两统交替为帝的皇室，在幕府监视之下，由后宇多传给了堂兄伏见，再由其子后伏见传给了堂兄后二条，由后二条又传给了花园，再由花园传给了后醍醐，列表如图：
┐↓⑤后伏见↓量仁（光严）
┐↓①后深草↓④伏见｜┴
－ ┌↓⑦花园
后嵯峨｜┴
－ ┐↓⑥后二条
┌↓②龟山↓③后宇多｜┴
┌↓⑧后醍醐
经过了几乎半个世纪，终于出现了一位不甘受摆布的天皇。后醍醐登上宝座时，已经是三十一岁的青年，那时，皇室的子孙大都龆龄即位，不永寿而夭，唯独后醍醐在而立之年为帝，可称稀有的异数。他即位三年以后，父亲后宇多上皇薨，实行了二百五十余年的院政自行解消了。大权落在他手中，成为天皇亲政的局面。名为亲政，而实际受制于幕府，遇事挚肘，他焉能不想摆脱这可怕的羁绊，而幕府正由一个昏庸愚顽的小浑人当政，民心已失，似乎曙光已显，复辟有望，后醍醐于是著手布置他讨幕的步骤，为了收复人心，他延揽人才，广结善缘，亲身参加那时盛行的无礼讲的活动，是一班学者僧侣闻人，受了南宋理学的影响，讲理论道，而不拘礼节，放浪形骸达于极端，来参加的人可以衣冠不整，裸裎露体，由于天皇的提倡，一般人更趋之若鹜，俨然形成拥护皇室的群众班底。其中主要人物是大纳言藤原资朝、右少辨藤原俊基二人，他们在说理论道之余，便鼓动讨幕。虽然这也是秘密结社，但是人多了，自然泄漏，被驻屯在六波罗的幕府监察人员所悉，把二人逮捕，总算对天皇客气，由天皇出具保单后，把俊基放了，大纳言藤原资朝还是充了军。幕府这时已经有了废立的念头了。
北条高时十四岁继承了他父亲贞时，当了执权，是个不懂事的纨绔公子，除了吃喝玩乐之外，一无所长，也一概不闻不问，辅佐他的是两位老臣，倒也安然无事，几年之后，老臣凋谢，由老臣的儿子接替，情形就大变了，其中长崎高资是个跋扈多欲的贪鄙小人，只认得钱，于是赏罚黜陟失了法度，贿赂公行。元亨二年终于发生了叛乱。陆奥的大族安藤，一家之中叔姪互争地产而涉讼，告到了幕府，双方都花了大钱贿赂高资，高资乐得收下，却不替他们解决纷争，两造大怒，联合起来，举兵反了。这是一百六十余年来北条氏掌政，第一次臣下因不服而发生的叛乱。从此幕府的威信，在老百姓眼里，便打了很大的折扣。
而高时本人又贪玩，好酒色，喜田乐，养了很多歌女乐师。有一天看见两头恶犬打架，互相咬得鲜血淋漓，他看得过瘾，于是下令要属下进贡恶狗，于是大小狠巴巴的猛犬都齐集到府里来，他无法豢养，就分配给他的将校饲喂，几乎每家都有一两条恶犬，时时刻刻咆哮不停，他每天都在醉乡，沉醉之后便独自歌舞，到了他二十九岁时，出了家，把执权之位让给了他远房叔叔金泽贞显，自己去当了逍遥自在的酒肉和尚。
高时出家的原因，是有他的烦恼，最使他不安的是他的伙伴高资，高资虽是他的属下，但骑在他头上，时常对他管束，使得他非常不耐，就冒冒失失地密令一个亲从去刺杀高资，又被高资发觉，把那亲从充了军。
他和皇室之间也处不好，各地的反叛越来越多，派人去围剿，都无功而返。
难解决的麻烦事太多，他懒得管，索性让了位，但是位虽然让了，最后的责任还是要他来负。
两统交替为帝的制度，虽然行之有年，但是双方心里都不舒服，尤其龟山系统认为先帝的遗诏是暗示由他们来承继皇位。后醍醐即位之后，就想立自己的长子为皇太子，高时不答应，到了嘉历元年，当时的皇太子邦良亲王死了，后醍醐又想改立自己的第三皇子护良为太子，又遭高时否决，反立了后伏见天皇的儿子量仁亲王为皇太子，这使得后醍醐极端愤怒，一个陪臣再三干涉皇室的废立，实在忍无可忍。他于是命护良去联合京都附近各庙宇的僧侣，他们都有武力，由他们来拥戴护良当山门座主，再密请有法力的高僧图观作法，咒诅北条氏，要他们自行毁灭。可惜围观的法力不够，反而被幕府方面的人发觉，捉去，严鞫之下，全都招了出来，幕府方面怎么肯不显点颜色出来，高时大会诸将问计，高资说：简单！皇上、亲王充军。公卿与本案有关的，杀头！高时都依了他。
