不死心，他又托织田信雄从中斡旋，家康还是不肯。秀吉再派了一位说客羽柴胜雅去游说，仍然没有用。羽柴赖在家康的首都不肯回去，家康找了他来，告诉他：秀吉若能带着大军打来，就请来，要我去，我绝不去。这是斩钉截铁的最后通牒了。羽柴不敢不回去转陈，以为秀吉必然会大怒，不料他竟沉吟不语，一直在沉思中。到了半夜四更时分，他忽然将信雄以及羽柴请了去，说道：我有办法让家康必来！二人相顾惊诧。他继续道：他新丧妻，我令我妹子嫁给他！令妹现在那里？二人问道。就是旭姬呀！他说。旭姬那时已经嫁了人，是日向太守的夫人。秀吉命令他这异父妹和她的丈夫离异。 《日本外史》的记载是：
日向守勉强听命，遗妻而自杀。
是否真有此事，尚待查证。不过那时的女人比禽兽好不了许多，是筹码、是棋子、是工具，不能有感情，只能听命令。而没有强武力的男子，也就没有保护妻室的资格，只好受辱或自杀。
秀吉派了人说亲，家康本来拒绝，拗不过对方的固请，于是约法三章：一、新妇有了孩子的话，绝不以为嗣。二、现有的嗣子，绝不送去为质。三、如果我早死了，不可割寸地。秀吉对这几条条件全部接受。并请人把旭姬送到了家康首都冈崎去成婚。然后又请六位重臣护送，秀吉的母亲大政所到冈崎去探望新婚的女儿，也就是以母为质，来换取家康的信任。
这一连串的措施进行得飞快，好像加了速度的影片，映在银幕上一样。人物都显得慌里慌张。就这样家康当了新郎，认了岳母，认了秀吉为妻兄，结为郎舅之亲，从此是秀吉亲密战友之一了。
秀吉不断促驾，家康率领了众将及士卒万人西上，在冈崎先迎接到秀吉的母亲大政所。他在起驾前接到圣旨，由参议升任为中纳言，这是秀吉去保举的结果。
秀吉命令沿途多处，在家康经过之地，修桥梁、设供帐，让他舒舒服服到了京都，下榻在当时最华贵的茶屋。他一到，秀吉就带同弟弟秀长、媒人浅野长政等一行先来见，表现得非常亲爱，像是一家人。他说：长筱一别，一晃已经十二年了。现在为了天下的一统，还蒙惠然降临，大事绝对没有问题了！说罢命令拿酒来，他先一饮而尽，然后酌给家康。从容地问道：我出身微贱，诸侯多不心服，我该怎么办？家康说：只要您行得正，处事公平，谁还能不服！秀吉点头称是！他就拉住家康，和他耳语道：明天希望您帮我个忙，我预备在聚乐第正式接见您，在诸侯面前，希望您给我个面子！
聚乐第是秀吉在京都的大邸宅。虽然他在大阪营造了一所堡垒式的七层高楼，但他自从当了京官之后，在辇毂之下，不能不有个住处。于是就在旧皇宫的遗址开始营建了一所大庭园，其中楼台观阁分散多处，将京都各寺院里的奇石珍木都搬来花园里，是一所文化气氛极为高雅的豪华殿堂，与大阪杀气腾腾的堡垒，迥然异趣，但是防卫确实，四周掘了一个很深的人造湖，围绕了起来，任何人都不能轻易跨过。秀吉在天正十四年的十一月初二，聚乐第还没有完全完工时延见了家康，他那天还请了文武百官、各地区的大名守护，在严肃的朝仪下接见。家康在众目睽睽之下，身着中纳言的朝服，向关白秀吉恭恭敬敬地行了跪拜礼。旁观者没有不屏息改容的。秀吉大悦，他征服了唯一能敌对他的英雄！
天正十四年的十二月，正亲町天皇禅位皇太孙，皇太孙即位是为后阳成天皇。诏以秀吉为太政大臣，仍然兼任关白。
