时赖灭了三浦一族之后，一不做二不休，又去灭了关东另一豪阀千叶。于是在关东地方只剩下最有势力的两族北条和安达了。时赖手段虽辣，但他倒是真的励精图治。他恪遵了泰时所颁的式目，施行起来众庶悦服。用人也不拘门第，从阡陌间提拔了一个人名叫青砥藤纲，此人虽是穷苦出身，但有大才，也好学。有一次有人和时赖的族人争讼，所有的官吏怕时赖，都说时赖的族人对，唯独藤纲据理力争，将事情的曲直弄清楚了，那人非常感激他，包了一包钱，投到他后园里去，藤纲大怒道：主公掌管天下的公道，我只不过是来辅佐他，哪能有什么偏私！他把红包退了回去，并且把那人好好地告诫了一番。时赖很器重他，要升他的官，他无论如何不肯，时赖说：我得一梦，梦见神来告诉我，你要求治，就去重用藤纲。藤纲谦辞得更坚决，时赖问他：你为什么这样坚决？他对道：神说升藤纲的官就升。如果神说杀藤纲的头，我不就惨了！藤纲对地方上的行政人员考核得极严，最奸坏的官吏都被他举发出来治罪。在时赖任执权的期间，确实能称为治世，藤纲的功劳不可没。
时赖笃信佛，三十岁时便出了家，但出家之后并没有出世，依然访查民隐，纾解民困，而他自奉也极俭，一晚有客至，邀共小饮，到厨下除了一碟残酱之外，竟找不出另外可以佐酒的食物。卒年只得三十七岁，死前作偈：业镜高悬，三十七年；一捶破碎，大道坦然。他好像预知死期。时为西历一二六三年。
时赖死时，他的嫡子时宗才不过十三岁，当时的执权是由泰时的四弟时政的胞姪长时共同担负。翌年长时死。于是由时宗继任执权。
建长四年时，由京都迎接来为征夷大将军的宗尊亲王（后嵯峨天皇的第二皇子），这时已经是二十五岁的青年，从名家制和歌，是位文采风流人物。在他左右渐渐集合不少名士，其中最具声望的是大僧正良基，道行既高，谋略也多，他看到幕府的两执权，一老一小，老的年已耄耋，小的还不到十五六岁，似乎不费吹灰之力，便能将这多年以来桀骜不臣的毒瘤铲除了去。而事有凑巧，时宗的长兄时辅，父死后，满以为可以承继为执权，无奈是庶出，被派到京都去任守护，因此一直闷闷不乐，大僧正看清这一点，便秘密联络了时辅。约期在东西两方面同时起事，实行政变。不料事机被泄，小时宗年纪虽小，却极有勇断，他以迅雷的手段逮捕了叛党，大僧正虽然逃脱，但走到高野山中，在悔恨交集之下，绝食而亡了。大哥时辅被小弟派人杀了。将军宗尊亲王被遣送回到了京都。不过将他三岁的儿子扣留下来，当了将军。时为文永三年的六月。在六年前，幕府在镰仓举行过一次大规模的演习，由征夷大将军亲自临台，操毕，将军想看小笠悬的功夫。这是以一顶笠帽系在绳子上，凭空吊了起来，由快马疾驰而来的骑士回身一箭，射中悬笠的技术。当时无人敢出来应命，时赖说：太郎能！太郎是时宗的小名，他那时十岁，奉命纵马飞腾而上，果然一发中的，博得全场喝采。他回身这一箭，恰好在海的那一面，忽必烈大帝在开平登基了。时赖看出他这娇儿必成大器，但没有能亲睹他成为却敌的英雄。
忽必烈在蒙古帝国中，已经是第五位元首。在他即位的时候，蒙古帝国的版图虽然已经横跨欧亚大陆，但是南宋依然存在，蒙古灭金之后，当然更应向南发展来灭宋，而迟迟经过四十年才来南侵，是因为灭宋并不简单，蒙古军队所恃的武器，是他们的马，马在平原上可以驰骋千里，倏如暴风，但是在河流纵横、城郭矗立的江南，马并不能发挥它的功能，因此南宋由于地利而得到了喘息，可惜南京的君臣昏庸，没有能利用时机奋发自强。