于是高时就派了大将二阶堂贞藤率领了三千铁骑，驰赴京都，深夜到达了六波罗，与幕府的驻军会合，准备休息一晚后去捉拿天皇。天皇已先得到消息，与皇子护良计议，连夜乘了轿子，躲到奈良，命大纳言藤原师贤穿起天皇的衮袍，装作天皇，到比睿山里去。山里的几座大庙宇听说皇上驾临，高兴得不得了，武装了的僧兵和护良亲王率领去的兵丁，合起来也有万把人，部署在山衢要路，防止幕府军来犯。果然，幕府军到宫里搜索了一番之后，听说天皇上了山，连忙赶来围攻，却被山僧击退，山僧之中免不了也死了很多人。不久和尚发现天皇是假的，大哗，谁还肯替假皇帝去死呢，一下全都散了。
后醍醐这时在奈良的笠置山，忧心忡忡，不知如何是好，他下诏四方赴难，几天之后竟毫无反应，简直坐卧不宁，一晚做梦，梦见他回到宫中的紫宸殿南大树底下有个空位，忽见来了两个小儿眼泪汪汪地说：天下无地容陛下，独有此座而已。他一惊而醒，想来想去，这梦一定有所启示，南边大树，是不是有人姓楠能保驾么？他于是把山僧请来，问：地方豪杰，岂有姓楠者乎？楠是个僻姓，天皇也不过是姑且问问，居然回说有，在金刚山之西，有楠正成者焉！天皇大喜，马上差人请他来，他来了之后，后醍醐郑重地说道：讨贼之事，朕一以托汝。让他坐，问计。正成是个武士出身，平定过土匪，以功当了一名小官，这时他惶恐感激，对道：关东方面的家伙，都是有勇无谋，如果死拼的话，全国的兵都打不过他们武藏、相模两处的人，所以只能以智取，斗智的话则臣有策焉，不过胜败不一定，不能闻败就灰心，陛下！只要我正成没有死，就绝不放弃讨贼。话说完后便拜辞而去，这是元弘元年的八月。到了九月，楠正成果然不负所托，举兵讨贼，幕府为之震惊！
幕府发觉天皇在笠置山，于是派了大将足利高氏会同了北条贞直等六十三将佐，率领了武藏、相模等地方十余万大军西上，还没有到笠置山，天皇已经跑了。这时楠正成已经占据一个小城，名叫赤坂，城墙才刚刚完成，由附近农家屯进了一些粮草，兵只得五百人。
幕府军找不到天皇，疑心天皇到了赤坂，于是转攻赤坂，远远望见这所小城，幕府军的将领都哈哈大笑，认为不堪一击，不料楠正成真能以智取胜，几次接触都被他杀得片甲不留，幕府军只好采用持久战来围困他，正成看看城中只余五日粮不能久守，便在城中掘了一个坟，立了碑，假装自己已死，乘风雨乔装脱围而走，幕府军攻陷了赤坂城，以为正成真死，便引军东归。
后醍醐终于被捉到，他倔强到底，不肯交出神器，也不肯落发为僧，幕府虽然不敢公然冒大不韪，但是还是把他废了，立了量仁亲王为天皇，到了第二年的二月，把他流放到隐岐，一个异常寒冷的荒岛上去，总算客气，准许妃嫔里的藤原氏随从，在流放往隐岐的路途上，都有人劫驾，但是护卫兵有三千之众，几次都没有劫成功。有一次在一棵白樱树上发现几个字，卫兵看不懂请天皇去看，上面写道：
天莫舍勾践，时非无范蠡。
天皇看了大慰，知道人心思汉，勤王大有人在。果然，从楠正成起兵讨幕之后，接踵而起的，不仅在日本的关西方面，连镰仓邻近地区都有豪强蠢蠢欲动了。
后醍醐在隐岐岛上被困了将近一年。在这一年当中，幕府将天皇的两位皇子也都流放了，一位到土佐，一位到赞岐，把天皇两位亲信大臣也都杀了，满以为这高压手段，可以将讨幕的气焰一鼓荡灭，不料反而激起了普遍的勤王情绪。在皇室，有个漏网之鱼，那就是后醍醐最宠爱、官居兵部卿的第三皇子护良亲王，他逃到了吉野，立刻举兵。几乎在同一时期，楠正成又在千早城出现了。
楠正成很快规复了赤坂，他的老据点，然后又攻克了近畿好几个小城，手下兵将已经有两千多人了。幕府大惊，急忙令驻屯在京都附近六波罗的军队进剿，却又中了楠正成诱兵之计，在渡部川大败，于是又派一员猛将宇都宫公纲去，楠正成却不跟他接战，宇都宫来攻他就退，到了夜里四面点起火把，做夜袭状，使得宇都宫的兵丁接连几晚都不能合眼，禁不起连续的紧张生活，只好退走了。
他于是占领了天王寺，寺里珍藏着圣德太子遗留下来的谶书，说是极其灵验，正成请老和尚取了出来看看，是用汉文写的，原文很长，其中一段，文曰：当人皇九十五代，天下一乱，而主不安，此时东鱼来吞四海，日没西天三百七十日，西鸟来食东鱼，海内归一楠正成指着谶文：九十五代不就是今上么！东鱼是指幕府，终归为西鸟所吃，一定会族灭，日没西天三百七十日，明显的天皇要受难，明春一定复辟了！他的手下兵将鼓舞了起来，胜利在望了。
