在这些日本航空母舰中，日本人真正千方百计地想保全的莫过于赤城号了，而且，使上层领导如此反省的也莫过于它。它并非一艘普通的航空母舰，它是旗舰，是航空母舰中的皇后，是日本海军航空兵的象征。
从各种材料来分析，青木舰长在如此险恶的情况下，对赤城号的指挥已尽力尽职了。六月四日十一时三十分，正值南云在长良号上重新开始指挥时，青木下令撤离所有航空兵以及伤员。五分钟后，机库的鱼雷和炸弹舱发生剧烈爆炸，火势因此又猛烈了。放小艇的甲板上也是熊熊大火。青木及其参谋们早被大火逼出舰桥，退到前部飞行甲板上，这时又转移到前锚机甲板。 【注：日本的叙述，第二十一｜二十二页。 】
甲板下，舰员们在极其困难的条件下与烈火展开了最英勇的搏斗。由于舰上的发电机出了故障，舰内无法照明，压力水泵也无法使用，救火人员只能靠手头的工具。有的人冲上甲板；通过一根根长长的水龙带把海水压上来。但是靠人力工具来扑灭这场毁灭性的大火，就像用医用滴管去扑灭森林火灾一样无济于事。化学灭火器似乎也在嘲弄英勇奋斗的舰员们因为它们也失了灵。 【注：日本的叙述，第九页；《中途岛海战》，第一百八十一｜一百八十二页。 】
十二时三分，赤城号突然开始向右舷转动。一名少尉被派去查明所以出现这一鬼使神差的情景的原因，他发现轮机舱的整个指挥系统已不复存在。 【注：日本的叙述，第二十三页；《惊人的胜利》，第一百八十三页。 】
赤城号莫名其妙的转圈无疑救了藤田的命。藤田在水上漂浮着，穷极无聊，就给自己看手相来打发时间。这是门神秘的艺术，他实际并不擅此道。他没有学过这一套，但他看到自己的生命线实在太短，心中怅然若失。于是他不再算命，重新扫视了一番海面。他看见海面上的几根烟柱中，有一根粗大一些，而且离得也近，他既高兴又激动。那烟柱很快变成了一艘航空母舰，在海上打着圈圈，并离他越来越近。
当这艘起火的航空母舰离他不到一海里时，藤田认出它是赤城号，所以就朝它和它的护航驱逐舰游去。有一度还真危险，野分号上有一挺机枪瞄准了他，但他立即打手势说：我是苍龙号的飞行员。这时藤田的两个江田岛的同学一个是青木广一，还有一个是金井敏郎认出了他，二人分别是野分号的副舰长和领航主任。
藤田匆匆穿上金井的一套军服，总算吃了点东西，然后爬上甲板。他看见远处的赤城号正在燃烧。舰上的人从甲板上跳进海里，野分号的救生艇赶去打捞落水的人。
藤田太疲劳了，无法合理分析形势，也得不出客观的看法，但在他看来，这一仗日本人显然是打败了。他隐隐约约地听见舰桥上的一些议论：营救工作速度要加快，必须迅速离开这一危险地区，因为这里可能有敌潜艇在活动。有人说要用驱逐舰把赤城号拖回去。藤田听着听着，很快就睡着了。 【注：对藤田的采访，一九六五年一月四日。 】
在赤城号上尽管发生了这些事，青木舰长仍然十分乐观。他通过野分号于十二时三十分向南云发报说：除飞行甲板外都安全。正全力灭火。报告的前半部分当然与事实大相径庭。撤退正不紧不慢、按部就班地进行。十三时三十八分，天皇御像被转移到野分号上。十三时四十五分，该舰向山本和南云报告了这一情况，并说赤城号上火势依然很猛。突然间，赤城号那莫名其妙、令人胆战心惊的转圈停了下来，这似乎更加重了这份报告的份量。 【注：日本的叙述，第九、二十五页。 】
约莫两小时后，机库里发生了一次诱发性爆炸，前机库的隔板被炸穿。大火再度熊熊燃起，并朝前段和中段甲板蔓延。青木在一小时内把所有航空兵都撤了下去，舰上只留下该舰舰员。 【注：同上，第二十六｜二十七页。 】