其次宋朝究竟是个文化灿烂的中心，一向为北方民族所仰慕仿效，尤其蒙古民族由蛮荒旷野之中崛起，突然接触到另外一种风俗习惯，对于文化先进国，不能不有崇敬之感，而况在文化、经济的交流上，南宋有很多与国，万一联合起来，其势也不可侮。因此蒙古骑队暂不南下，一直往西奔驰，冲到欧洲，所到之处灭了很多国家。到了一二六○年，忽必烈和他的兄弟阿里不哥争位，打了四年空仗，阿里不哥认输投降后，忽必烈休息了四年才再开始图宋。在这四年的休息之中，主要的工作是拆散南宋的与国，忽必烈的目光于是集中到了日本。
日本和中国大陆之间的交通，自从日本废止了遣唐使以后，虽然偶尔还有些冒险的商船来往，但官式的报聘是没有了，中原五代不安定的政局，更影响了双方的贸易热情，再则造船的技术不进步，对于海上季风没有认识，使得航海成为极危险的尝试，结果横断中国海的船舶在十二世纪初期几乎绝迹，一直到南宋时代，才开始复活了起来。那时往来的路线，是以高丽为中继站，虽然有周折，但是由高丽转到日本只须渡过对马海峡，并且是一条风险不大的老路。不过没有很久，高丽发生内乱，政治腐败，勒索抢夺无所不为，商旅为之裹足，不能不另辟新航线。于是由当时的明州（现在的宁波）横渡大海，一直到日本的濑户，第一艘宋船抵达日本时，是宋高宗绍兴三年（西历一一三三年）的八月。由这一日开始，开辟了日宋之间贸易的新纪元。日本造船的技术学习了南宋的大型楼船，改良了蓬帆，不必再借桨橹之力，而可以乘风破浪地直达中国大陆的港口。于是日宋货物的往来，一天比一天频繁，南宋主要的产品，绫罗锦绢、香料、竹木、书籍、陶瓷、药材、茶叶，都是日本方面极度欢迎的稀物，尤其茶在中国自东晋以来，久已饮用，而日本在这时才开始懂得茶味，马上便为贵族士大夫僧侣所爱，成为最被欣赏最高贵的饮料了。而日本方面输到南宋来的产品，则为珍珠、硫黄、水银、螺钿、砂金、日本的刀剑和金饰。其实日本并不产金，但由于出产的项目有限，农作物、工艺品，中国都不以为奇，唯独金银制品，永远为大众所欢迎，因此日本为大陆人民所误会，以为扶桑三岛是金银遍地的仙境。
除了贸易以外，僧侣的往还也十分热闹，由日本去南宋的有重源、荣西、俊芿、道元等高僧，尤其荣西将临济禅传到了日本，虽然在初期很被误会，但不久便大行其道，可以说，他是日本禅宗的鼻祖，也是他极力称道茶的好处，写了一本书《吃茶养生记》，呈献给当时三代将军实朝。道元师事荣西，荣西圆寂后，他和一个小朋友名叫加藤四郎景正的结伴同行，也到了中国，五年之后两个人都有了极大的成就，道元在天童山景德寺，很受如净大师的垂青，不仅悟道，并且由如净传授了给他极珍贵的芙蓉楷祖的袈裟。而加藤也学会了做陶瓷，由这时开始日本也有了瓷器。
经过将近一百五十年文化经济的交流接触，日本和南宋之间，可以说十分融洽，南宋高度的文风，吸引了日本的知识阶层，幕府三代将军实朝，甚至想放弃他在镰仓的荣华，而去建造一条大船，到文化大国的南宋去终老。说明了当时日本朝野对南宋诚挚的盛情，而最诚挚的无疑是佛门弟子。日莲上人有意无意地写了一篇<立正安国论>，预言了日本将要受到外患！而这外患，似乎是指元寇。
外患果然来了！高丽经过三十年的蹂躏，终于被蒙古臣服了。而高丽有了靠山之后，立刻便像得宠的小人，除了向主子献媚之外，并且将由日本所受的委屈，加油加酱地倾泄出来。高丽的委屈是什么？是历年来不断受日本海盗的侵扰，而日本当局不加制止，显然海盗是受了庇护与怂恿。
