坛之浦大战，平家将全军覆没。平清盛的夫人时子背了小外孙安德天皇，手里拿着传国神剑，投水自溺而死。天皇的娘，清盛的女儿跟着也跳下海，但她一头的乌发飘在水面，很快为众兵士发现，捞了起来，送到源义经船上，平家总帅平宗盛独不肯死，虽然被舟子把他父子二人推下海去，但他们都深识水性，想泅泳逃生，仍然为敌军所获，双双被擒。平家将见大势已去，纷纷自杀。
源义经大获全胜之后，凯旋到京，晋见后白河法皇奏捷，另飞报镰仓，向他亲兄赖朝呈献了长长的一项名单，将这次战役中，平家将投海死难以及生擒人的官职身分都登录得清远楚楚。赖朝这天在镰仓，恰好为了亡父义朝新盖了一间庙宇，取名胜长寿院，举行上梁仪式，接到弟弟的捷报，真是感慨无量，一晃整整二十五年，当时父亲义朝有功不赏，反而接二连三地受窝囊气，在平治之乱中，又被藤原信赖所利用，拖下水成为叛党，兵败后逃到了尾张，仍然脱不了魔手，为人诱杀，一世英名尽付流水，而自己那时虽不过十三岁，却已尝到了家破人亡的惨祸，居然能幸免为刀下之鬼，但也战战兢兢地当了二十余年的囚犯，这都是亲身经验，有朝一日誓报此雠。果然曾几何时，如愿以偿，平家，不可一世的平家，这时全灭了。
赖朝兄弟很多，不过为一母所生的全死光了，他的二哥有名的恶源太，是个暴躁异常的凶汉，与人一言不合，便会动武，有一天甚至斩杀了他的亲叔叔。在平治之乱中，他出了死力保护他的父亲，英勇奋战，在众寡不敌的情形下被敌军冲散，他奔走飞驒去请救兵的当口，听说老父已死，他便变服潜入京都，想刺杀平清盛，不幸被人发觉，中箭被擒，结果枭首示众。大哥朝长也在平治乱中受了重伤不能行动，为了避免被俘，求父亲杀了他，义朝横了心一刀把他刺死。另外四个弟弟都是庶出。四弟范赖妓女所生，五弟义门早死，六弟希义被俘，其余三个是丫头常磐所生。义朝死后，常磐躲在龙门里，但是为了营救她的亲娘，不能不挺身出来投案，由于她颇有姿色，被清盛收留，因此她所生三个男孩都保全了性命，最小的一个名牛若，才两岁，到了七岁，把他送到鞍马山寺做了一名带发的小和尚，教他识字读书，到了十一岁，发现他家的家谱，知道了他的先世和境遇，于是他发愤自强，白天读书，晚上就练功夫使刀击剑，一心想复兴家园讨灭平氏，他虽然短小精悍，却雄心万丈，庙里的长老几次要他削发为僧，都被他拒绝了，到了十四岁他终于离开了鞍马寺，随从了行商，到陆奥去投奔藤原秀衡，秀衡是清衡的孙子，而清衡在后三年之役里和源义家并肩作战，是恩人，也是最亲密的战友，而源义家又是牛若的曾祖父。牛若行到中途，他卸下了童装，穿起成人的衣服来，改名义经，因为他兄弟排行第九，所以自号源九郎。
到得陆奥之后，果然大受藤原秀衡的优遇，秀衡十分念旧，待义经如兄弟，和他谈文论武，极为投缘，在陆奥住了几年之后，忽然听到赖朝奉以仁王的旨令讨伐平家的消息，他即时热血沸腾，恨不得立刻飞到他兄长身旁，和他共患难共荣辱共生死去报杀父毁家之仇，秀衡再三挽留他不住，只好另派两个属员陪他一同驰赴关东去。那时义经二十一岁。十月里，平家的大军在富士川畔，夜里闻水鸟声而惊溃洞顶的时候，义经恰好赶到黄濑川赖朝的阵营里。兄弟二人初次相会，不禁热泪盈眶，誓灭平家。从此义经便做了赖朝的部将，受命东征西讨地为赖朝奠定了关东基础。那时他们的堂兄弟义仲虽然击破了平家的主力，但他骁勇有余而识见不足，并且好逞意气，像发了狂似地大闹京都幽囚法皇，使得法皇受不了折磨，只好密令赖朝兄弟追讨义仲了。赖朝沉得住气，他在镰仓静观变化，得到法皇指令之后，便派范赖、义经去进击义仲。义经有义仲的骁勇，也有赖朝的沉着与机智，义仲当然不堪他一击，便身首异处了。他凯旋晋见法皇时，彬彬有礼，举止悉依法度朝仪，法皇大悦，的确是历年罕见的青年才俊，便任他为左卫门少尉，兼检非违使。义经在京里受到了法皇的恩宠，声誉鹊起，被称为智勇双全的名将，在九月里官叙五位，十月里已经可以升殿了。这是皇上的恩典，是国家的名器，他不敢不接受，不过在他由镰仓领军出征的时候，赖朝曾经嘱咐除了由他推荐，不可轻易接受朝廷的封诰。但是荣誉心重的青年人早把这项命令忘到九霄云外。正在兴高采烈地计划如何进军剿灭平氏的时候，镰仓一道令下，免了他追讨平家的任务。但是他四哥范赖比起他来，真是处处不如，虽然领了重兵，却不知如何作战，只是一味地请粮请援，使得在镰仓的赖朝为他忙不过来地办理后勤工作。几个月后，赖朝不得不重新起用义经。果然不同，义经很快出击，连战破敌，在坛之浦灭了平氏。
