元弘三年（西历一三三三年），后醍醐天皇像凯旋的大将军一样，前簇后拥地堂堂回銮京都了。但是他毕竟和凯旋的大将不同，胜仗不是他打的，只不过他捡到了个现成，无功可言。在他头脑里并没有如何收拾疮痍、休养生息的打算，满以为幕府被消灭了，旧秩序恢复，所谓的王政复古立刻实现，又可从从容容地过那唯我独尊、万人景仰的逍遥生活了。不过这是梦想，事实上摆在眼前的是雄赳赳的武将，一个个气焰万丈，等候封赏。虽然其中多数是见风转舵的投机份子，但是如果没有他们，北条氏怎么能够这样轻易地崩溃，这仗还有得打，并且胜败之数，尚在未定之天，凯旋谈何容易，因此这批降将是关键人物，论功行赏，最高，应该是他们，而功第一无疑的是降将中的翘楚，足利高氏了。
足利是二百余年前源义家之后，源义家在征伐虾夷的两次战役之中，都立过殊勋，死前留下一张遗言，写道：
七代之后，我子孙必有出任天下之政者。
他七代孙家时，那时已经因为累代在下野的足利郡足利庄食邑，取姓为足利，看到祖先的遗书，总是悒悒不欢，因为他始终没没无闻，自惭庸愚，愧对他那赫赫有名的祖先，因而自杀，他自杀前，也写了一祈祷文，文曰：
至恳八幡大神见怜，余自愧无状，今特缩短生命，以求三代以后之子孙，有能完成我祖父之夙愿者。
家时便是高氏的祖父，恰好是三代，后醍醐天皇对高氏特别垂青，赐改了他的名字高氏为尊氏，尊是取自天皇自己的名字尊治，以示优渥，真是宠信之隆一时无两了。
其实论复辟之功，除了楠正成以外，应该轮到皇子护良亲王，才称允当。在天皇蒙尘的当时，亲王和楠正成配合得密切无间，到处散布流言，组织地下活动，为了增长声势，亲王自愿为僧，以联络各大寺院的僧兵，虽然屡次为幕府所察觉，更加以逮捕，都被他逃脱，最危险的一次是当楠正成失守赤坂城时，亲王也在阵中，于是落荒而走，只身逃到了奈良的般若寺，不幸又被人发现，报告给幕府的驻兵，立刻般若寺被包围得水泄不通，亲王想除了自杀以外，已别无他法，正想寻地自裁时，走到藏经楼里，看见有三口大柜，其中之一是开了盖的，他便躲了进去，把经顶在头上，拔出短剑，万一被发现，他就饮剑而亡。追兵搜来了，看见大柜，那两口关了的可能有问题，便去搜看却一无所见，于是又走到别处搜寻，亲王这时自觉不妥，便走进了已经搜查过的柜里去，一会搜查人果然回来搜那口开了盖的经柜，也毫无所得，放声大笑而去！
虽然他屡次都能大难不死，最后仍然逃不过奸人的谗言。镰仓底定之后，他发觉征夷大将军的职位虚悬，有人觊觎，他密奏父皇，毛遂自荐，当了将军。他是想这样便可以断了野心家的念头，以免有人去师法百余年前的源赖朝的故技。他是防足利尊氏，他觉得尊氏是个貌似恭顺而内藏奸诈的危险人物，他劝过天皇乘他羽翼未丰的时候，及早翦除，但是天皇不肯。
他对足利防范，足利焉有不知之理，于是双方结下了誓不两立的深仇。护良自恃他与天皇是父子骨肉之亲，又是复辟的功臣，谁还能动他毫发，纵然得罪了尊氏，料想尊氏也奈何他不得。但是天下事偏偏有意外，尊氏却有一位极有力量的余党，那就是天皇的宠姬藤原氏，藤原氏跟随天皇一同逃过难，在隐岐一同吃过苦，算得上是同命鸳鸯，她与天皇生了好几位皇子，在她想如果护良继位为天皇，她的儿子便没有份，因此在她心眼里，护良最好是去当和尚作为寺院的总住持，她怂恿天皇去劝护良，而护良早有警戒，婉拒了天皇的建议，天皇虽然明白护良的用意，但是藤原氏却认为护良是谋登大宝。于是看护良如眼中钉。尊氏设法结交了她之后，两人便不断地进谗，毁谤护良，而枕边人的哭诉最有奇效，天皇对于这位恩重如山的爱子，居然起了疑，建武元年（西历一三三四年）的十月二十二日，尊氏拿了伪证，说是大将军谋反，就在当夜，天皇派兵把护良押了起来，罪名是叛逆。
根据《日本外史》，护良被囚之后，托所识的宫女上书给天皇，原文真是一字一泪，文曰：