秀吉统一日本的大业迹近完成，尤其羁縻住家康之后，已无东顾之忧，现在所余的，只剩西南和极北两处的强豪未服，而在他眼中看来，都已是瓮中之鳖。更何况在九州的三强，还在互相争斗之中。大友宗麟是三强里最大的一个，他累代都是丰前丰后的守护，在他手里又并吞了肥后，蚕食了筑前和肥前的若干城池，但他却不是最强的。在他之南是萨摩，有岛津氏，是九州最大的豪族，弟兄三人，老大义久，豪迈有野心，两个兄弟，义弘，有武略；家久，有智谋，懂兵法。三个人会合起来，所向无敌。大友宗麟被这三兄弟连连紧逼，只好亲自到大阪来，面谒秀吉求救。秀吉大喜，以上宾之礼接待大友，除了请大友参观大阪的种种设施外，并且大燕数日，然后奏请天皇：岛津不朝，臣请自将伐之。他于是动员了尾张以西，三十七州郡的兵力，会集到大阪来，命令石田三成筹办三十万人的粮食，两万匹马的刍草，以一年为期。天正十五年二月，秀吉率领了十五万大军，由京都出发，水陆俱下，驰赴九州，浩荡的声势压迫得岛津三兄弟喘不过气来。虽然英勇有智谋，在这样威胁之下，只有屈服。何况墙倒众人推，除了大友本来就不友，连原来还算友善的另一豪强龙造寺，也起兵响应了秀吉。秀吉对于九州地区十分好奇，在游山玩水、凭吊古迹之中，完成了九州的征服。他对岛津三兄弟十分宽大，没有严厉地处分他们，义久投降之后，饶了他不死，并且还封了他的弟弟义弘，仍旧为萨摩的守护。不过他对于自己的部属却是另外一副嘴脸。佐佐成政跟随他出征，以功封为肥后的管领，秀吉告诫他：善待土豪，勿扰国民。成政不听，到后来土人果然反了。成政想赶来大阪请罪时，秀吉已经派人在半途中把他截留了下来，命他切腹自尽。在小牧山之役时，秀吉已经嫌他反覆无常，由于信雄的求情，才得苟活，结果还是不能幸免。
秀吉凯旋归来时，恰巧聚乐第已经完工，他将母亲和妻室都接来住。这所豪华的邸宅，若无人来鉴赏，岂不可惜！他想到故事，从前足利义满以及足利义教二人，都邀请过天皇到家里来行幸过，他何不也仿效足利将军，借天皇的临幸，大摆场面。同时即位甫一年的后阳成天皇，年纪很轻，正想走出宫阙，见见世面，便欣然接受，决定在春暖花开的四月十四日莅临聚乐第。聚乐两个字的出典，当然是由中国古书里摘出来的，《五代史》的<翟光邺传>里有一段：
晏然日与宾客饮酒，聚书为乐。
是极其风雅的聚乐。秀吉则将它变质，成为不可耐的俗事，他亲自到皇宫去接驾，然后随辇扈送，卤薄之盛，前所未有。据当时的记载，<聚乐行幸记>里说：
车驾还没有出宫门，前驱倒已经到了聚乐第。天皇临幸后，秀吉恭恭敬敬地献上珍物，同时奏乐，如此者前后总共七次。通宵盛宴，继之以歌舞。
秀吉穿着锦绣的朝服，坐在天皇的右侧，文武百官依次坐定，就由秀吉宣读誓辞，辞曰：
奉戴皇恩，竭力王事，莫敢或怠。皇家之邑莫敢或侵，侵者相共诮责之。戒嘱子孙，莫敢或渝违斯盟者，六十六州神只大罚殛之。
第二天再大燕由远道来参拜的外官。然后由天皇开始作歌，臣下都一一陪和。天皇玩得高兴，原本准备三天的游幸，延长到五天才算兴尽回銮。京都的老百姓已久没有见过这样的盛况，都互相庆贺，太平盛世终于重现。
食色性也，秀吉当然也是个色鬼。他的婚姻虽然美满，但禁不住在当时的社会，还没有实行一夫一妻制，谁能养得起，谁都可以多有几房家眷。秀吉做到了关白，富贵荣华集于一身，后宫之中，要多少人就能有多少人，谁也管不了他。