南宋和日本密切的关系，忽必烈也早知悉，他这时正要进攻南宋，如果能利用侵扰高丽的日本海盗，去侵扰南宋，既能解决高丽的困难，同时可以使南宋不胜其烦分散他的兵力，岂不一举两得。于是忽必烈在发兵围攻襄阳的时候，派了两位使者经过高丽到日本，送达了一封国书国书内开：
上天眷命
大蒙古国皇帝，奉书日本国王，朕惟自古小国之君，境土相接，尚务讲信修睦。况我祖宗，受天明命，奄有区夏，遐方异域，畏威怀德者不可悉数，朕即位之初，高丽无辜之民久瘁锋镝，即以罢兵，还其疆域，反其旌倪，高丽君臣感戴来朝，义虽君臣，欢若父子，计王之君臣亦已知之。高丽朕之东藩也，日本密迩高丽，开国以来，时通中国，至于朕躬，而无一乘之使，以通和好，尚恐王国知之未审，故特遣使持书，布告朕心，冀自今以往，通问结好，以相亲睦，且圣人以四海为家，不相通好，岂一家之理哉，以至用兵，夫孰所好，王其图之，不宣。
至元三年八月日
在这封国书里，很明白地是指日本自古以来就时通中国，但是一直到现在，你们还没有与我通和好，从今以后你们必须来通问结好，以相亲睦，意味着现在的中国是我了，不是宋，你们不要弄错。高丽是我的东藩，与我的关系是君臣、是父子，不可以再欺负他。如果要用兵的话，我并不愿意，但你们可不要逼迫我！
至元三年是个什么样的年头呢？对忽必烈说来是个相当吉利之年。高丽国王王植连连遣使来贺、来贡，竭尽了巴结谄媚之能事，而每次来朝的臣，除了诉苦说日本种种横蛮不讲理的情形之外，也故意将富裕的日本说得更富裕。以激起忽必烈对筹集讨宋军费的欲望。这时朝贡的小国，除了高丽之外，还有百济、安南等国了。
十年前忽必烈上过南宋大坏蛋贾似道的一个大当，蒙古大军所向无敌，唯独打南宋，打得十分辛苦，忽必烈的长兄蒙哥可汗（宪宗），为了攻打钓鱼山，中箭而亡（钓鱼山的守将王坚，守钓鱼山前后有十八年之久），那时忽必烈奉命攻黄州，黄州的最高统帅是贾似道，官居右丞相兼枢密使，封临海郡开国公，他看到蒙古大军压境，便以对付金国的老方法对蒙古，他偷偷派人递上求和的降表，由宋皇帝向蒙古称臣，年贡银二十万两，绢二十万匹。恰好忽必烈遇到了大丧，不能不回师料理要事，于是接受了贾似道的请求而撤兵了，就在他俊退之时，贾似道出其不意地掩杀过来，把蒙古殿后的军将几乎全部消灭。 《纲鉴》里写道：
似道匿议和称臣纳币之事，以所杀俘卒殿兵上表，言诸路大捷，鄂围始解，江汉肃清，宗社危而复安，实万世无疆之休。帝以似道有再造功，召入朝。
帝是宋理宗。
忽必烈受了骗，哪里会肯干休，十年来耿耿于怀，誓灭南宋方消心头之恨，但是南宋实在难缠，襄阳早已占领过，又被宋家大将孟珙夺回。南宋虽然君暗臣奸，但武将之中却有不少忠勇杰出的硬汉，忽必烈这时又要去攻打难攻不落的襄阳，不能不使出全力来搏斗，纵然不需要兵力供给，但是资财、军器，是多多益善了。由于高丽、百济、南宋等的误传，日本被描叙成一个金银遍地的区域，而偏偏小器的日本，从来不见他来进贡，忽必烈的国书主要的目的，是在提醒日本，早点拿出些金砂来，表示友好。
蒙古的国书递到了京都，日本朝廷震撼，不敢作主，转下到幕府，由幕府决定如何处理。这时幕府在名义上由两位执权负责，实际上只有时宗掌权，他的太叔公政村年届八十，早已不问世事，而时宗这时十八岁，愤然地认为蒙古的国书无礼，决定不理。二名使者枯候覆音，竟毫无消息，在日本的太宰府等了几个月之后，只好回去。忽必烈当然不肯就此罢休，第二年又派使者来索回信，日本照样不理，蒙古使者无奈只好掳了两个老百姓去，以证明他们确实是到过日本。这样一连几年忽必烈对日本的通好交涉，始终是遭遇到不理的软钉子。而对南宋襄阳之围，已经围了五年，毫无进展，怎么不令忽必烈气得爆裂！