复生者数，焦思运筹，遂得底诛夷之绩，而不图获罪于此，仰将诉天，日月弗照不孝之子，俯将哭地，山川弗载无礼之臣，父子义绝，乾坤共弃，臣不敢复有望于世也，倘宥死刑，削籍归佛，臣终身毋悔，抑申生死，而晋国乱，扶苏刑，而秦世倾，圣明盍延古以鉴今
他这封信根本没有递到，被藤原氏吞没了。
半个多月后，又由宫里把他送入虎口，押到镰仓足利直义处，由他监管，直义是尊氏的胞弟，等于准许尊氏随时处决这位金枝玉叶的亲王。
尊氏意气飞扬，他最忌惮的劲敌，现在在他掌握之中，从此他有完成祖上夙望的可能。而事有凑巧，北条高时的次子时行尚在人间，高时兵败自杀时，他才得几岁，在荒乱中，被家人救出，躲到信浓，隐姓埋名，暂时混过几年，但是因为他是北条家仅余的嫡子，不论是仇家、是旧部，都在到处搜寻他，等到大局稍微稳定之后，北条的旧部死灰复燃，于是簇拥了他，聚集了五万人，想乘虚而入，来攻镰仓了。守镰仓的足利直义闻风而逃，在逃走之前，他命人把囚在东光寺土牢里的护良亲王杀了，亲王死时只得二十八岁，可怜他赤胆忠心辅佐父皇夺回了江山，反被父皇出卖，身首异处死于土牢之中。
镰仓被北条时行占据之后，京都震恐，出兵讨伐叛乱，天皇不得不仰仗尊氏，尊氏于是乘机拿起乔来，果然如以前护良亲王所料，他要求征夷大将军的名义出征，一改他以前恭顺听命的态度，天皇这才恍然觉悟到护良亲王确有远见，尊氏是个极难驾驭的不羁之徒，此时悔之已晚，而大错已成，更错的是他没有刘邦的豁达，也没有张良的智谋，征夷大将军的空名他硬是不肯颁，只准尊氏以征东将军的旗号讨贼，尊氏悻悻而行，心中反意已决，建武二年的八月初二领兵东征，势如破竹，八月十九日他已经克服了镰仓，北条的残众纷纷溃散。他大功告成后，本来应该班师还朝报捷，他却趦趄不前，一方面为酬劳有功的部属，另一方面他自知功高震主，忌他的人会来暗算。于是他便自封为征夷大将军，管领东国。这等于反了，天皇一时无计可施，只有静待观变。
从上野起义东归的武将新田义贞，自从还都以后，很受宠信，出入宫禁，成为御前近臣，他色胆包天，在宫中居然勾引近侍，为天皇所发觉，天皇并未加罪，反而成全了他，将近侍赏赐了给他为妻，这一殊恩引起了无数人的嫉视，最恨他的就是他的故主足利尊氏。
尊氏占领镰仓之后，论功行赏，奖励出力的士卒，首先将新田在关东的土地财产没收，分给了他人，新田闻讯大怒，他即刻上书数尊氏八大罪，然后请缨讨贼。天皇览奏十分欣慰，这时熟悉关东地区形势的武将，也只有新田一人，于是决意讨伐，到十一月下诏任中务卿尊良亲王为上将军，新田义贞为大将军领兵出征，另外檄令驻屯在东北边界州地区的北畠显家袭击镰仓。
官军的部署虽然周密，但是双方的士气却有悬殊，尊氏对于袍泽一向宽厚爱护，他所收容的武士大都是些冒险犯难的亡命之徒，侥幸得胜，便能飞黄腾达，获得封侯之赏，因此个个奋勇。而天皇这面，过去赏罚不当已是有目共睹，谁还肯卖死力！在接战初期双方互有胜负，但是官军里逃兵越来越多，新田不得不退却，尊氏的大军进迫京都，守军经过十天的厮杀，防线被冲破，尊氏进入到京都，后醍醐天皇不得已又逃往比睿山里去，投靠寺院的僧兵了，时为建武三年的正月十一日。
正紧急时，忽然一支勤王军队勇不可当，把尊氏的兵将杀得大败，为首的一名小将跃马持刀，是奥州的太守北畠显家，奉旨由远远的东北赶来赴援的，显家是北畠亲房的长子，十六岁就被任命为太守，他父亲官大纳言，是后醍醐天皇皇子世良亲王的师傅，世良亲王不幸夭亡，亲房痛悼之余削发为僧，后醍醐天皇复辟之后劝之还俗，并且晋位为从一位的大纳言，镰仓克服之后，东北地区需人镇守，天皇特地起用了他的儿子，是个英俊老成智勇双全的小伙子。这时他来救驾，会合了新田、楠正成的军队，在圆城寺夹击尊氏，打了一次漂亮的大胜仗。不过尊氏的兵多，有几十万人，而官军方面兵不满十万，楠正成又以智取胜，解了京都之围，尊氏狼狈得不敢东退镰仓，只好向南奔筑紫。天皇还幸京都之后，便擢升显家为权中纳言、陆奥大介兼镇守府将军，统领陆奥、出马、常陆、下野等地区，建武三年二月里他离开了京都回任，他回去不到四个月，尊氏又领了大军由九州进犯京都了。
