和几十名随从住宿在妙觉寺里的信忠，被人由梦中唤醒，想去救援时，已来不及。本能寺已经成为一片火海。信忠的随从建议驰回到安土去，信忠说：光秀的叛变，早有预谋，他焉能不在通安土的中途设下埋伏，我们这时只有回到京都内的二条城里去！
二条城是他父亲亲身替足利义昭策划的半堡垒式的大邸宅，虽然经过战乱的破坏，但仍然不失为一个可以防身的处所。这时由正亲町天皇的皇太子诚仁亲王居住。皇太子闻悉叛变的噩耗，情愿将二条城让给信忠，自己马上迁移了出去。信忠在仓皇中居然还能召募到一千多名兵丁共同守城，毕竟众寡悬殊，终于被明智光秀的大军攻破，正殿起火，信忠见大势已去，切腹自杀了。
人世无常，织田信长认为赖以传宗接代、旷世奇才的嫡嗣，竟以二十六岁的英年死于非命。
光秀杀了信长父子之后，得意非凡，他写了一封信给毛利，振振有词地替他弑主的行为做了辩护，文曰：
此次木下秀吉领军侵入备中，骚扰贵境，足下建将军旗鼓，予以痛击，忠行义举将永垂不朽。光秀亦久憾信长父子之专横僭越，经于本月二日，得行天讨，诛织田信长父子于本能寺，完成将军夙愿，实亦本人毕生之大庆，谨此奉达。
名义上算是替将军足利义昭除了十恶不赦的叛徒。
由上述的信，可以测知明智光秀的本意，是在希望毛利一族，继续他们对木下秀吉的战斗，吸住秀吉所拥有的数万精兵。杀信长父子，除了得意的丑表功之外，更说明了他也是拥护足利将军的同路人。
他这封信来得太晚。木下秀吉已经与毛利氏罢兵言和了。毛利氏不但没有吸住秀吉的大军，反而拨出了一部份弓矢、粮饷，赠送给秀吉。在本能寺之变前，秀吉与毛利在备中对峙，毛利已经遣使请和，秀吉不肯擅专，请信长决定，不料噩耗传来，秀吉知道这样重大的凶讯绝对瞒不住，不如爽爽快快地通知毛利。问他们在这种情况下，还愿不愿言和，如果决心不和而战，则现时最好。毛利发觉秀吉十分有骨气，是个爽朗可交的汉子，情愿交他这样的朋友，于是化敌为盟。光秀绝没有料到会有这样大的转变，不但没有吸住秀吉的几万大军，反而增多了一个意想不到的敌人！在本能寺得手后，光秀便挥军攻安土，三天后占领，将信长存储的财宝掠夺一空。正想如何策划他新得来的天地时，得到急报，木下秀吉已经回师北向，举起了讨逆的大纛，宣称要为信长父子复雠。光秀这时已经胆寒，本能寺变后，各方的反应极为冷淡，没有任何有利的共鸣，只有怀念织田氏恩德的嗟叹。秀吉的登高一呼，四面八方都响应了起来。但是光秀强作镇定，对好意来劝他暂避的部将大喝道：天下人看织田信长，怕得像鬼神一样，却禁不起我一击，我能怕谁！
他分军为六队，夜半冒雨前进，渡桂川，到了山崎，第二天黎明，秀吉的大军也陆续集合，于是开始拼斗。秀吉军首先夺得了天王山的高地，在杀伤相当，秀吉军略占优势的当口，忽然压住阵脚不动的光秀后备队的友军后撒了，一时大乱，光秀退走到一处小城里，一霎时，这小城又被秀吉大军团团围住，他不得已突围而走，与十余骑逃到一个竹林里，又被士兵攻击，他日夜战斗疲乏已极，招架不住被士兵一枪刺中右肋，翻身落马，复一枪结束了性命。时为天正十年六月十三日，距离他袭杀信长父子的六月二日只有十一天。
