元久二年的政变，老北条削发为僧，他的长子义时承继了执权的名位后，作风和他的父亲大不相同。首先，对他姊姊政子夫人极其恭顺，唯命是听，而尤其对小实朝也执礼谨严，很像尊重他是主子一样。同时和前辈的老先生们，赖朝的旧属干部也相处得很好，所有的文书，不肯像他父亲那样擅断独行，而是常常和老谋臣大江广元，连署颁行，以昭慎重，而更得人心的是他公布了一条命令：凡以前蒙赖朝公颁赐之领地，若非犯有大罪，绝不没收。
在赖家当政的时代，他动不动就夺人土地转赐给他的朋党，搞得有产者都惶惶不安，这道命令确是极孚人望。
义时的为政好像仁厚，但是对于手下的武士则极其严酷。幕府的组织里，有所谓的侍所是专管武士的，他的长官称为别当。当时身任侍所别当的是和田义盛，这一职位颇为重要，因为武士都是些跋扈凶猛难制的粗人，三言两语不合，便会拔刀相向，平日里也专门欢喜到处滋事，欺压善良，需要一位更狠的人来压抑他们。和田义盛出身高贵是三浦氏支系的族长，屡建战功，虽然也属于同一类型的人物，但是由于他经历多，见识广，颇能服众。
三浦氏是关东方面旧豪族，在源平之战中，出力最多，是势力最大的一群，和田义盛本来就和他们有血缘关系，如果双方联手起来的话，隐然可以左右幕府。精明的义时对于这一形势当然了然胸中，不能不有所戒备。总算平平安安过了七八年。到了建保元年的二月里，西历一二一三年，忽然发生了一件意外。
和田义盛的姪儿和田胤长参加了一项阴谋，一个名叫泉亲衡的预备拥立已故赖家的私生子千寿丸为大将军，事泄被捕，和田家族的子弟被株连的甚众，和田义盛的两个儿子义直、义重也都有份，义盛为了营救爱子胞姪，不能不出面求情，仗着他过去的勋功，希望网开一面，从轻发落。这时大将军实朝已经听政有年，但是一切决定仍操之于执权义时之手，实朝以和田是先人的旧属，应该从宽处分，义时碍于实朝的情面，便将和田的两子释放了，但胤长是祸首之一，绝不可恕，将他发配到陆奥去，而和田仗着他家人多势众，居然纠合了族中子弟亲戚，总共九十八人，熙熙攘攘地麕集到幕府的大门前，要求释放胤长。但是义时却不是示弱的人，他便当了大众的面，把胤长由牢狱里押了出来，再当了大众的面，械链锒铛地解他上路。这不但将和田家的颜面扫尽，似乎有意激起老义盛的愤怒，等于公告世人，王法无法，不能以威屈，也不能以情动。不仅如此，他并且没收了胤长的产业，按照他自己公布的律法，非犯有大罪者不得没收其领地。胤长所犯是否大罪，很难判定，在老义盛看来，胤长的产业应该由族长代为管理，哪知派人接收时，被义时赶了回来。这是逼他反了。他是源赖朝的部将，老早就对北条时政的专横十分反感，现今还要再受他儿子的气，更不甘心，于是他纠合了他的部属故旧，要与义时拼个你死我活。他首先晋见了实朝，说明他这次行动完全是受不了义时旁若无人的气焰，绝无犯上之心。实朝婉劝他不可任意动干戈，但他不能接受，其实这时他已完全布置妥当，在他叩谒实朝之前，早就和他的宗亲三浦氏的族长三浦义村密议好，双方并且歃血为盟共同起事，不过世上往往总会有意外，此事为三浦义村的弟弟胤义所悉，他大为反对，认为清君侧的举动干不得，于是二人急急忙忙通知了义时，义时是个乖巧人，他也早就料到和田义盛沉不住气必然会动武。这天是建保元年的五月初二，义时大宴宾客，听到了和田义盛谋反的消息后，他仍然不慌不忙地下完了一盘棋，换上簇新的水干衣（白色绸褂便服），戴上乌纱帽，潇潇洒洒地到了幕府，然后邀了老臣大江广元一起，共请政子夫人、实朝大将军夫妇，暂时躲到安有赖朝遗像的法华大堂里，他自己守候在幕府，令他长子泰时调兵遣将迎敌。