尊氏退往九州的途中，喜出望外地得到了废帝光严的旨令，从此他便不是叛军，而是另一位天皇的部属，名正言顺地招募军兵，正正式式地飞檄讨伐新田义贞，要清君侧了。
新田误了大事，当尊氏败走的时候，楠正成劝新田应该乘胜追击，但是新田舍不得离开他乱离后重聚的娇妻，迁延了三个月都没有动，失了戎机。在这三个月当中，尊氏重整军旅，击破了菊池武敏之后，挥兵北上，新田义贞这时刚驻屯到兵库（今神户附近），闻讯大惊，飞书告急，朝廷震动。京都的兵本来就不多，而一部份已经由新田率领而去，后醍醐天皇不谙军事，下令楠正成去驰援，正成奏道：尊氏率领了新募的兵将，又连连得胜，其锋甚锐，我方以疲惫之众去格斗，必败无疑。所以不如请陛下再幸比睿山里去，召还新田，让贼众古据京都，我就回河内，断绝贼兵的粮道，这样贼兵日散，我兵日聚，夹而攻之，可一战而破也，总之最重要的是在求胜！他这番意见，诸公卿都认为有理，唯独参议藤原清忠说不可，他说贼虽众盛，但王师有天助！于是后醍醐依了这位相信天助的腐儒，命令楠正成去前线援助新田，楠拜辞天皇之后，对他十一岁的儿子正行说道：你虽然年轻，但是也已经过了十岁，好好记着我今天的话，这次的战役，系天下之安危，恐怕我再看不到你，倘若我战死，那必然是足利氏的天下，你千万不能降敌，族里只要还有活着的，你就带领他们到金刚山去抵抗，以身殉国，有死无他。说罢，解下天皇所赐给他的宝刀，交给了正行，正行要跟他同去，他把正行赶了回去。
正成到了兵库，与新田会合，两人相互诀别，喝了一夜酒，第二天接战，新田率三万人抵挡尊氏的水军，而由正成去对付尊氏的弟弟直义所领的陆军，陆军号称五十万，而正成只有兵七百人，很快就被包围，正成和他的弟弟正季拼命死战，几次冲到直义马前，都被人救去，正成兄弟还剩七十三骑，本可以突围而走，但正成根本不想活，兄弟二人进到一间老百姓家里，他解开甲胄，身上创伤累累，问正季道：你死后怎么样？正季回答道：我愿七生人间以杀国贼！正成欣然叫道：对！于是两人相向坐，取出利刃，对刺而死。
新田义贞也大败，三万骑剩了残兵六千，回到了京都，王师终于没有得到天助！天皇只有再逃到比睿山里去。六月，尊氏又进入京都，他于是派兵分路进攻比睿山，不过比睿山却是座易守难攻的所在，奇峰险涧接踵皆是，屡次进犯不但未能得手，反而损折了很多兵将，尊氏便不择手段，使用诈降的方法，诓后醍醐天皇自投罗网，后醍醐也不是真的糊涂，既然有一线言和的希望，当然要试一试。新田闻讯大惊，如果天皇真的到了尊氏营里，那以往的辛苦，不但等于白干，并且他们这一批忠心耿耿的人，都成为叛党了，于是群列阶前，希望天皇重加考虑。但是后醍醐很坚决，不过他也顾虑到尊氏的谈和是骗局，因此他嘱咐恒良皇太子以及尊良亲王，都依附新田到北部越前地方去，另辟新据点，双方洒泪而别。
尊氏的和谈，果然是计，光严帝厌倦尘世，让皇位于胞弟，称为光明天皇，但来的目的，在器而不在人，后醍醐及他的随从到京都之后，便成俘虏，尊氏将后醍醐关在花山院，要求他把神器交出来，后醍醐顽强拒绝。
尊氏的胞弟足利直义也是狠心人，天皇的随从，凡是倔强的，都被他杀了，留下了一位和顺的文人三条景繁，景繁心细，他察看环境，发现有逃脱的可能，经过详细的策划，于是在十二月隆冬之夜，请天皇换上女装，跨过一道颓墙，扶天皇上马，自己背着神器，两人就在伸手不辨五指的暗黑中，逃出魔掌，拂晓时两人已经到达穴生，由忠贞的僧侣护送到吉野山里。