尽管他们在救火中表现英勇，技术熟练，情况依然不断恶化。九时十五分，一切希望全成了泡影。轮机长丹保海军中佐冲出轮机舱，冒着弥漫的烟雾和熊熊烈火，冲上几层甲板，向青木舰长报告说，赤城号靠自身动力航行已是绝对没有指望了。青木当即下令轮机舱人员统统上来，但这一决定太晚了。派去传达命令的传令兵是有去无回，轮机人员全被封在下面了。 【注：同上，第三十四页；《中途岛海战》，第一百八十二页。 】
这时，青木请示南云是否可以撤离，南云立刻表示同意。于是，赤城号的幸存者于二十时开始撤离。两小时后撤离完毕。包括青木在内的五百名撤下来的人挤上了岚号，另外二百人上了野分号。 【注：日本的叙述，第九、三十五｜三十六页。 】
青木从驱逐舰上发电，请求南云准予把赤城号击沉。大和号上的山本和宇垣收到这份电报后都非常震惊，认为青木不该这样轻易地放弃对这艘航空母舰的抢救。太阳已经落山，主力部队正东进搜敌夜战，所以为什么要放弃拯救旗舰的希望呢？山本立刻电令机动部队暂缓处置赤城号。 【注：同上，第三十六页；宇垣日记，一九四二年六月八日。 】青木接到命令后，独自一人返回航空母舰，把自己捆在锚链上，这样，航空母舰下沉时自己才不至于漂走。 【注：悲剧之战；《中途岛海战》，第一百八十二｜一百八十三页。 】这一行动强有力地说明了在作战现场的青木舰长对赤城号能否得救的看法。
几乎在其它任何情况下，联合舰队司令长官及其幕僚都可能会接受青木的看法，认为赤城号已难以保全，并会默许他把它击沉。青木毕竟是位经验丰富的舰长，曾建力过显赫战功，指挥日本最受重视的航空母舰之一是完全胜任的。不到万不得已，他是绝不会下这项令人痛心的命令，把自己的航空母舰击沉沉。
机动部队和联合舰队之间的联络越来越混乱，而且其中的措辞也越来越激烈。青木的电报又偏偏在这时发到大和号上。至少宇垣接到电报后，认为南云已成了胆小鬼，实际上，在决定暂缓处置赤城号后大约半小时，山本撤销了南云机动部队司令长官的职务。
夜色无情地吞噬了太平洋。日本人想与美特混舰队进行夜战并对中途岛进行成功的炮击的可能性，都随着时间的流逝而越来越渺茫。二十三时三十分，离日出只有四个小时了。宇垣从舰桥的传话筒里提醒作战室说，不要让参加夜战的部队走得太远，防止在天亮前出现情况时我们无法控制。 【注：日本的叙述，第三十八页；宇垣日记，一九四二年六月八日。 】
渡边又提出一个新的见解：让主力部队的战舰于次日在光天化日之下大胆地驶向中途岛，用威力强大的舰炮对该岛实施轰击。渡边把计划提交黑岛，黑岛立即表示赞同。他们又十分激动地把这一计划提交山本和宇垣。山本平心静气，一声不吭地听渡边作解释（渡边后来称之为我那异想天开的解释）。然后，他和颜悦色地说：你肯定在海军参谋学院学习过。综观海军历史，是不该用海军舰艇攻击地面部队的。
渡边尴尬地答道：是的，我知道。
山本接着说：你的建议违反了海军最基本的原则。现在进行这样的作战也已晚矣。此次作战已近尾声。在下棋时，过多的拼杀交锋会造成满盘皆输，输得精光。 【注：对渡边的采访，一九六四年十一月二十四日。 】
宇垣就没有那么克制。这位坚定的教条主义者大发脾气，训斥说：你该明白，靠舰队的火炮来进攻堡垒是多么荒唐。眼下敌人不仅舰载机实力仍很雄厚，还有相当强大的陆基航空兵力，使用着岛上完好无损的机场；即使是威力强大的战舰，也可能在发动有效炮击之前就被敌人的航空兵和潜艇部队所击败。如果攻略部队能再等等，我们最好还是等第二航空舰队来。