到了至元八年（西历一二七一年），忽必烈接纳汉人刘秉忠的建议，正式改国号为大元，不再自称为蒙古，忽必烈对日本仍然不死心，这时以大元的名义遣派了正式的使臣赵良弼。赵良弼当过陕西路宣抚使，是极有政声的能吏，这时他率领了大小官员将佐四十余人，以日本国信使的名义，经高丽到日本。
南宋的战事越来越紧急，贾似道糊涂透顶，居然还有心情跟他群妾踞地斗蟋蟀，他也派遣了范文虎去赴援，但每战必败，是个常败将军，襄阳的守军越来越气馁了。而忽必烈这一面对襄阳志在必得，攻襄阳的总帅史天泽，在襄阳的四周又起了一条长围，断了襄阳的粮道以及对外的交通。
经过连年的战争，民生凋敝，忽必烈为了筹措战费，也困竭得不得了，他实行了屯田计划，在高丽也要一样照做，军粮的负担十分严重，民食已经被搜括干净了，高丽全罗道的老百姓只能吃草了。这时赵良弼到了日本。出乎他意料之外的是，日本虽然山明水秀，但是地瘠民贫，并不如传说的那样到处是金、到处是银。赵良弼在太宰府驻留好几个月，要求见日本国王、见大将军，都被回绝了，不得已只好回国覆命，第二年的五月，他谒见了忽必烈，将在日所闻所见详详细细地报告了出来，结论是日本是一个只有山的野蛮岛国，根本不值得去注意。但是忽必烈哪里肯听，对于这无礼的小国非膺惩不可，他决心用武力征伐，给日本一点颜色看看。
至元十年春正月，和襄阳相互犄角的樊城，经过五年的苦守，终于沦陷，守域的诸将个个战到最后，光荣殉职，都统制范天顺范文虎的儿子，在城陷时仰天长叹道：生为宋臣，死当为宋鬼，就在他的衙门里自缢而死。襄阳的守将吕文焕看到樊城不守，屡次请援也无下文，这时忽必烈下了召降书：
尔等据守孤城，于今五年，宣力尔主，固其宜也，然势穷援绝，其如数万生灵何！
吕文焕无可奈何，只得痛哭出降，这是元世祖至元十年的二月（西历一二七三年）。樊襄两城失守，东南半壁江山就算完了。
至元十一年也是日本后宇多天皇文永十一年，忽必烈动员伐日本了。由三月里就准备起，在高丽仿照南宋渡海的楼船，以便载运军兵粮草，不料高丽的造船技术不够水准，仿照不成，只好仍旧采用高丽的旧式船舰连夜赶造，六月里不幸高丽王王植薨，在元大都为质的世子谌，赶回来奔丧，举行了丧葬大典，不好在这时期出兵，因此拖延了几个月，本来预定在六月里出发的，到十月初三才由高丽的金州解缆东航。
元军一万五千人乘了九百多条船，舳舻相接地穿过对马海峡，到了日本。初七双方开始接战，元军所用的兵器比日军好，战术也新：
元军使用的弓箭射程达二二○公尺
日军射程一○○公尺
元军使用震天雷，一种开花炮弹
日军从未见过
元军使用锣鼓为进退号令
日军从未用过，马匹也不习惯，往往闻声惊跳
元军习于团队作战
日军仍然保持单骑搦战，来将通名的老法
在这样的对比下，日军节节败退。但是到了十月二十日的夜里，忽然起了大风，风势越来越大，霎时间白浪汹涌，把元军的船只吹上岸来，搁浅的搁浅，撞散的撞散，在怒号的狂飙里，像千军万马杀奔而来，漆黑的深夜不辨东西，到处是水、是浪、是雨，人在水里挣扎，溺死的不计其数，元军被台风打得七零八落，在高丽建造的船只，技术不够，施工草率，禁不起冲击，一个个打破变成片片的散板，逐浪而逝。元、高丽联合大军一万五千余人全被巨波狂浪所噬，大风过后，未溺死的残兵也如醉如痴，一个个被日本武士杀了头。