楠正成死后，他的儿子正行闻讯大恸，就要拔出他父亲留给他的宝刀自刎，被他母亲看见夺了下来说：你怎么这么糊涂，父亲叫你回来，难道是要你回家来自杀的！是要你讨国贼，报父雠！正行恍然大悟，这时听到天皇驾临吉野，赶了去接，天皇大喜，立刻任他为检非违使、左卫门尉，并兼河内的太守，吉野、河内、纪伊等地方的武士都前来集合，官军又有了局面，就在吉野建了行宫，号令四方了。
后醍醐天皇在吉野建立据点之后，声势复振，历史上称之为南朝，以别于在京都的北朝。老臣北畠亲房建议今后在偏安之局的状况下，规复之策，唯有稳固据点，再去四处放起野火，使得尊氏疲于奔命，不得安宁，然后俟机直捣巢穴，后醍醐依了他计划，派遣了他所有的皇子封为大将军，分头到各处发动，号召讨伐尊氏。
建武四年新田义贞扈送恒良皇太子和尊良亲王，千辛万苦地穿过尊氏的领域，好不容易到了越前的金崎城，这金崎城是个天险之区，东、北、西三面都是临海的峭壁，南面可以与杣山城互为犄角，再远一点还可以与越后、上野联络，同时北畠亲房的儿子显家奉到旨令，由奥州出兵，旗开得胜，迫近镰仓了。在这样有利的形势下，吉野的小朝廷充满了乐观与梦想，以为收复京都是极有希望了。
除了吉野之外，北畠亲房还经营了另一处据点伊势，是神宫所在地，他耗了两年的时间联络了当地的豪族，使他们倾心内向，奉文采翩翩的宗良亲王，让他在伊势生了根。
不过春天一过，形势又逆转，金崎城虽然难攻不落，但是城小无粮，禁不起长期围困，杣山的援军又不来，新田义贞、义助兄弟只好突围到杣山去请救兵，可怜杣山也只有兵五百人，并且甲马都不全，逡巡了两旬，无计可施，金崎城里只好杀马充饥，马都吃光，终于陷落，尊良亲王自杀，恒良皇太子被俘，押到京都。
新田义贞在杣山招兵买马，到了夏天有了转机，义贞的次子德寿在上野，听到北畠显家领兵西上，于是也聚集了兵丁响应，显家所向无敌，克服了镰仓，应该绕道来与新田会师，却一路南下直趋奈良，这时已经是雨雪霏霏的冬天了。
北畠显家可能是自信太强而贪功，也可能根本不愿和新田合作，他竟单独冒险前进，第二年五月进入奈良后，却在石津吃了大败仗，伤重而死，死时仅得二十一岁。闰七月，新田义贞击破了尊氏的部将足利高经，正想再追踪时，为流矢所伤，自杀而亡。他美丽的娇妻正在寻找他，走到途中听到噩耗大恸，削发为尼了。
北畠显家战死后，他原来的据点不能放弃，他老父亲房便请缨前去接替，后醍醐命义良亲王随同前去，并且任命显家的弟弟显信补镇守府的将军，由海路转赴陆奥，船行了十天之后遇见了台风，老亲房所乘之船侥幸未大破，被风吹到常陆，唯独他达成了志愿。
后醍醐天皇子女很多，长子护良受冤最惨，已如前述，三子宗良很早就入空门，当了天台座主，元弘元年北条高时派兵犯阙的时候，他指挥僧兵作战，也极为英勇，后醍醐复辟后又回任天台座主，是位很有修养的文士。四子恒良立为皇太子，在金崎城被俘，押解到京都，为了回护新田义贞的安全，假说新田已阵亡，使得尊氏兄弟空欢喜了一场，及至尊氏后来发觉是受骗，怒极就将他鸩死。次子尊良在金崎城陷落时自杀。五子义良在奉命与北畠亲房同赴东国，遇到台风船只大破，吹回到吉野附近，不得已折返。六子怀良最小，和几位兄长一样都拜命为大将军。
接二连三的败报，使得后醍醐心灰意懒，皇太子恒良亲王已经殉国，此时幸而义良海难归东，总算后继有人，到了延元四年秋，后醍醐生了病，延到八月十五日，他自知不起，将皇位让给了义良亲王，翌日他便溘然长逝了，行年五十有二，他在位二十余年，几乎每年都在战斗中，笃信佛，死的时候右手抚剑，左手持一部《法华经》，是一位悲剧人物。最不该是听信了谗言，摧残了自己的亲骨肉，不但自坏长城，也留下了千古骂名。