懦弱的人主，遇到了权臣，唯一的办法只有俯首听命，任其摆布。宇多天皇本非皇胤嫡系，按理轮不到他来继大统。他自己也从来未敢存有奢望，但是运气来时，城墙也挡不住，富贵逼人逼他骤登大宝，他除了喜不自胜之外，也免不了有如履薄冰、如临深渊之感。
第一件大事便是召请当时的硕儒橘广相来，用汉文为他起草诏书赐给摄政的太政大臣藤原基经，要他十足地拍一顿马屁。橘广相奉旨之后搜索枯肠，果然拟了一篇好文章，内中写明了事无巨细，百官总己，悉关白太政大臣，然后奏下。意思是一切朝政大权，都奉献由太政大臣决定。基经奉旨之后，当然也要再四上表谦辞，宇多又再执意不肯，如此者交换了几次文书，而宇多的诏敕，都是由橘广相一手经办，不料在最后的一道诏书里橘广相想特别要好，引用了《诗经‧商颂》里实维阿衡，左右商王的典故，写道：宜以阿衡之佐，为卿之任，他的原意是以伊尹来比拟基经，可谓恭维之至。哪知偏偏就有山人在旁，乘机向基经进谗道，阿衡在古代中国是个没有实权的高官，恐怕天皇是请您归还政权了。基经听了果然多心，他就从此不朝。宇多本来就有自卑感，马屁没有拍着，反而拍到马腿上，使得他坐卧不宁，寝食难安，惶恐得不知如何自处。而那倔强的读书人又不肯自己认错，他宁可在殿上和那些指摘他的人公开论辩，经过几次舌战，毫无结果，僵持了半年之久后，还是由宇多自承读书未通，用典错误，才将此一死结解开，其间亏得有一个人代为转圜，此人是三代通儒的菅原道真。
道真的祖父清公，父是善，都是有名的学者，文章作得极好，他幼承家学，能诗能赋，也极有见识。他父祖三代都替人捉刀，颇负时名，当时最难得中的方略试他很轻易地通过，除了就任官职之外，又兼任了文章博士。文章博士等于是公认的学人，地位非常清高，他获得了这样的荣誉时，才三十三岁。阿衡之争，他方任官赞政的太守，不在京中，风闻到此事便借故赶来，上书基经，希望基经不要苛责读书种子。他笔下生花，一千七百余字的大文章，写得尽情合理，使得基经恍然醒悟，不再执拗，本来橘广相还应当获罪，也因为道真的这篇文章而得了赦免，但他气量小，终于呕血而亡。尤其感激道真的是宇多了，由此奠定了宇多天皇和道真的友谊。
权臣太政大臣经过这一回合之后，越发骄横了。他为了布置他自己的后继人，举荐了他的长子时平任藏人头，又将他的女儿温子送进宫里为宇多的妃嫔，完全学他继父的作风，他的儿子时平，年纪虽轻，却俊秀异常，是个干劲十足的小伙子，有魄力也有见识。藏人府是当时的最高特务机关，藏人头者，便是该机关之长也，拥有极大的生杀之权，宇多徒有天皇的虚名，只能在权臣父子的夹缝中，战战兢兢地勉强偷生，可以算得是个可怜虫。但是他的运气却十分亨通，阿衡之争后两年，基经便病倒了，缠绵病榻到了翌年的元月，这位极难伺候的权臣，到阴间发脾气去了，行年五十六岁。他的儿子藏人头的时平，才二十一岁。
基经身死后，宇多天皇如释重负，他不费吹灰之力恢复了天皇的大权，亲政了。不过宇多也还稳健，深知藤原氏的势力深植在朝内，所以也不敢大刀阔斧地硬干，首先安抚基经的后人，追赠基经谥号曰昭宣，以王礼来葬送。基经的长子时平升任为参议。并起用了藤原保则，保则原来是基经所举荐的人，以平定叛夷有功，一直任外官，以良二千石闻于世，这时召入中枢预闻大政，时论最为赞美，认为宇多天皇知人善任。半年以后，宇多又引进了菅原道真补时平所遗的空缺藏人头。这是他酬庸排难解纷的人，自己看中了的亲信，不久也提升他为参议了。
