实朝的凶耗传到了京都时，已经是承久元年二月二日的清晨，这晴天霹雳的大消息，震撼了整个京都。后鸟羽上皇这时正在摄津的豪华离宫里避寒，闻讯后真是百感交集。
当时有一种流行的迷信，名为官打。凡是一个人，才能不足以任官的，忽然得到了不相称的高位，必然会遭凶险，此之谓官打。实朝的情形恰好相仿，他以二十八岁的青年，既无赫赫之功，又无炫炫之才，居然跃登几乎是位极人臣的右大臣，真可说是极其不称，因而遭到了横祸，这不是官打，又是什么？
虽然接二连三的高官都是由上皇颁发的诏命，但是也由于实朝自己的请求，他结婚十多年，始终没有子嗣，自觉对不起先人，为了光宗耀祖起见，只有在官位上求显贵，超越父兄，才觉安心。所以如果真的是挨了官打，多半也是他自找，不过上皇对他这位颇有文化气息的连襟遭到了非命，也不胜惋惜，当时只以为他既然有意为官，就好好满足他的愿望，让他当个痛快，并且盼望他当了高官，慢慢的，割据的局面由他来自然化除。想不到高官竟能打人，好像是有意来陷害他的了。
实朝挨了官打之后，遗留下来的空缺很难填补，源赖朝直系子孙都死光了，没有人有资格来继承征夷大将军的职位，从此群龙无首。但是幕府的局势已成，有组织有体系，也有人，政子夫人依然健在，她虽已削发为尼，但大事仍由她处理，她的臣下个个服她，尊她为尼将军，而她的亲兄弟义时为执权，兢兢业业地发号施令，毫无破绽，政权不像会垮。
在后鸟羽上皇看来，镰仓真是个碍眼的存在，地头的制度剥夺了朝廷最重要的一部份大权，尤其由镰仓派到京都来的守护，名为护卫实是监视，以皇室之尊，居然要受到陪臣的监视，真是奇耻大辱。实朝在世时，总算还讲君臣之礼，他这一死，剩下一帮粗人，上皇都不屑与他们打交道，就是跟他们理论，也绝不讲情面。而这帮粗人却正有权有势，将来怎么样去对付他们，的确大费周章了。
后鸟羽上皇是位屡经患难的人，幼年时就多灾，幸而受到祖父后白河法皇以及法皇的宠姬丹后局的庇植，以皇四子的身分继登大宝，但即位时是第一位缺少了传国神剑的天皇。他多才多艺，几乎无所不通，无所不晓，是位百科全书的活字典，在诗歌方面最有成就，《新古今集》这部巨著就是由他亲撰完成的，他也好使刀弄剑，诸凡摔跤、游泳、马术，他件件皆精，真是个文武全才的能人。他早就受了镰仓方面许多闲气，在庄园的授与方面，处处受到地头掣肘，屡次挨了闷棍，恨得他牙痒痒的，誓灭此獠而后快。但是灭镰仓，却不是一件容易事，他知道幕府之所以自形气势，是因为有武力。要制伏镰仓，当然也必须有武力，而关西方面，民风文弱，要改变关西人的气质，必须和关东人一样尚武不可。因此他为了示范，便常常狩猎、驰骋，随时都演习战斗，往往伤害了农作，亦在所不惜。自己亲手铸刀铸剑，并且刻上了菊花花纹，赏赐侍从，这菊花花纹传流至今，成为皇室特有的纹章。除了维持他父祖的遗制，设置北面武士之外，又新添了西面武士，召募精壮的青年，成天训练武术，真所谓的养兵千日以准备一朝之用。他又罢黜了和幕府有密切来往的藤原兼实，收容了由镰仓脱离的失意人士。以上种种措施，不能不算是相当英明，但可惜他忽略了当时人心的背向，而最要不得的是他帷幄不修，寡人有疾，寡人好色。