到了申刻左右（下午四时），和田的几个儿子率领了大批兵丁掩至，包围了幕府，和田子弟英勇异常，尤其老三义秀一马当先，望见了义时的次子朝时，冲上前去，一刀便将朝时斫伤。和田方面的士兵看见主将立功，欢声震天继续挺进，一百五十余骑由三路来犯，一路占据了南门放起火来，一路攻打大江广元的花园，另一路逼进了义时的私邸，在岌岌可危的状况下，老成持重的大江广元生怕重要的帐册被毁，冒着烟火由府里抢了出来，而将军实朝也连忙写了一封祈祷文献纳到八幡宫的神座前，只有义时十分镇定，指挥长子泰时以及麾下兵将坚守冲要。杀到深夜，依然未被攻破，而这时下起雨来，火被扑灭，幕府方面的援军也纷纷赶来，在镰仓郊外一片喊杀之声，战况逐渐转变，在天色大亮时，和田的一名勇将忽然被一支飞来的流矢击中要害，登时身亡，和田军见状，大为丧胆，认为是神镝。这时和田也有地方同志杀来，但是士气已衰，挽回不了颓势，反而败退下来。到了第二天的酉刻，打了两天一夜的和田义直早已力竭，被义时的部将杀死，义直是老义盛最宠爱的第四子，老怀痛悼，斗志全失，不久也被斩首。他的长子义重也战死，只剩下英勇绝伦的义秀逃往安房。和田一族，在这一次接战中，被枭首的共计二百三十四人。
义时灭了和田氏一族，但是对于祸首，拥戴赖家私生子为将军的泉亲衡，倒反而没有去穷究，任他藏匿起来，不知去向。其他与阴谋有关的人犯，也都从轻发落。显然的，义时的本意只在翦除和田，所谓的阴谋者，不过是托辞、是圈套，是借题发挥、陷人于罪的勾当。义时早就清楚和田一家人，都是豪迈不羁、爽朗粗鲁的武夫，绝禁不起连连刺激，小的血气方刚，老的自恃功高，只须给他们难堪，必然会反，自堕彀中，然后名正言顺地讨伐他们，一个个斩尽杀绝。和田果然中计，冤冤枉枉地背了叛徒之名，送了命。义时的长子泰时看得明白，他说：义盛无反心，独恨我父耳。
在义盛死后，义时已成为幕府中第一人，他本来已是政所的别当。现在又兼任了老义盛的遗缺侍所的别当。文武大权集于一身。自从源赖朝逝世以后，还没有人肩任过这样的重任，他只在名义上不是主宰而已。
假如真的义时是个心机叵测的人，他是用计除了和田的话，那么实朝之死，他似乎也脱不了关系。
实朝自从哥哥赖家被废，袭位为大将军时，只得十二岁，他和赖家一样，是个被宠坏了的大少爷，不过他的性情，和赖家完全不同，赖家横蛮好武，实朝则柔弱好文，他在妈妈政子夫人的羽翼下，虽然也经过了很多风险，总算平安度过，十三岁时便迎娶了京都方面的一位佳丽，成为后鸟羽上皇的连襟，他一心羡慕京中的生活，写得一手好字，会作和歌，拜当时名士源仲章博士为师，也踢球（蹴鞠），对大宋的文物无限憧憬，结交了一位宋朝来的佛工陈和卿，受了他的影响，想渡海而西，亲自到中土游览，仿效中国样式，造了一艘大楼船，只可惜造船技术不够，耗了很多人工竟浮不起来，只好作罢。
镰仓是个文化还未升华的武夫世界，实朝在这一群武夫当中，浑身不自在，处处看不顺眼，而武夫们也看他不似人君。有一次接到报告说，有僧人在山区谋反，实朝于是派了武将去察看，这位武将去后便把那和尚杀了，柔弱的实朝闻报，吃了一惊：你怎么把他杀了！ 《日本外史》写得好，这位武将瞋目曰：
彼髡反迹已明，臣所以不生致者，恐将军听内谒宥之也，将军咏歌蹴鞠，废弃武备，重妇女，轻战士，诸没官之邑，举与嬖妾，故将军之业坠矣。
这位武将骂得痛快，这句故将军之业坠矣，简直是指摘他不肖，把父亲辛辛苦苦创下来的基业，败掉了！这确是当时镰仓方面武人对实朝的看法与评价。
在这样一个环境里，实朝当然不安，何况无论任何大小事，他都插不上手，名为将军，实际上事事都要仰义时的鼻息，使他感受到莫大的压迫，而尤其使他抑郁不欢的是，他琴瑟之间虽然恩爱，但十余年来，始终没有子嗣，他又不肯三妻四妾，另讨家室，因此在传宗接代方面，也有故将军之业坠矣的感觉，唯独有一样，比先人强的，是他的文采。如果在宦途方面，他能得高位，获显爵，当然可以光耀门楣，扬名后世，毋忝所生了。因此他一心地想尊荣，他在京都方面的姻娅也能在朝廷上为他说项。恰好后鸟羽上皇是个有野心的人，他对源氏割据一方十分痛恨，极想收复关东地方，造兵器、蓄武士，准备俟隙而动。既然实朝想做官，就不如釜底抽薪让他当官，当得高高的，回到京都来当京官，盘踞的局面就自然解消了。义时以下幕府里的要员也都看清了这一点，共推大江广元进谏实朝说：故将军每奉朝令，都辞谢不就，先人的遗制不可不遵。但是实朝不听。幕府的存在，他并不想维持。