在天正十三年一位天主教的传教士，路易‧佛罗依斯，写给教宗的报告中，描叙秀吉的私生活，说：关白放纵、不检点的程度，确实惊人，他表现了动物肉欲沉溺的本性，在他后宫里，已经有了两百多妇女，但这位六十多岁的老人（其实他才五十岁），只要看见他所喜欢的女人，不论何时何地，是何出身，他都拉到后宫，截留两三晚再遣送回家这位神父真是少见多怪，在那时，任何地方的帝王、高官显贵、有权有势的人，哪一个人的私生活不是这样？就连教宗也不例外。不过路易的报告也未必正确。他连秀吉的年龄都没有认真地考证过，关于秀吉的私生活当然也只不过是耳闻。
秀吉对于八重，他的正妻，始终十分尊重，八重虽然没给他生下一男半女来，究竟是糟糠之妻，对她的恩情并未稍减。不过为了求子嗣起见，除了娶前田利家的女儿摩阿之外，也娶过其他女子。说也奇怪，都生不出孩子。天正十六年，他由九州凯旋回来，发现一直寄食在他家里，信长的三位外甥女都已长成，个个亭亭玉立，尤其年长的一个，已经二十岁，艳丽绝伦。三女都该择配，秀吉便不客气纳了大姊为侧室，她小名茶茶，这时候将她安置在淀城，于是秀吉的亲友僚属都称之为淀君。而淀在日文的读音恰好是窈窕。
窈窕很自然地得了宠，很快地又怀了孕。秀吉的喜悦非同小可。翌年的五月，生下了一个小小子。秀吉有后了。从此他的人生观改变，更想为他的子孙创立一个亘古以来从未有的大帝国。
秀吉对于故主信长，无疑是极为崇敬。信长的所作所为，他很少改动。唯独对于基督徒的态度，则有极大的不同。不过倘若信长当年也发现了秀吉所经验的事实的话，可能也会像秀吉一样，成为一个反基督教的死硬派。
信长首次与耶稣教会的传教士路易‧佛罗依斯会见时，是西历一五六九年的四月初八。约在三十年前，一艘葡萄牙船在种子岛（九州的南端）触礁，受到当地的人民官宪善意的援助接待，传回到葡国去之后，葡国的船只便不断常来，主要的是做生意。所谓的种子岛枪，就是这时传来日本。到了一五四九年，传教士克萨维野到鹿儿岛开始传教，两年之间，他居然吸收到七百六十人受洗，经过三十余年后，信徒激增，到一五八二年，已经超过十五万人。其中如大友、大村、有马等，都是九州方面有头有脸、有权有势的大人物。他们为了表示虔诚，特地挑选了几个伶俐的童男代表他们，到罗马晋谒教宗。
不过这信仰风气只停留在九州区域。西洋传教士虽然也到过京畿一带，但佛教的声势究竟深固，基督教义不能得到大众的共鸣。唯独信长基于好奇，想引进新知识，同时他又憎恶佛徒的腐化与猖狂，想用另一种宗教作为对佞佛的解毒剂。他延见佛罗依斯时，问他：倘若日本没有一个人信仰上帝，你便怎么样？佛罗依斯答道：纵然一个人都没有，我还是继续传道，绝不回去。信长很为嘉许。不过他自己没有表示过有听道受洗的意愿，也从来没有奖励过他的部属去信基督教。
至于在征伐九州以前，秀吉对于基督教问题，似乎没有考虑过。但是九州之征、九州之旅，使他亲眼目睹九州的种种，不由得他不采取积极的对策。
耶稣教会在日本本岛所表现的形象是柔和的。它传教布道，宣导福音，像是个毫无副作用只是与人为善的组织。但是在九州，它的面貌便完全不同。它有主张、有目的、有计划、有行动、有绵密的基层组织。在天正十五年，耶稣教会派去的传教士已经超过一百名，信徒约有三十万人，显然是个不容轻侮的力量，如果贸然取缔，可能酿成难以收拾的祸害。秀吉看清楚了这一点，他暂时不声不响，待他在凯旋回程之中，到了博多港，脱离基督徒影响范围时，会集了地方官宪，提出了几个问题，命令传教士答覆。