承久元年，实朝被害时，上皇已经是四十岁的中年人。他精力充沛，由于连年走顺境，忘记了当年艰苦的日子，于是脾气变得暴躁，对于属下颐指气使起来。尤其对镰仓，憎恶之念更加深了。上皇有宠姬，名伊贺局，是以前著名的白拍子的舞姬，归为上皇的禁脔之后，赏赐多端，在摄津有两处庄园赏了给她，但是这两处庄园的地头都不听调度，并且态度极为傲慢，上皇大怒，于是下令幕府立刻将这倔强的地头撤换。那时实朝还在世，他为人和平圆滑，上皇既有旨令，不能违背，无奈格于所颁的律令，地头未犯有大罪者，不能免职，因此他便托故拖延，一直到他逝世，仍未遵办。
征夷大将军的职位虚悬后，居然有人大胆觊觎此位。阿野全成的儿子，是实朝的表弟，师法他父亲的故技，在骏河地方举兵，自称有资格来承袭大将军之位，不过义时不是容易被动摇的，他率军一鼓荡平了这野心家，乱虽敉平，问题依然存在，尤其由种种迹象看来，阿野的叛乱可能是由京都方面授意怂恿的。政子夫人为了防患于未然，很想缓和上皇对镰仓的嫉视，她要求皇室遴派一位皇子来镰仓，继任征夷大将军之位。
其实她早有此意，实朝始终无后，将来谁来承继不能不有所打算，两年前她乘亲诣熊野神社去烧香的机会，特地绕道京都，和上皇的奶娘号称卿二位的藤原兼子会谈。卿二位在朝廷里的影响力异常大，上皇从小由她抚养，上皇喜怒无常的性格，只有她摸得最清楚，她知道上皇的癖好与缺点，会选择上皇喜欢的女娃男童，满足上皇的欲火，同时卖官鬻爵，找找一些外快，贴补上皇不时之需，上皇虽然也明知这种行为不对，但不忍过拂她所谓的好意。政子夫人侦知她的重要性，送了一份重礼，和她恳谈过一次，请她说动上皇，将来承继问题发生时，由上皇选派皇子到镰仓来，卿二位满口答应，她一定能做到。
但是奏请赐派皇子东来的公文上去之后，到了三月上皇遣派专使，来吊实朝之丧，并正式商讨此事，顺带提出了罢免长江仓桥两处倔强地头的要求。义时对于后者无法遵从，是当年源赖朝定下幕府制度时，与从战诸人共同订立的誓约，他不敢更改，谈判因而没有结果。
义时为了迎接皇子东来，特为派了弟弟时房率领了一千精兵到京都，但是上皇坚持废止地头，然后才能讨论皇子是否东下。双方僵持长久之后，政子夫人只好放弃了她原来的希望，由时房在京都另外迎接了一个两岁的小男孩，是源赖朝妹妹的外孙女所生的，藤原兼实的后人，虽非皇族，但不失为贵胄，于是继位为征夷大将军，实际上仍然由政子夫人统率群伦，而由义时任执权佐理庶政。
在这次交涉中，上皇毫无所得，而镰仓居然自己拥立了将军，政权稳定了下来，对此上皇焉能不气恼！这时发生了一件怪事，在小将军到达镰仓的翌月，承久元年的七月十三日下午，在京都任皇宫守护的源赖茂与他的家人，据说因为图谋不轨，被人发觉之后，潜入到宫内的仁寿殿，纵火自焚而死。这源赖茂是源赖政的孙子，赖政是以前辅佐以仁王起义，在平等院兵败自刎而死的老将，源赖茂由镰仓派来任大内守护之职，责任重大，不可能在这时忽起贰心，因此很可能是上皇本已痛恨被人监视不得自由，现在更想要西面武士显示本领，以源赖茂为牺牲，小试牛刀，杀了他全家老小。