到了建保四年，他晋位为权中纳言、左近中将，两年之后建保六年，升为权大纳言兼左大将，然后又晋升为内大臣，到了十二月官拜右大臣，他这晋升速度，是有史以来所未有。
翌年，承久元年选定了正月二十七日作为右大臣的就职大典。地点在鹤冈的八幡宫。这天本来是晴天，到了傍晚忽然飘下雪来，并且越下越大。老臣大江广元踉踉跄跄地跑来求见，他说：臣平生未尝出泪，今无故泫然，臣危疑焉！他说：你应该防不测，穿起盔甲来！实朝的师傅源仲章在旁说：当了大将、大臣，怎么能穿盔甲！大江说：既然不穿盔甲，那么就请在天还未黑，赶快行礼。源仲章说：那不行，秉烛是古礼，不能破！大江广元只好默然而退。到时候，实朝冠戴整齐出发，百官随行，护卫兵丁千骑，一同前往鹤冈，义时拿着剑做先导，刚要到八幡宫，忽然黑暗中跑出一条白狗来，义时一惊头发晕，不能支持，就将剑交给了源仲章，自己休息去了。到了八幡宫，仪仗贺宾都鹄立殿外，实朝与源仲章进宫行礼走出来，由一级级的石级缓步下来，在松枝火把照得如同白昼中，望见了由京都远道来贺的妻兄，也在阶下行列之内，正想招呼时，忽然斜地里窜出一个人，一刀刺入实朝的心窝，倒地后，又取了他的首级，行动之快，使人措手不及，这人举刀高呼道：我是公晓，来报杀父之仇！实朝连哼都没有哼，行年才得二十八岁。源仲章也同时被杀。
公晓是赖家的次子，赖家死时，他刚四岁，奉祖母政子夫人之命，在京都大寺里习佛为僧，成人后又奉命回镰仓就任鹤冈的别当，八幡宫也归他管，所以出入自由。他杀了实朝，秩序登时大乱，这次就职大典的仪式，筹备很久，总想做得万分华美庄严，卤簿之盛一时无两，所以虽然隆冬大雪之中，来看热闹的人满坑满谷，妨碍了交通，事发后，人声鼎沸，东奔西走乱不堪言，执刀斧武器的卫士在黑暗中，不知出了什么事，反而不敢妄动，使得公晓在数十级的石阶上，从从容容地逃走了。
但他没有走远，跑到了一个熟人家，要酒要菜，挟着实朝血淋淋的头，大吃大喝，三浦义村的儿子是他的徒弟，公晓叫了他来，让他转告他父亲说：这下子该轮我来当东国的大将军了！你们去准备！三浦义村让他儿子回说：好，等我派兵来接你。他却去通知了义时。义时得讯，立刻通令各处将他逮捕，格杀勿论。三浦义村于是派了手下五名力士去擒他。公晓等人来接，久久不至，他翻身上了高冈，直往义村家里去，实朝的头颅也不要了，迎面遇到了五力士，展开了格斗，公晓当然不是对手，被砍了头，他才得十九岁。源赖朝的子孙全死光了。
本案是否有阴谋，到现在还是谜。实朝一心要想归顺朝廷，自毁幕府的组织，当然与幕府方面的大小官员都发生了冲突，尤其地头的创始是大江广元的献策，掌握了全日本的经济命脉，不能轻易放手。而实朝执迷不悟，一味想走正途，图显贵，立身扬名，辅佐天子，讲道义，讲忠孝，所以和义时以下的武夫无法沟通意见。而义时以下的人，以利之所在，也不能让步，只有转变实朝的想法，或者把他除掉。由种种迹象看来，杀实朝的主谋可能是义时，而大江广元也预闻其事，不过大江忠厚不忍少主被弑，又不敢泄漏机密，在这紧要关头万分为难时当然会泫然泪流。在就职仪式上，义时以执权的身分任前导，他不能辞，但他如在旁，刺客安敢下手，因此他不能不借故离开现场，将手中剑交给了毫无武功的老学究。公晓刺杀实朝之后，大叫来报杀父之仇，显然是借口。当年赖家死时，实朝还不满十二岁，自身尚且不保，还能扯得上派人杀自己的胞兄！公晓刺杀实朝之后，还能大吃大喝、旁若无人的样子，必有所恃，大言不惭地要当将军，必然早有人蛊惑了他，许以此职，所以他才敢放心等人来接。他所恃的是谁，又是谁有权有力能扶他为将军，只有义时一个人。
而利用公晓去杀实朝，有一箭双雕之妙，杀了实朝，再名正言顺地杀公晓，是制裁了弑君的逆贼，谁能说不当，从此源氏子孙已死，顺理成章地成为北条氏的天下。
实朝当天似乎也有预感，出发之前，上装梳头的时候，他剪下一缕头发送给梳头的人，说道：留给你做纪念。公晓把他的头颅扔掉之后，再也找不回来，可能被野狗吃了。下葬的时候，只好将他留下的那缕头发作为代表。
源赖朝轰轰烈烈地创下了幕府，不旋踵而亡。子子孙孙一个个都死于非命。