一、耶稣教会根据什么权力，强令日本人成为基督徒？二、为什么不断地怂恿信徒去毁坏庙宇及排斥僧道？三、为什么劝诱人民宰杀帮人耕种的牲畜，如牛马？四、为什么准许葡萄牙商人将日本人送往印度当奴隶？
当然没有一个答覆能使他满意，于是他下令限在二十日之内，勒令所有的传教士出境，否则处死。这道命令，不过是虚声恫吓，并没有认真执行。秀吉在九州所表现的姿态，是异常宽大，对传教士当然也不例外，他只是想要他们稍自敛迹就行了，并无意真正赶他们走。
不过在传教士这一面，怎么肯认输，既得的权益如何能放松，终于迫使秀吉不能不采取更严厉的手段。
传教士为什么要来，来的目的是什么？在秀吉心中盘算着，起初得不到确切的答案。但终于他明了了。
在葡萄牙人之外，又来了一批西班牙人，自称是上帝的使臣。他们不是耶稣教会派，而是弗朗西斯教派，两派起了争执，互相攻讦，要求日本官方处理。
恰巧这时又有一艘西班牙船在土佐触礁，受日方救助。船上的水手为了表示他们的国度伟大，领土广阔，大吹特吹，说得天花乱坠。他们兴高采烈地谈道：咱们的国王才聪明呢！他先派传教士宣导福音，诱邀当地人民信教，然后命令兵将去征伐，就这样轻而易举地扩张了版图。水手们的话是否真实，姑且不论，但听到秀吉耳朵里去后，使他恍然大悟，原来洋人存心不良，传教士是侵略者的先遣部队。他们是披了羊皮的虎狼。于是在天正十六年的五月，秀吉下令驱逐传教士，毁长崎教堂，禁人民信教。这是他第二次排斥教会的行动。这次是认真的。
秀吉好大喜功。他是个穷苦出身的孩子，从小受尽缺钱的委屈，他一生不会忘记他母亲所交给他的那一串永乐制钱！现在他富贵集于一身，他要尽情花钱，尽情享受荣华。他喜欢大兴土木，建造豪华的殿堂。他受到织田信长的影响。信长重修了二条城，兴筑了安土的七层天主阁。他也替天皇造了仙洞宫，为自己建了大阪城、聚乐第。他动员人夫之众，是自从埃及金字塔以来向所未有。他营造的宫室，虽然不会有阿房宫那样雄伟，但由于时代的进化，豪华精细必然过之。现今还流传，用金箔装饰的用具，所谓桃山文化的产品，就是秀吉时代的工匠所创行的。他滥用黄金，日常用具都喜欢用黄金铸成。屏风、桌、几也都镶嵌黄金。日本武士原本受到中国禅宗的影响，讲究朴实淡雅，不慕荣利，如今被秀吉蒙上了一层黄金色。跟着，整个社会风气也随之丕变。茶和禅的韵味很能配合，苦苦涩涩，清香绕舌，余味无穷。茶传到日本来之后，极为武士所爱用。尤其当织田信长翦伐群雄的时候，他在不用兵的期间，不能不使他的部下有些事做，于是发起了所谓的茶会。虽然只是喝茶，但将茶叶磨成细粉，将水烧到恰到好处，坐相严肃，喝相端正，仪式十分隆重，使得爱好形式的日本人，认为形式也就是内容，会感到无上满足。当年既无高尔夫可打，又无麻将可搓，茶会就成为万方期待的娱乐、消遣。秀吉便利用茶会，作为他收揽人心的手段。
茶会必须用茶具，茶具又必然是陶瓷制品。日本陶土不好，几百年来都烧不出精美的瓷品。因此高级的茶具大多数来自于高丽，或来自于明朝。一个好茶具都会视如拱璧。当年有名反覆无常的松永久秀有一个三脚鼎形的茶壶名平蛛，为信长看中，希望见让，松永舍不得，后来他兵败，竟抱着他心爱的平蛛自焚而死。信长本人珍藏了很多茶具。他大宴部属的时候，便展览出来，任人观赏，他奖赐有功的部将时也用茶具。秀吉在三木城大捷之后所受到的重赏，就是信长颁赐给他的大茶壶，名为四十石。秀吉为了这四十石，特地开了一次大规模的茶会。
