年少气盛的北条时宗，虽然蛮干，但是心地善良，对于敌我的分际，认识得清楚严正，是有原则的人，比起他后世子孙，专讲利害得失要高明得多了。
他对于南宋的文化，一向有好感，尤其他笃信佛，对南宋来的高僧兰溪道隆十分尊敬，道隆是西蜀涪江人，三十三岁就到了日本。南宋在那时还很太平，理宗即位了二十多年，虽然蒙古已经灭了西夏，灭了金，但是对于南宋，还没有露出太难看的狰狞面目，而宋自从高宗南渡后，在临安建都，享有了两百多年的苟安局面，除了少数的爱国之士外，一般人都沉醉在灯红酒绿的境遇之中，以为长江天堑，蒙古的铁骑，在辽远的北地，不会出现在眼前的。
道隆到了日本博多之后，马上受到欢迎，先在京都各寺院里讲道，为北条时赖所闻，便迎接他到镰仓的寿褔寺来挂锡，时赖对他极其礼遇，尊他为师，时赖死后，时宗不但未改他父亲对道隆的崇敬，并且更加尊重，为他建了禅兴寺和建长寺，请他开山。
到了弘安二年，南宋终于轰轰烈烈地亡了。时宗风闻到忽必烈歧视南宋人，称他们为南人，把他们列为最下等的人种，在蒙古、色目、汉人之下，受尽折磨与虐待。时宗十分抱不平，他于是派遣了几个得力的干员，乔装改扮到中国江南一带，访求落难的高僧，居然让他找到了一位德高望重的禅师无学上人，祖元。
祖元是明州庆元府人（浙江奉化）。父名伯济，母陈氏。祖元十三岁丧父，家贫，到杭州净慈寺里为僧，从北碉简禅师修业，得度，取号无学，五年后跟无准和尚参学，再到灵隐寺、育王山等地去参禅，然后在台州的真如寺落脚，这时南宋的形势已经岌岌可危，蒙古大军迫近台州，真如寺的大众四散逃避，祖元不得已只好南下到了温州的能仁寺，第二年，元兵又赶到，能仁寺里人又纷纷走脱，祖元知道此时已无处可逃，他便端坐在寺内不动，决心殉难了。元兵果然蜂拥而来，为首的将佐看他独坐殿上，就拔出佩剑，架在他颈上，他神色自若大喝道：
乾坤无地卓孤节，喜得人空法亦空；珍重大元三尺剑，电光影里斩春风！
他这首偈，原是由一首古偈化出来的，原文是：
四大元无主，五蕴本来空；提头临白刃，犹似斩春风。
是奖励学道人，要心无罣礙，置死生于度外，虽临白刃，而无动于衷，但是真能做到这样胸怀的，是要有超人的修养了！元兵当时虽未必听得懂他说的是什么，但为他的勇气所慑，悄悄走了。
弘安二年，无学祖元应时宗之聘，六月里到了日本，他迟来了一步，兰溪道隆在前一年的夏天以六十六岁的高龄圆寂。
和祖元几乎同时到达日本的，是大元的使臣杜世忠，他奉命来说服日本，和前几次的使臣一样，要求谒见日本的元首或掌权的大臣，但是杜世忠的情形，和以前的几位使臣不同，日本这时已经吃过大元的苦头，假若不是大风暴将蒙古的舰队冲垮，可能早已一败涂地。大元是日本真真实实的敌人，敌国降伏的祈祷，在各寺院中都在举行，全国惶惶不可终日。时宗发了蛮劲，他令人把杜世忠一行人押解到龙口，一个个都斩了首。可怜杜世忠被杀时只得三十四岁，他虽然为国牺牲，青史上却没有留名，只剩下一首七绝：
出门妻子赠寒衣，问我西行何日归；来时倘佩黄金印，莫效下机见苏秦。
他还做梦，以为使命完成之后，还能像苏秦一样身佩黄金印呢！
时宗不顾一切，他明知忽必烈的厉害，但是绝不肯背弃他心目中的文化盟国南宋。他运气好，弘安之役，大元全军覆没，又一次大风救了日本。时宗狠狠地出了气，他把范文虎弃而不顾的袍泽伙伴虏了来，凡是北方来的蒙古、色目，以及曾经在金、夏治下生长的汉人，都砍了头，现在平壶（户）岛上荒冢垒垒，据称有数万之众，就是这批可怜虫，对于南宋的俘虏，他知道是被迫作战的，另眼看待，没有加以杀戮，他们的子孙如今是日本人了。