这时幕府得到一连串的坏消息，动员了所有的兵力去对付各地的勤王队伍，在吉野的护良亲王，已经又说动了播磨地方的大族赤松则村，在播磨起义，但是最强劲的一股，无疑的是楠正成在京都近畿神出鬼没的部队。楠正成听到幕府大发兵，他有了准备，他发现金刚山的千窟城，地势十分奇特，挟山带壑，周围虽然只有一里，但高度倒有数百仞，最妙的其中有五条泉水，纵然在干旱的季节也都有水，他于是将主力集中到金刚山。
幕府军像移山倒海一样席卷了吉野、赤坂两处的勤王军之后，来攻金刚山，除了由关东调来的大军之外，西南地区奉到幕府方面的檄令而来的兵马也会合在一起，号称八十万来围攻正成，正成手下虽然只有千余人，但是他防守得法，坚守了好几个月，幕府始终奈何他不得，反而折损了很多兵卒。
在隐岐，看守人之中有个名唤义纲的，风闻到勤王军到处蜂起，楠正成在金刚山的义兵抗拒百万大军，预料到北条氏的末日快到了，他暗暗劝后醍醐逃走，以免遭了老羞成怒的北条高时的毒手，天皇于是带了随从，找到了一艘小渔船，躲进渔捞舱里，骗开检查哨，居然逃出了虎口，到达了彼岸的名和港。
名和是个望族，一百多年前，承久之乱时，名和的祖先在官军里作过战，被幕府打败之后，家财都被没收，子孙隐居乡间已经有好几代，这时名和家有兄弟四人，都有武功懂武器，他们正家居宴客，忽然，落难的天皇出现在他们席前，使得他们全家惊喜激动，虽然明知道天皇是一名逃犯，四兄弟拍了胸膛，一致誓死效命保驾。他们立刻行动，附近有座山，名船上山，易守而难攻，他们便据山为寨，拥了天皇上山，用五颜六色的锦帛，制成左近各豪族的旗帜，百余面遍插在山头，然后一把火将自己的庄宅烧了。
岛上人发觉天皇失踪，第二天找到名和，看到山上旗帜分明，知道是反了，于是率领了三千之众来攻，名和兄弟躲在森林里，射出如蝗似的飞箭，来追的人只好退却，追兵知道大势已去，三千人之中倒有八百骑投降了过来，余众看样子不对，便一哄而散，只剩下孤零零的头子逃走了。
天皇大喜，封名和的大哥长高为左门尉，并且赐改名字为长年，诸弟也都封了官，这时帮忙天皇逃跑的义纲，也率领了一千多人来会，远近的豪族闻风响应，声势陡然壮大起来。
幕府攻金刚山，几个月都打不下来。高时只好调遣足利高氏和名越高家两支最精锐的部队去助攻。兵力约有一万人，浩浩荡荡向前进发，不料名越在中途遇伏，被杀。足利高氏看看形势不妙，他突然改换旗帜，变成官军，不去攻金刚山，反而去攻京都了。他这一变，使得幕府军丧了胆，于是兵败如山倒，卫戍京都、驻屯在六波罗的幕府军出降，两员统帅逃往近江，自杀而死。
听到这信息之后，围困金刚山的幕府军纷纷溃散。
高时对于战局的突转还蒙在鼓里，等探子回来报告说：名越将军阵亡，足利将军反了。才大为慌张，正想要派人赴援扭转颓势，忽然又得到消息说是新田义贞在生品明神起兵，向镰仓进攻来了！这新田，原是幕府低级干部，足利高氏一族人，奉命参加围金刚山，称病还乡，这时他聚集了一百五十多骑举旗勤王，他走进武藏国，到了小手指河原，一路上参加到他队伍来的人，宛如滚雪球，等到幕府派来讨伐他的时候，已经号称有二十万人了，于是分三路进犯镰仓，冲破了所有防线，北条家族拼死防守，无效，高时自杀，追随他殉难的有八百七十多人，北条氏执掌大权一百二十余年，皇室屡次想翦除他，这次算是成功，北条氏虽亡，却形成了群豪争夺的场面。此时是元弘三年春，西历一三三三年。
六波罗收复之后，通京都的路途洞开，天皇要回銮，先起了一个卦，卜到了《易经》里的师之蒙，文曰：大君有命，开国承家，小人勿用。是个大吉之卦。于是就启程进发。到得播磨，又得捷报，北条高时一族全都自杀，自从源赖朝创立幕府，剥夺了皇室统治之权后，这个恶瘤的存在，困扰着历代君主日夕不安，尤其承久之乱后，天皇比阶下囚好不了许多，这时才算吐了一口气。到了兵库，楠正成率领了七千骑来接驾。天皇看见他，十分激动，全亏你忠战之功！于是由正成先导进入京都，首先废了幕府所拥立的光严帝，然后大索北条氏的余党，北条最后的据点太宰府不久也收复了。