明智光秀实在辜负了他的姓氏，他既不明也不智，他误以为袭杀了信长父子之后，日本便能为他所掌握。他以为信长的几员大将，一个个都分不了身来制裁他，柴田胜家需要防备上杉，泷川一益需要防备北条，而木下秀吉正与毛利对垒中，他乘此时机正可以从从容容培植自己的力量，挟制天皇以号令群雄。可惜他计算虽精，究竟难逃天网。终于身首异处，骂名千古，也改写了日本历史。
木下秀吉杀了明智光秀，替信长报了仇，诛了叛逆，声望更隆，他邀请群雄，到信长老家清洲去集会。泷川一益、柴田胜家等人都来会合，共议善后。拥立了襁褓之内的信忠的儿子三法师为嗣，也就是信长的嫡孙。
这件事表面上似乎是顺理成章，但却有了周折。柴田胜家新续弦妻，是信长的胞妹阿市。阿市初嫁浅井长政，浅井虽然与信长为郎舅之亲，但并不和睦，终成仇敌，信长杀了浅井，使得阿市居孀十载。她始终未嫁，居住在清洲娘家。这时柴田胜家到了清洲，与阿市邂逅之后，两情相悦，缔订了姻缘。阿市对她内姪之一的信孝十分偏爱，有意立他为信长之嗣，力劝她的新夫婿支持。胜家奉了坤命，哪能不竭力主张，但是信孝是庶出，在多妻习俗时代，信长本身有不少妾室，他还有一个庶出儿子名信雄，比信孝大几个月，因此如果要立长的话，就该立信雄，绝轮不到信孝，会议的结果，采取了立嫡，而由信雄、信孝二位叔父任辅佐之责。不过信孝心中愤愤不平，他对木下秀吉早有芥蒂，在讨伐明智光秀时，他也曾参加讨伐军，不过秀吉没有因他是信长之子，就另眼相待，也没有特别为他记功，秀吉主张立嫡，又与胜家的意见相左。信孝以为这完全是秀吉故意从中作梗，不由得把秀吉恨如切骨。
除了立嗣之外，清洲会议议定了很多要政，信长的旧领该由谁承继，由谁管理。国家的大政，原来由信长决定处理的，由谁担承。秀吉在会议中，凡是有利可图、有权可攫的都尽量谦让，而需要出力的他都承受了。但仍然免不了为人所妒、所忌。对他最不谅解的是柴田胜家，胜家在诸将中，资格最老，声势地位也最高。但自从秀吉诛杀了明智光秀之后，是秀吉替信长报了仇，讨了逆，显然的，秀吉抢了所有的镜头，威望超前了很多。而尤其清洲会议之后，各将不得不奔回到自己的领地，唯独秀吉本来家住长滨琵琶湖上沿岸一个村落，离安土很近。在本能寺之变时，他的家被明智光秀的部将劫掠一空，家小逃离到伊吹山中藏躲起来，幸免于难，战事初定时，他便迁居到京畿境内的山崎，因此他就近可以照应皇室。清洲会议中，原订朝政由柴田胜家、惟住长秀、池田恒兴以及秀吉四人负责处理，但其他人距离远，又嫌烦，一切都交给了秀吉，秀吉义不容辞，便与皇室之间日益接近。皇室对他自然也另加青眼。
天正十年九月十二日，信长逝世的百日忌辰，阿市以胞妹的身分，在山城的妙心寺替信长做了一次佛事。
同时，秀吉也在京都的大德寺信长的灵前做了佛事。信长的尸身自灰烬之中寻出，面貌已难辨认清楚，一直停放在大德寺中。十月初九，朝廷特派专使，亲临大德寺宣下天皇所颁赠的荣衔，为从一位太政大臣。比信长生前的名义右大臣正二位，晋升了两级，在武人里是稀有的哀荣。
秀吉选定了十月十日替信长营葬，他预先普发了通知，到期，皇室以下，朝廷里的高官贵胄无一不集，可以说是盛况空前。奇怪的是，信长的两个儿子信雄、信孝都没有到。柴田胜家夫妇也没有来，秀吉成为丧主。信长家族对秀吉的杯葛，反而增加了秀吉的声誉，他现在是公认的信长的承继人。他这种以退为进的作为，究竟是蓄意，还是偶然，虽无从肯定，但毫无疑问，他的智慧、手腕似乎比任何人都高。