宇多的年号是宽平。在宽平初期，虽然民间已经十分穷苦，所幸宇多所起用的这几位大臣，都有人望，所以普遍有着一片喁喁望治之心，而且他们也都能忠勤任事，宇多本人也还能谨慎小心，安于俭朴，所以没有出什么乱子。在日本历史上，居然称之为宽平之治。不过经过几年的太平日子，宇多心满意足，既无天灾内乱，又无权臣挟制，他开始纵情寻乐了，游宴出猎变成他的日常生活，竟然把当初的困境忘得一干二净，天赐的大权没有放在心里，而专门去征逐酒色了。
到了宽平七年情势有些变动，首先是庙堂之内最具人望的藤原保则去世了，接着是元老左大臣源融也死了，继任的左大臣藤原良世就职不到一年也告老还乡了，朝中最高的宰辅轮到了右大臣源能有，而仅次于源能有的地位，便是二十六岁的时平，那时已官居大纳言了。右大臣源能有偏偏没有福分，任官还不到一年，就一命呜呼，朝中大权很自然地落到了时平的手里。
宇多天皇这时才发觉不妙，深怕又要受制于人，而自己又没有勇气来和时平斗法，想来想去，三十六计走为上计，抄袭他老祖宗躲避冤魂的故技，禅位给皇太子了。那时皇太子还小，但也顾不得许多，就急急忙忙先在清凉殿里替皇太子举行了成年大典，然后又在紫宸殿上禅位。好不容易恢复得来的皇权，又交回到藤原氏的掌握之中了。
在他决定禅位之前，曾经数度和他的心腹道真密图过多次，可怜道真也只是个十足的儒生，以仁义为怀，不屑行谲诈，不懂权变，君臣二人面面相觑，想不出更妥善的办法来，只有在权势之下屈服。宇多本来子女很多，但他故意挑选了十三岁的敦仁亲王为嗣，因为敦仁的母亲是藤原家里的小姐胤子，是时平的堂房阿姊，以敦仁来继承，很显然是在向时平结纳讨好，求得一些保障。历史于是重演，时平又以外戚的姿态出现，升任左大臣，道真为右大臣，二人奉诏辅佐幼帝，宇多退位为太上皇，那年他才三十一岁。皇太子敦仁亲王即位，是为醍醐天皇。
宇多禅位之后，浑身通泰，他以为把国事幼主交托了足堪信任的道真，自己便能一味地享乐了，于声色犬马之外，又到各处去巡行，忙得不亦乐乎，而道真除了一秉愚忠，谨慎地上班打卡做好公务员之外，还一心一意整理他父亲的文章和他自己的作品，汇总起来成为专集，名之为《菅家文章》，他认为这是他家垂传万古不朽的大业，所以对于一肚皮诡计的藤原时平丝毫没有戒备。恰巧宇多上皇游宴了一年多以后，忽然又想出新花样，皈依佛门起来，他特地到仁和寺出家为僧，每日坐禅学道，摒除一切俗务，往日他喜欢举行的诗会也中辍了，在宇多虽然只是心血来潮的一时高兴，但是道真却从此觐见无由，失去了靠山。时平看时机成熟，暗中又勾结了天皇远房的叔叔，这时位任大纳言的源光，向幼帝进谗，密告道真别有野心，企图废立，已经取得上皇的同意，拥戴皇弟斋世亲王为帝了。十七八岁的醍醐天皇，哪里禁得起这样的恫吓，一时失去了主张，只有听凭自己的娘舅来断处了，这位娘舅也便毫不客气，传旨贬道真为太宰府的权帅，太宰府远在九州，在当时是万里投荒，是充军，他所遗的右大臣一职，就由大纳言源光递升了，五天之后宇多上皇闻悉此事，想赶进宫里向天皇缓颊，居然被禁军挡驾，只好怏怏而返。