元兵虽然覆没，但，是否就此罢休，很难测知，日本全国震撼，战战兢兢不遑宁处，负防御责任的时宗，发动了他的族人，到滨海各地建筑各种工事，以准备忽必烈第三次的进攻，至今悠闲的观光客，还可以在博多湾凭吊人堆的石垒，蜿蜒在漫长的海岸线。
祖元到达日本之后，先在兰溪道隆的建长寺住持，元兵退后，时宗为了表示尊重祖元起见，特地又在镰仓新建了一座寺院，取名圆觉寺，由祖元开山，并敕赠佛光国师的尊号，备极荣宠。祖元虽然在日本受到殊遇，但是心怀祖国，他献香徐褔祠前的一首诗：
先生采药未曾回，故国山河几度埃；今日一香聊远寄，老僧亦为避秦来！
手无缚鸡之力的善良中国文人，不断地要避秦，避秦避到海外了。
时宗拜祖元为师，和他父亲时赖一样，专心学禅，禅成为日本武士最崇高的自修功课，是由时宗父子开始的。
时宗可能也是个有心机的人，他大胆干预了皇室的纠纷，后来终于酿成了所谓的南北朝之争。
号称万世一系的日本皇室，在承继上，以往虽然发生过争执，甚至于引起过大规模的战祸，但是做臣下的，从来没有敢预闻过，到了文永九年（西历一二七二年），后嵯峨上皇以五十三岁驾崩。
这一年是个多事之秋，大元使臣赵良弼到了太宰府，强横地要见天皇。时宗的庶出长兄时辅兴兵作乱，时宗不得不自残手足。在这闹哄哄的内忧外患之中，这位负了三十年国家元首重担的后嵯峨，只留下了一封意向暧昧的遗诏，溘然长逝了。
遗诏的内容很简单：政务悉由治天下者定之。这治天下者是谁？是指已经当过天皇的后深草上皇呢，还是在位的龟山天皇，再或是当权的镰仓幕府呢？
龟山天皇是他最宠爱的儿子，前一年生了个儿子，已经立为皇太子。
不过后嵯峨是镰仓幕府扶植起来的天皇，回溯到五十年前承久之乱，祖父后鸟羽天皇、叔父顺德天皇都被谪流放，唯独父亲土御门天皇当年没有参加讨幕行动，得免卷入在内，而自己后来由于北条泰时的推戴，在仁治三年入继大统，恰好是三十年前事，因此后嵯峨为了表示尊重对幕府的厚意，治天下者可能是指幕府。
遗诏发布之后，举朝惶惑，莫知所措。幕府于是派人到京都，请教后嵯峨的皇后后深草和龟山的母亲，问她知道不知道后嵯峨所谓的治天下者究竟是指谁，她回说是指龟山天皇。于是二十四岁的龟山继位为上皇，执掌院政，八岁的皇太子为天皇，是为后宇多天皇。
冷落了的后深草，心灰意懒，他看破红尘，把一切荣衔都辞退了之后，遁入空门做了和尚，那是文永十年（元军来犯的前一年）。时宗对于后深草的遭遇十分同情，他于是想出一个妥协方案，由后深草的皇子伏见来承继八岁的后宇多为皇太子，以后两方的子孙互相交替为帝。他这方案，皇室不得不从，后深草虽然感激涕零，但是龟山方面不免耿耿于怀了。
这可能是时宗的策略，自从承久之乱以后，讨幕的暗影一直存在，不过后嵯峨为人谨慎，在他三十年执掌院政期间，大小事都听由幕府决定处理，容忍礼让达于极致，因此双方相处得相当圆满。但是这样的美好关系，是否能永续，也很难逆料，一旦皇室力量增强，自然不会准许在国内另有一个发号施令的机构，早晚会再起讨幕之念的。因此皇室在萧墙之内自起纷争摩擦，是幕府求之不得的最佳情形。不过交互为帝的制度，势难行得通，时宗的策略，在他死后不久，便显出破绽了。
时宗终于积劳成疾，出了家，法名道崇，不久病殁。时为弘安七年，距离大元来犯之时已经三年了，在他病革时还以国防为念，派了他的族人北条兼时去守播磨。他写得一手工整的楷书，中文的文理也通顺，确是一个文武兼资的全才，英年早逝，死时只得三十四岁。
他死后，北条氏的运气渐渐衰败，终于灭亡了。
他请来的南宋高僧无学祖元，在他去世后两年圆寂，元世祖忽必烈十年后以七十岁的高龄薨。中国与日本之间的恩恩怨怨告了段落。