清洲会议中有一项决定，即信长的嫡孙三法师移驻到安土来，三法师是乳名，现在正式取名为秀信。安土被明智光秀劫掠毁坏之后，已残破不堪，经过秀吉刻意的修缮，约略恢复了旧观。完工后敦请促驾时，忽然有了阻碍，是信孝与胜家夫妇都不愿意放秀信去。他们深怕一旦陷入秀吉手中，便为秀吉所利用。于是借口清洲会议的决定种种不便，打算全盘推翻。并且联合泷川一益等，共同来对付秀吉。形势顿时紧张起来。
秀吉是个精细人，情报工作做得十分彻底，胜家夫妇和信孝的举动，他了如指掌，信孝招兵买马的消息，早传到他耳边，织田家的人既然对他毫无恩情，他替信长的报仇、讨逆、收尸、营葬、开吊，不但没有得到他们丝毫感谢，反而招致了恨妒，确是他始料所未及。这时他也只好横下心，一味地争取各方的友谊，以增加他的声势，因此对过去和信长有过恩恩怨怨人际关系的，他都一概不管。这年的十月，信长的对头而为毛利氏所拥戴的足利义昭，希望回到京都，秀吉为了怀柔毛利氏，答应了他的请求。秀吉这一举动，更增加了织田族人对他的误会。
秀吉向各方争取友谊的工作相当成功。织田信雄是信长的次子，为人忠厚，但没有主见，信孝从小就看不起他这位傻呼呼的兄长，只不过比他大了几天，却断绝了他承继大业之路，因此对信雄十分厌恶。信雄成为织田家遗弃了的丑小鸭，却被秀吉像天鹅一样迎接了过去。除了信雄以外，信长的旧部也陆续向他示好，秀吉的气势越来越有利了。
信雄投到秀吉阵营里去后，信孝大窘，立刻动员，准备袭击在安土的信雄。信雄慌了手脚，只好问计于秀吉。这时正属隆冬，秀吉说：现在越前地方多雪，行军不易，柴田胜家必然不肯在这样的情况下作战，对付信孝一个人，并不困难。他于是先下手领兵攻岐阜，大规模的内战于焉开始。果然不出他所料，柴田胜家没有动，信孝敌不过，只好请和。
泷川一益奉信长之命镇守北疆抵御北条，信长死后，北条立刻翻了脸，侵入到上野。一益亲去防战，不料吃了大败仗，不得已退到长岛。他与柴田胜家私交甚笃，风闻到秀吉已经有了军事行动，写信建议胜家暂时隐忍，等待来年春暖花开时，再领兵去反攻，由南北两面夹击秀吉，此时不妨遣人议和，以懈怠秀吉的军心。胜家依了他的计策，请了几位素来与秀吉有旧谊的老同党，到山崎去会晤秀吉，请释前憾，共辅幼主。秀吉是有心机的人，他明知道这是柴田胜家的缓兵之计，但他却满口答应，恭恭敬敬、和和蔼蔼地送了几位和平使者回去之后，他立刻点起兵将，把他原来领有、让给了胜家的长滨，夺还了回来。长滨是由柴田胜家的养子胜丰驻守的，但是胜丰因为和胜家的宠将佐久间盛政之间有私怨，他宁愿背叛他养父，而投降秀吉，双手把长滨送还给原主。秀吉得到长滨之后，重新修筑了城池，堵住了由越前来的通道。越前是胜家的基地。
秀吉在畿内布置防御工事的时候，胜家也有了重大收获，德川家康自从访谒织田信长之后，游历了京畿各名胜，在旅途中听到了信长遇害的凶耗，立刻赶回领区。他乘各方慌乱之际，不声不响地开拓了自己的疆域，将邻接三河的甲斐、信浓的土地，都并吞了过来。胜家认为家康会是个有力的帮手，在十二月里特地派遣了专使，送了厚礼，与家康通好，被他接纳了。据《多闻院日记》里记载：