接着他又说：还有，虽然我们此次战斗损失了四艘航空母舰，我们还将有八艘航空母舰，包括即将完工交付使用的几艘在内，所以在今后战斗中，我们还是有希望的。他接着又尖刻地说：一盘棋，败局已定，还一再逞强硬拼，只有没有头脑的笨蛋才会作出这样的计划。 【注：宇垣日记，一九四二年六月八日。 】
渡边和黑岛被训斥得哑口无言，回到作战室去进行反省。渡边对山本的情绪总是很敏感。他明显地感到，山本早就认为局势已无可挽回。现在除了退却，进行渡边所说的向西逃窜外，别无它事可做。因此，他仔细地起草了一份关于中止战斗，安排会合地点的电文。
山本十分难过，也十分遗憾地批准了渡边起草的电文。 【注：对渡边的采访，一九六四年十一月二十四日。 】六月五日二时五十五分，山本向所属部队下达了联合舰队第一六一号作战命令：
一、撤销占领中途岛的作战计划。
二、主力部队负责集合进攻部队和机动部队（缺飞龙号及其护航舰只），并于六月七日上午在北纬三十三度，东经一百七十度的位置加油。
三、警戒部队、飞龙号及其护航舰只以及日进号也应驶向上述位置。
四、登陆部队向西行驶，脱离中途岛飞机的攻击范围。 【注：日本的叙述，第三十八页。 】
日本人摧毁并占领中途岛的战机，就这样葬送在教条主义的祭坛上了。联合舰队的头头们起初大大地低估了敌人的力量，而现在又大大地高估了自己的困难。
渡边的电文没有提及赤城号。撤退的决定自然要涉及如何处置这艘旗舰的问题。在作战室里，山本召集主持了全体参谋人员会议，仔细研究了这个问题。是同意青木的意见，将它击沉呢？还是冒再打一仗的风险，冲进作战海区去把它拖出来呢？还是让它听天由命？他们知道，如果把赤城号抛弃，美国人肯定会把它弄走，它将成为波托马克河上的一件展品。
讨论的气氛富有戏剧色彩，充满感情。尤其是黑岛，非常冲动。他耻于承认失败，为了赤城号的事，一直争到最后。这位首席参谋悲愤交集，羞愧难言，灰心丧气，痛哭起来。许多人也泪流满面。黑岛痛哭道：我们不能用天皇陛下自己的鱼雷来击沉天皇陛下的战舰啊！
他的这番话似乎使房间变成了真空。渡边回忆说：山本的参谋们几乎个个喉咙哽咽，连气也喘不上来。
他说：山本的心里也许也在哭，但他眼里没有泪水。也许只有他才能作出这一决定，而作出这个决定太痛苦了，他哭都哭不出来。
他终于开了腔，语调缓慢而沉重：我自己曾当过赤城号的舰长。现在我必须下令将它击沉，心里万分遗憾。接着他又说：对于以我们自己的鱼雷击沉赤城号这件事，我将向天皇陛下请罪。
他说完这句话后，会就散了。渡边看到，由于一个人的决定，战局发生了变化，世界发生了变化。 【注：对渡边的采访，一九六四年十一月二十四日；宇垣日记，一九四二年六月八日。 】
六月五日三时五十分，南云收到山本的命令。 【注：日本的叙述，第六十页。 】拂晓前，海上大雾茫茫。赤城号上的大火似乎已自行熄灭了。大雾中赤城号隐约可见，就像日本画家的水墨画中的一笔。几个代表乘小艇去劝青木不要自尽。赤城号领航主任三浦海军中佐告诉他：航空母舰将由日本的鱼雷来击沉，而不是被敌人鱼雷击沉，所以它的舰长无需与它一起沉没。官阶比青木高的有贺海军大佐亲自上舰，命令青木离舰，青木这才服从了。 【注：悲剧之战；《中途岛海战》，第一百八十二｜一百八十四页。 】
五时整，三艘驱逐舰围上去，向赤城号发射了三枚鱼雷。右舷一侧发生爆炸，它舰首朝下开始沉没。驱逐舰上所有的人都高喊赤城号万岁！万岁！万岁！二十分钟后，它消失了，海面上翻起巨大的泡沫。 【注：日本的叙述，第三十八页；悲剧之战】