信长逝世后，秀吉依然遵承信长的旧制，以茶具为收揽人心之用。因此他虽然酷使人力，但人也乐为所用。他最大一次的茶会，是北野的大茶汤，任何人都能参加，不分贵贱贫富，真正的与民同乐。场地是选在北野的森林之内，在松柏参天之中，选一席地摊开自己的茶具，三两人成为一组，行礼如仪地饮起茶来，主人是关白丰臣秀吉，穿着朝服端坐在临时搭设起来的茅亭里。老百姓环绕远望已经感觉满足，他们是当今所向无敌的英雄所邀请来的宾客。
这次的大茶汤本来预定为十天，但一天就收场，是因为肥后有了叛乱，那不成器的成政为政不善，使得秀吉不得不分神另调兵将去镇抚。这次的大茶汤未能尽欢，但是留给后人一个难以忘怀的盛举历史上最初野餐式的茶会。至今流传下来的茶道，就是它的后身。
秀吉收服九州之后，余下来的，只剩雄霸关东的北条氏。北条，自从北条早云发迹以来，惨澹经营历经四世，关东八州以及附近地区都在治下，倚险自固，虽然比不上当年征夷大将军镰仓幕府的气势，但也俨然一方之主。秀吉早想去制伏他，不过那时德川家康还在游离之中，他勇冠群伦，身负盛誉，是个举足轻重的人物，他很可能偏向北条，因为他与北条之间有了姻戚之谊，北条的嫡嗣氏直是他的女婿。尤其在小牧山之役后，秀吉与家康心中都不免存有芥蒂，加上真田昌幸不肯归还由北条境内夺来的沼田城，和家康起了冲突，而秀吉又左袒了真田，使得秀吉与家康之间更为尖锐。不过终因秀吉的气度与手腕超人，与家康化敌为友，结成郎舅，将家康纳入最亲密的伙伴之中后，形势又大变。北条不但少了一位有力的支柱，并且秀吉与家康的联手，打破了任何形势的均衡，而在北条氏直的心理上，自然兴起了依靠老岳丈庇护的侥幸心，不肯拼死战斗了。
不过氏直的父亲北条氏政却倔强任性，他从小受父祖庇护，没有受过挫折，才智平平，而自以为超凡。秀吉在聚乐第宴请天皇，兼邀各地诸侯共会时，唯独氏政没有来。翌岁，秀吉又派了专人劝他入觐，他居然提出条件，要求真田昌幸先还他的沼田城之后再说。他这种傲慢无礼的态度，使得他亲家家康，都认为过分，老远地派人去将顺逆的形势说给他听，劝他入朝，但是他不听。
秀吉依了他的要求，拨出了另外一所城池给了真田昌幸，命真田将沼田还给了北条。氏政得了沼田之后，依然没有来朝的动静，反而由真田递到了控诉。他告道：北条守将进入沼田之后，又要占据那胡桃城。那胡桃城是我家坟墓之地，因此我说只遵命归还沼田，没有听说也出献那胡桃，不料那守将居然派兵强占了。秀吉得报大怒，又据说氏政对人扬言：我关东八州一向不受任何人节制，当年源平二氏对立时，平氏的大军只进到了富士山脚下，闻水鸟起飞声，就惊恐而溃，如今丰臣秀吉又能拿我怎么样！氏政的狂态，明明是接受挑战。秀吉不能再忍，于是奏请天皇，讨伐不臣的北条。
秀吉调兵遣将时，确实经过一番考虑，他派大纳言德川家康率领所部为先锋征讨北条。他明知道家康与北条之间是亲家。虽然他本人与家康也是郎舅，但他的妹子已于前两月病逝，在亲情方面，已无任何瓜葛。现在只靠友谊，友谊能否胜过姻戚，这次的调遣似乎是秀吉有意试探家康有无偏袒北条的意向。家康也是聪明人，他受命为先锋之余，立刻命他的嗣子到京都秀吉的帐下，听候调遣，实际上是送子为质，以表明心迹。秀吉接到家康的嗣子之后大喜，看他装束土里土气，命妻室替他换上京都最时髦的衣裳，放他回去。秀吉此举明显地表示对家康有绝对的信任，无需任何人质。