上皇总以为源实朝挨了官打，被自己的族姪刺死后，源氏已无后人，幕府应该瓦解，王政可以复归一统。却大出意料，募府的权势丝毫未受影响，依然雄霸一方。这时由镰仓来一家人，是义时手下的武士，他乞假到熊野神社参拜，名叫仁科盛远，他邂逅了上皇，上皇和他倾谈之下，甚为投机，见他的两个儿子都十分英武，就留他们录为西面武士，盛远受宠若惊，便留在京里不回镰仓了。义时当然不快，就免了他的邑封，上皇知道了后命令恢复，幕府居然不理，上皇连连碰钉，气不可遏，决意要用武力来解决幕府了。朝里虽然有大臣谏阻，但是上皇非常坚决，他嫌他的长子土御门天皇不够能干，命他让位给他的弟弟顺德天皇，这时便命顺德专管军事筹备讨伐幕府，皇位再传给了顺德的儿子仲恭。
西面武士的头目藤原秀康，本来是北面武士的一员，很得上皇的信任，过去几件大工程都由他监工建造，以功任很多地方的长官，西面武士成立时，他就任为官长，是个极其精干的武人。到了承久三年，上皇将所有的讨幕大计都交给他筹划进行。秀康认得由镰仓派来京都卫戍的武士三浦胤义，他们往来密切成为通家之好，三浦是关东大族，胤义的大兄三浦义村和源赖朝交谊极厚，是幕府的元老，但是秀康知道胤义对北条义时并无好感，因为胤义之妻本来是源家的一个丫头，和源赖家发生了关系，生了一个男婴；但被义时知道之后，便将这孩子杀了，因此这丫头恨透了义时，后来虽然嫁给了胤义为妻，但心头之恨永远未消。他到了京都之后，便发誓永不再回镰仓。有一晚秀康设了酒宴，邀请胤义和上皇见面，酒过三巡之后，秀康在席间稍微流露了一些义时跋扈不臣的情形，胤义忽然跃起，说道：臣兄义村力能擒义时！据《日本外史》写道：
上皇大悦。
源赖茂死后，幕府又遴派了大江广元的儿子亲广、义时的妻弟伊贺光季驻屯在京都。这两人等于是镰仓的代表也是眼线，皇室的举动瞒不过他们，尽管机密，秀康的军事布置，幕府还是清楚得很。承久三年五月上皇认为时机成熟，他先发动，将朝里的亲镰仓份子一个个拘禁起来，把幕府的两个代表召了来，伊贺光季知道不妙，不肯来，上皇就命令秀康把他全家杀了。上皇一不作二不休，下诏给五畿七道讨伐幕府了。
上皇大会众将，问道：究竟关东人有多少是北条义时的死党？投靠过来的三浦胤义说：顶多不过千余人！上皇于是就请他写信给他的大哥，让他为内应，答应事成之日给以重赏，找到一个神行太保，跑得很快名叫狎松的，差他把信送给三浦义村，义村接到狎松递来的信之后，立刻呈献给义时，两人一同去晋见政子夫人，一面大索镰仓，居然很快便将狎松捉到，在他身上又搜出了上皇的诏书，呼吁关东豪杰共同讨幕。政子夫人于是大会诸将，垂帘谕道：吾今日将诀于诸君也，先将军被坚执锐，辟草莱以创大业，诸君所知也，今谗谀之徒诖误人主，欲倾危关东之业，诸君苟不忘先将军之恩，则协心戮力，诛除谗人，以全旧图。即欲应诏而上者，今决之。她这篇简短的演辞，动人心脾，没有一个人有异议。
开军事会议时，很多人都以为应该厄守险要，以逸待劳，静等官军来攻，唯独老谋士大江广元说：不可，守险旷日，人心内变，是自败之道，宜直进兵，攻京师，听成败于天耳。政子夫人也以为然。于是就命令义时的长子泰时为将，率领他武藏郡的部队出发西上，但是要聚集武藏郡的武力至少要五天，有人且认为悬军远进，太过危险。只有大江广元坚持说：兵贵神速，久则生变，所以就在今天夜里，公子就应该单身扬鞭，东国兵将闻风而起，犹云从龙矣。政子夫人采用了老谋臣的意见，令泰时即夜启程。