时宗逝世后，他的儿子贞时继为执权。贞时才十四岁，他的母亲是安达家的小姐。安达家和北条家已经是几代的姻亲，老安达景盛是时赖的外祖，用计铲除了竞争者三浦一族之后，关东地区只剩下了安达和北条两大家了。这时老安达的孙子安达泰盛又是贞时的外祖，他的子弟在文永、弘安两战役中，都立了军功，因此更加跋扈，他儿子宗景尤其狂妄，狂妄到忘了本姓，硬说他的曾祖是初代征夷大将军源赖朝的儿子，他是源家的后代，不能姓安达而改姓源了。他这无聊的狂举，恰好被他的政敌平赖纲所利用，赖纲见贞时说：宗景改姓源，是预备要了你的命之后，自己当将军了，后下手的遭殃！贞时被他吓坏，立刻发兵，出其不意地把安达家满门斩杀。恶有恶报，《日本外史》写道：
人以为三浦氏之报也。
进谗言的平赖纲同样也遭到了恶报，他杀了安达一族之后，意气飞扬，执掌了幕府的实权，欺负贞时年轻，容易玩弄蒙混，居然想要篡位了，他溺爱他的次子，想把他立为将军，杀了贞时自己当执权。他这一计划为他长子宗纲所悉，不由得醋劲大发，于是跑到贞时前，一五一十地把父亲告发了。
这时镰仓忽然发生大地震，家屋庙宇倒塌的不计其数，到处起火，号哭喊叫之声响彻云霄，死者超过两万人。惊慌稍微定了之后，贞时自己率领了心腹武士，在四月朦胧初晓的时分，杀奔到了平赖纲家，放火去杀他的全家，赖纲和他的次子虽然也拔刀抵抗，但寡不敌众全部战死，平家只剩宗纲一个，为了避免被人指摘他出卖父亲，故意也判了他充军之罪，不久放还，当了高官。
不但在镰仓不断骚动，在日本全国也都动荡不安，暴戾之气到处弥漫，正庆三年，忽然在京都发生了一件怪事，三月初九的夜里，三四个大汉骑着马闯进了皇宫，站在女官部的门前大喊：
皇上睡在哪里？
睡在清凉殿里，女官答道。
清凉殿在哪里？女官于是指了一个相反的方向，同时赶紧偷偷通知天皇、皇后，天皇穿了女装躲进厕所，皇太子也由人抱走。
这几个大汉身穿朱红织锦袍，戴着红边铁盔，灯光下宛如几尊赤鬼，闯进闯出大闹皇宫，宫女四处逃窜，尖叫急喊，更使得场面天翻地覆，好不容易禁卫军赶来围剿，这三个赤鬼被迫，为首的一个是父亲，登上御榻切腹自杀了，长子在紫宸殿上自尽，最小的一个用手捧着流出来的肚肠走到御膳桌前死了。
这三个赤鬼，查出来是浅原八郎父子，似乎是跟龟山上皇有点瓜葛。
龟山自从幕府实行两统迭立的制度之后，时露不满，自此免不了有了嫌疑。
同时在幕府方面，忽然又将征夷大将军惟康亲王废了，请了后深草的第二皇子（伏见天皇的弟弟）久明亲王去当将军，这件事也伤了龟山的心，他终于到南禅寺禅林院里出了家。
不仅在皇室之内充满了不安与怨怼，全国各地都不断地有恶党横行，庄园满布的区域，大地主、大寺院、贵族，以至于皇室，为了维护他们的财产，组织了武装卫士，应征而来的人，大多数是些地痞流氓，本来就无恶不作，现在有了主子、有了靠山，更胆大妄为了，于是形成了无数小集团的武装强盗，随时随地见财起意杀人越货。幕府弄到后来不胜其烦，只好放任不管了。
其实幕府的内部也一样乱，贞时的堂兄弟们为了争权夺利，杀了很多人，就这样二十多年转眼过了，到了应长元年贞时死了（四十一岁）。在他逝世前，皇室也有了变动，后伏见天皇让位给龟山系所谓的大觉寺统的后二条为天皇。征夷大将军久明亲王被废，由他的儿子守邦继位。将军早已不值钱，这时更是被人呼来喝去，成为玩弄腻了的旧傀儡。
贞时死后，九岁的儿子高时继位执权，根据泰时所遗留下来的制度，幕府的行政是由两位执权同掌，与高时同时任执权的是宗宣，高时的叔曾祖，不久故世，然后由他的两位叔相继位，不幸都在两三年后病殁，到他十四岁时便大权独揽了。日本所有的历史记载对于这位败家子，都没有好评，认为他资质愚蠢，愚而好自用，不但不理政事，并且有很多不良嗜好，而用人方面也无选择，贿赂公行，众叛亲离。