明春，雪消之时，家康将与一益、信孝、胜家，联合出击。
说明了家康也将加入到胜家集团里来。
但是秀吉的行动快速，他不等雪消，在十二月十六日占领了大垣城，十二月二十日包围了岐阜。信孝无奈，只好再讲和。他把三岁的小秀信送了出来，把母亲和妻孥都作为人质，送到秀吉营里。信孝首先垮了。
秀吉接到小秀信之后，便护送到安土城，达成了清洲会议的约定。秀吉十分高兴，搜集了很多珍奇的小玩意馈赠过去，过了一个平安的新年。
新正过后，秀吉便率领了众将，到安土集议，订定了作战方针，雪未解取一益，雪已解围胜家。于是在冰雪交加的正月，他就先攻在伊势平原长岛的泷川一益，一益本是一员名将，交锋之后，并不能像摧枯拉朽那样，将他一举击溃，到了三月初三才攻克龟山城。这时胜家已经率领了精兵由越前出发，逐步南下了。秀吉将龟山交给了信雄，留骁将蒲生氏乡等七人对付一益，自己引了诸军驻屯在近江境内的柳濑，胜家的大军也陆续到了柳濑，两军互相对峙，秀吉依湖山形势筑成连珠寨，一直相持到四月十六日。在岐阜的信孝企图与北来的胜家，以及在伊势鏖战中的一益取得联系，又蠢动了起来，秀吉便亲自往大垣想将他制伏，但适逢大雨，无法动弹。在胜家阵营里有位猛将佐久间盛政最得宠，听人报告说：秀吉的诸寨中，以在余吴湖畔的贱岳寨最弱，如果破了贱岳寨，秀吉的连珠形势便会蒙受严重打击，现在秀吉正在攻岐阜的当口，乘虚进袭，机不可失。胜家依了他，拨出万人让他衔枚疾走，绕道到了余吴湖，果然攻破了贱岳寨，杀了秀吉麾下大将中川清秀。盛政乘胜又攻克了另一据点，把守将赶跑，他陶醉在胜利之中，居然违背了军令，不肯将他统率的一万兵丁将佐带回大营，而在余吴湖畔扎营休息了下来。胜家连催五次，他都不顾，只贪恋余吴湖的水光山色。到夜里，忽然一片喊杀声起，无数火把由山涧四处涌现出来，在照耀如同白昼里，辨认出来是秀吉的旗帜。松懈了的盛政的士兵大惊，无心恋战，夺路而逃，被秀吉的如雨枪弹杀伤很多。秀吉又指挥他手下勇将斩杀，加藤清正等七人大显身手，将盛政的一万精兵全部打垮。历史上有名的七支枪神出鬼没，至今流传，成为武勇的象征。
盛政全军覆没、盛政本人被擒的败报，到了胜家的大营后，如同受了电击，军心登时涣散，士兵开始成群地逃亡。胜家原想亲自与秀吉决战，但是检点兵卒，只剩下了三千人。家将劝他退，他说：我向来是以少击众，获胜时很多，你们为什么要拦阻我？家将答说：现时不同了，您所带的兵是新募的，和以前所领的子弟军不同！他的家臣毛受胜介又力劝胜家赶快回北庄基地，他自己穿上胜家的服装奋战，万一战死，也可以使得秀吉不再穷追，误以为胜家已死。但是此计并没有能使秀吉上当，假胜家力竭而亡，衣甲虽是，面貌毕竟不像，秀吉并不休息，乘胜追击，将北庄团团围住。
胜家和夫人阿市以及亲信共九人，一向退到了城里的天主阁上，取酒诀别，胜家请夫人逃：妳是信长的胞妹，秀吉绝不会对妳无礼！阿市说：我跟了你，你死，我怎么能独活，只希望我三个女孩儿能保全性命！她即席吟唱了一首歌：
无端寂寞仲夏夜，子规声声泣永别！
然后她便闭目念佛，这时火焰由楼下慢慢冒上来，胜家和夫人都取出利刃来，胜家剖腹，夫人刎颈，双双自杀而死。大火吞噬了整个楼台，男女三十多人都葬身火窟。秀吉最大的劲敌柴田胜家完了。