黎明泰时率领了十八骑出发，他的叔叔时房跟着带来部将多人，然后三浦义村也赶到，他的队伍边走边膨胀，三天之后，已经聚集了十万骑，蜂拥地卷向西而去了。
义时得到大军云集的消息之后，就把神行太保狎松放了，叫他回奏上皇说：臣无罪，被讨，不敢逃避，闻陛下好战，谨献臣长男泰时，二男朝时以下十余万人，使之为战，陛下观焉，不厌于心，则犹有二十万人在，臣将自将以继之！
上皇还乐观，他总以为幕府内部会生变，东人必有乘虚诛义时者，他一厢情愿的说法，可情没有能兑现。
六月朔，双方部署都定，一接战，官军就败走，上皇最信任的藤原秀康首先跑了，官军里虽然也还有忠勇将士，但是主帅已去，士气当然大伤，免不了节节退守，京师震骇，上皇马上到比睿山访请山上几座大寺的僧兵来助阵，但是碰了一鼻子灰，这时镰仓方面的大军已经迫近京都了，官军方面只好集中兵力守住宇治和势多两处要冲。官军里总算有员勇将山田重忠，他率领了几千山僧守住势多，居然将来犯的幕府军击退了。但是由泰时自己带领的精锐，麕集到了宇治。宇治是到京都的咽喉之地，上皇以重兵扼守一条急流，有如天堑，所有的桥梁舟船全毁，但是幕府军依然在箭雨之下，奋不顾身地涉水而过，这场硬战里幕府军伤亡极重，主将泰时都几乎为急湍所噬，结果宇治还是不守，大军这时如飞蝗一样拥进了京都，沿途抢劫杀戮，京都在有史以来从未遭遇到这样的浩劫。
山田重忠和三浦胤义脱围，逃到了皇城，叩谒上皇，不料上皇竟闭门不纳，重忠急了用劲敲门骂道：懦主误我！的确这懦主不但自误，并且误了他不少忠臣，重忠敲了一阵门，还是不开，走到嵯山自杀了。
泰时在进到京都路上，遇到了上皇的侍臣，捧到御旨，泰时十分恭敬，下马听宣，诏书开示：近日之事，非出朕意，皆臣僚所为，唯汝论其罪，莫使兵士扰辇下。上皇把责任推得干干净净。
日本没有弑君的前例，义时当然也不敢冒大不韪，战况初定，上皇既然说非出朕意，皆臣僚所为，那就请指出哪些人是首谋者，胁从者不论，采取着宽大的处置。
三浦胤义知道逃不掉，在乱军之中他先躲进一间小庙里藏身，不料竟遇见了一个熟识的僧人。那僧人劝他自杀算了，他于是央求僧人在自裁之后，将他的首级送给他太太看过，再送给他哥哥，并且请传一句话：阿哥自剪手足，看到这个头，该满意了吧！
受上皇特别青睐的北面又兼西面武士的藤原秀康，已如丧家之狗，无处藏身，虽然躲过了几个月，终于被捕，杀了头。
众公卿里，上皇所指出的六个首谋里，有一人是坊门忠信，是实朝的妻兄，因为亲戚关系免死，此外五人都斩首。其实上皇所列举的首谋都是替死鬼，最冤枉的是叶室光亲，他曾经力谏不可用兵，等他那本谏书被发现出来之后，他早已身首异处了。
幕府对皇室的处分：
后鸟羽上皇充军隐岐岛。
顺德上皇（后鸟羽子）充军佐渡岛。
土御门上皇（后鸟羽子）不知情，但自愿流放到土佐。
雅成亲王（后鸟羽子）充军但马。
赖仁亲王（后鸟羽子）充军备前。
刚即位（才七十余日）为天皇的仲恭也被废，由幕府另立行助法亲王的儿子为天皇，是为后堀河天皇。
承久之乱告一段落，后鸟羽上皇弄巧成拙讨幕不成，反被幕讨，被流放了十余年后，卒。刚好六十岁。