道真受了一肚皮的冤屈，被人诬陷欲诉无门，叫天天不应，呼地地不灵，只有饮泣就道，而他的妻儿老小也一起扫地出门，各自分散，好不容易到了戍地，他第一首诗写道：
离家三四月，泪落百千行；
万事皆如梦，时时仰彼苍。
他在太宰府过着十分凄凉的日子，他连为了什么缘故而被谪，都不十分清楚，回想当年的荣华盛况，又有一首诗道：
去年今夜侍清凉，秋思诗篇独断肠；
恩赐御衣今犹在，捧持每日拜余香。
一个忠厚纯良的儒臣，毕身尽瘁，一头脑的忠孝仁爱，没有料到人世间污秽龌龊的程度竟会忍心地致好人于死，尤其到了垂暮之年，骤然蒙此不白之冤，当然无以自解。读他以上两首诗，知道他没有勇气反抗、奋斗，他认输，他瓦解了。在太宰府一年有余，他受不了心理上的折磨，便逝于谪所。老百姓对他被窜逐而死，十分同情，他那间又小又破的屋子，虽然修整过不知多少次，至今依然东倒西歪地保持原样任人凭吊，至于他所种植的三株飞梅，现在却已郁郁葱葱成林一片了。
时平逞一时之快，把政敌加上了莫须有的罪名，活活害死，良心上也深感难安。说也奇怪，道真死后，接二连三的几年都是荒年，继之而来的又是瘟疫横行。尤其民间传说道真死后，他的冤魂不散，被封为雷神，遇到世上不平事，就让他去大发雷霆，每逢雷雨交加之日，大家都会奔走相告，说是上天遣道真降惩了。这当然对于时平是一种无上的打击。有一天朝廷在清凉殿上集议的时候，忽然落了一个大霹雳，震得屋瓦齐飞，天皇失色，侍从四散，有人高呼道真显灵了，时平那时恰好也在座，他霍地跃起，拔出他的佩刀，厉声喝道：你生前就位在我下，现在还敢来挑衅！快给我滚！经此一喝，雷声果然慢慢远了，时平虽然还有勇气当众大喝，究竟不过是色厉内荏，他禁不起常有的迅雷，清凉殿霹雳之后，没有两年便病殁了，得年仅三十九岁。良心终于没有饶过了他。
时平虽死，但是天灾和疫疠并没有减少，尤其时平生前所拥立为皇太子的保明亲王，忽然病死，于是朝中上上下下都认为道真的冤魂在寻仇。醍醐天皇没奈何，只得下诏恢复了道真右大臣的原官，并且追赠一级以慰亡灵，以为这样可以平安无事了，谁知继保明亲王之后，所立的皇太子庆赖王，不到两年也夭折了。宫里又大起恐慌，经几位高僧研究，判定这次是时平的冤魂在吃醋了。不得已又由出了家的宇多上皇来主持一次法事，超度时平，诵经礼拜，一连几天，以平息时平的怨气。
承继时平的是他的弟弟右大臣忠平。忠平的才干虽然不如乃兄，但为人宽厚，没有心机，和皇室也能相处，那时日本屡经荒歉，十分萧条，但也维持了二十余年的太平，到了延长八年，天大旱，几个月滴雨不下，田里禾苗枯焦，到了六月二十六日，朝廷的公卿齐集清凉殿商议祈雨的时候，忽然乌云大起，刹那间一声霹雳，殿上的大柱起火，议事的几位大臣很多都被雷击中，当场惨死，有的朝衣尽焚，变成一具裸尸；有的毛发皆光，面目全非，有的前胸烧成黑灰，景况异常可怖，有些人没有死的也发了狂，醍醐帝当时也在座，虽然没有事，但也饱受惊吓卧床不起，不久便感染了当时的咳嗽，到了九月他已命在旦夕，逊位给八岁的皇太子宽明亲王，七日之后便归天了，死时四十六岁。