经过了七年，在这七年之中，襄阳的守将吕文焕降元之后，范天顺的父亲范文虎也投降了，忽必烈利用了南宋的降将继续进逼，在丁家州一仗，荒唐颟顸的贾似道大败，然后首都临安陷落，四岁的皇帝被虏，忠臣一个个自杀殉国，崖山之战陆秀夫背着八岁的帝昺蹈海而死，南宋轰轰烈烈地亡了。剩下一个文天祥，身已被虏，但还没有被斩首。
忽必烈灭了南宋，踌躇满志，遗憾的是日本依然不朝不贡，并且疯狂得像野蛮民族一样，将派去文诌诌的使臣，两次都杀了头。
忽必烈再也忍不住了，至元十七年九月由南宋的降将里选出了范文虎，率领十一万南宋降兵，由江南出发，另一支队伍由蒙古人、色目人、高丽人组成的混合兵团四万，由蒙古大将阿剌罕任主帅，从高丽出发。这两路军约定在壹岐岛会师，然后在日本本土登陆。
忽必烈部署已定之后，训诫诸将：取人家园，欲得百姓土地，若尽杀百姓，徒得地，何用？又有一事朕实忧之，恐卿辈不和耳，假若彼国人至，与卿辈有所议，当同心协谋，如出一口，答之。但是他告诚的话，并没有发生作用。
这次的准备相当周密，行动却很缓，显然的江南军和东路军的配合不好，互不协调。江南军集结在定海，船只三千五百余艘之多，一小部份是新造的大舰，其余的是征用来的商船，原订六月在壹岐岛会师的，到了六月十八日才开始由定海启碇。东路军也误期，出发时主帅忽然病倒，不能不临时换将，到了六月二十六日才遴选了阿塔海来代替。所用的船只，仍然是由高丽建造的舶艇。
六月底江南军的主力到达了日本的平户岛，东路军的一部已先到，双方会师，就在壹岐岛和日军有了接触。 《日本外史》写道：
虏列大舰，铁锁联之，彀弩其上，我兵不得近。
证明了虏的战术还是高明，虏是指元兵。日军虽勇，结果只有败退，但是在这种情况下，元军忽然停顿了下来，先在平户岛附近海面上往来游弋，然后麕集到了鹰岛，好像要转往博多湾登陆，却又趦趄不前，就这样白白耗费了一整月的大好时光，转瞬到了闰七月初一，前一天起了风，入夜大了起来，于是历史重演，元军全军覆没，《日本外史》兴奋地写道：
闰月大风雷，虏舰败坏，我等因奋击，鏖虏兵，伏尸蔽海，海可步而行，虏兵十万，脱归者才三人。
这一段说得过火，归还的绝不止三人，所有的高级将领都没有死，范文虎坐乘的大型楼船，回到了高丽。 《元史》轻描淡写地提到：
诏征日本军，回所在，官为给粮，忻都洪茶丘、范文虎、李庭、金方庆诸军船为风湾所激，大失利，余军回至高丽境，十存一二。
在列传里记得比较详细：
八月诸将未见敌，丧全师以还，乃言至日本，欲攻太宰府，暴风破舟，犹欲议战，万户厉德彪，招讨王国佐，水手总管陆文政等，不听节制，辄逃去。
足见得除了台风以外，还有别的原因，忽必烈所顾虑的将帅不和是退兵的主要原因。至于十万大军的下落，据一名败卒于阊的报告说：
七月至平壶岛，移王龙山，八月一日（应该是闰七月初一）风破舟，五日文虎等诸将各自择坚好船乘之，弃士卒十余万于山下七日日本人来战九日至八角岛尽杀蒙古高丽汉人，新附军不杀。
新附军是宋人，日宋的友谊尚在，这十余万人之中新附军最多，他们既然可以留在日本，也就不必回到大元的治下去做亡国奴。
至元二十二年，忽必烈准备第三次伐日本，老臣王磐冒死苦谏，忽必烈才打消了征日之意。两次神风保护了日本，使得时宗猖狂自大，这时他已经是二十九岁的青年，他这不顾死活、冒险犯难的作风，成为日本武士的典型，蛮干以后必有神助，是他们的信念，而这就是他们所谓的元寇给他们的启示。