秀吉手下人眼见秀吉如此对家康推诚相待，免不了生妒，尤其最被秀吉宠信的石田三成，得机会便要进谗，假意地算是关心秀吉的安全，一再提醒他：家康是北条氏直的岳丈，可能相通，随时倒戈。不过秀吉不为所动，对家康倚重到底。
秀吉这次动员的兵将是空前的，他不但倾全力大张挞伐，并且也借此威吓更在关东以北不庭的强豪。他的大军节节进击，北条氏政当然不敌，关东八州诸城守将在重压之下，摧枯拉朽似地或死或降或逃。唯独氏政的首都还在顽抗。小田原是濒相模海湾的一座具有历史的古城，北条早云发迹之后，即以为都，祖孙相传历经四世，是关东首屈一指的名城，也是个屡经攻战的战场。北条氏政早有笼城的准备，在四周筑起了坚固无比的城堡，储存了大量粮草。氏政的计算是：如果秀吉大举来犯，迢迢长途军粮必然不继；如果小举，则他凭山川之险、士卒之勇，必然也能将秀吉击退。可惜他的估计还是错了。秀吉不但大举，并且调度了充足的粮秣而来，实施持久的围攻。
秀吉是在天正十八年（西历一五九○年）三月初一率领大军，由京都整队出发，真是旌旗蔽天，甲胄耀日，老百姓夹道欢呼，是他们从未见过的空前盛况。到了四月初一攻克了箱根，越过了最艰险的叠峦深渊，到达了小田原的城郊。秀吉下令将全城团团围困起来，截住来援的救兵，却不急急地去攻打小田原本城。他置酒高会，邀请各部主将德川家康、织田信雄等人，轮流到他营中欢聚，甚至将他的宠姬淀君也接了来，共享围城之乐。为了解慰军中的无聊，特地准许京都、大阪方面的商人前来买卖，艺人献技，歌舞，使得城中人心焦如焚。到了六月，秀吉请家康射了一封招降书给氏政父子。又秘密地和城内守将之一的松田宪秀相通为内应，许他事成之后，以关东最富的两州赏给他，松田动摇了，答应约期起事，秀吉立刻将松田的覆书派人送给了北条氏直。氏直大怒，将松田拘禁起来，杀了松田的儿子，从此城中人人自危。任韭山城守将的北条氏规是氏政的胞弟，本来就不赞同乃兄的蛮干，一向也与家康十分投契，这时挺身出来，知道事不可为，只能求和，请家康婉为先容，让他到小田原去劝说他乃兄。秀吉应允了所请之后，小田原便投降了。不过秀吉认为北条氏政是元凶，命他自裁，赦了氏直，却杀了那愿任内应的松田，说他是北条氏的叛贼，时为天正十八年七月。
秀吉和家康有一天在战事未决、共同研究关东八州的形势时，秀吉忽然指着地图，对家康说道：这一大片土地，在事定之后，我将全部委托给你！家康闻言拜谢，秀吉又问家康：你将来是否还在小田原建都？家康点头称是，秀吉又指着地图说：我细看距离小田原的东北约二十里之处，有城名江户，襟带山海，是个好地方，你可以建都。家康连忙说：遵命。北条既定，秀吉在犒赏有功人士的时候，依约将关东八州划归家康，以换取家康原有的老家三河以及家康累年来恢拓的新境宇。两相比较，当然关东八州要广阔得多，不过区域面积虽大，但新抚之众未必能心服。
家康手下兵将个个怨咨，谁也不甘离乡背井迁往一个陌生的地方，风俗习惯语言都会不同，尤其兵燹之余，城邑荒芜，毫无安全感可言。唯独家康坦然接受，虽然他明知道所谓的关东八州，实际上只有六州，安房的里见氏、下野的宇都氏，从来自立门户，不受任何方面的管束。要使他们听命归顺，还要很费周章。
家康在他群臣的嗟叹声中，接收了关东。又遵照了秀吉的意旨迁往一个芦苇丛生、荒凉隘陋的小城江户里去，将他自己的旧领地三河、骏河、甲斐、信浓、远江，整顿清理完毕之后，奉献给了秀吉。秀吉大喜，家康是处理割让事宜最迅速的人。