义经卓越的将才表现得淋漓尽致，赖朝接到他的捷报，沉吟不语，他这小弟弟义经源九郎，今后是他的劲敌了。他在伊豆三十多年的流放生活，养成他冷酷、多疑、残忍的性格，对于义经他不禁起了杀意。纵然有手足之情，但是此人太过危险，他不仅获得了皇室的宠信，士卒的爱戴，朝野的人望，而尤其他年轻，一旦羽翼长成，天下还不就是他的！
义经凯旋京都后，辞别了法皇，护送一干俘虏解到镰仓。这时镰仓已经堂堂皇皇地成为赖朝发号司令的首都，幕府的组织已经完成，一切规模并不亚于京都，只有比京都还更有效率，义经一行到达了镰仓近郊的腰越驿，赖朝派遣了他的岳丈北条时政来受俘，同时命令义经不许再前进，义经真宛如晴天霹雳，不知所措，他虽然知道赖朝对他不满，但绝没有料到对他的成见竟如此之深，原以为弟兄之间一时龃龉，见面时只要俯首认罪解释清楚，便可获得原谅，谁知赖朝就是拒不相见，义经在腰越驿徘徊了很多天，赖朝也没有回心转意的迹象，义经没有办法，只好哀求赖朝的亲信大江广元替他去说情，《日本外史》记载了那封信：
义经代征讨之劳，上夷国贼，下雪家耻，心窃期褒赏，不图忽蒙谗言，旷日于此，莫以自明，徒涕泣尔，将永违恩颜，骨肉谊绝，自非先人之再生，谁为分疏焉。义经幼孤，从母逃匿，流寓诸国，为氓隶所役，未尝一日安居，然而幸庆忽会，至忝重任，或策马峻胁，或凌风大海，不敢顾躯命，欲以慰冤魂，仲宿愤，岂有他哉。既辱五位尉，荣显何加，而遭此厄，忧深悲切，敢上誓书，要之百神，而威犹不霁也，不得不仰公之救护，伏愿乘闲进说，庶几亮其无他，卒被恩宥得享终身之安。
这封书信说得可怜恳切，我不过被皇上赏了我一个五位尉，算不了什么荣显，而这就是我的罪名，我过去替您出了力，代表您去杀贼雪耻，难道不能将功折罪吗？这封信去后，也无下文，他又等了好久，只好怏怏地独自一个回到京都了。
赖朝对于自己的亲手足充分表现了一种精神虐待，对于他的俘虏当然也不会宽大，但他却要表现得仁慈。平宗盛父子被解到了镰仓之后，赖朝大会将士，自己端坐在细竹帘之内，命宗盛跪在前庭，由他的亲信比企能员传话说：赖朝非敢复私仇，乃成王命尔，今日之临，何幸什也。他说得堂皇，十足表现出得意非凡，当年是他，待罪的死囚，现在是他的仇人，成为待罪的死囚了。宗盛这时吓得魂不附体，叩头如捣蒜，乞求饶命，毫无风度，不像是叱咤风云一世之雄的儿子。吃饭的时候，居然有鱼，鱼上却架了一把刀，是赖朝暗示他要自裁，但宗盛不从。赖朝于是把他的名字改为末国，再将他原来内大臣的职位贬为赞岐权守。赞岐是当年宗盛由京都退出来经营过的地方，这都是意存侮辱他，宗盛仍然不知羞，总还想偷生，到了七月又把他护送到京都去，但走到一大半的路程上，在筱原将他父子二人都斩首，宗盛行刑前，还哭求留他儿子一命。死时三十九岁。
义经回到京都之后，依然受到了法皇的垂青，法皇这时正发愁怎么样来对付赖朝，赖朝不断地发展他的权力，扩张他的地盘，国家的大政节节转移到了镰仓，真有尾大不掉之势。忽然义经来归，法皇焉有不喜出望外，以为借了义经的力量，可以对赖朝起制衡的作用。法皇于是先将由平家没收过来的庄园转赐给义经，除了任他为伊豫的太守之外，兼任法皇院廄的总管，并且卫戍京师。
赖朝风闻义经在京里，很受到法皇的恩宠，十分恼怒，又听说他和叔叔行家勾结在一起，在京里鬼鬼祟祟地有所图谋的样子，更加起疑，他便派了他亲信随从梶原景季去察看情形，并且传令给义经，要他干掉行家。梶原父子二人都是赖朝手下大将，父亲景时，可以算是赖朝的恩人，当赖朝在石桥山起事的时候，就吃过一个大败仗，那时景时是平家的一员小将，奉命追剿，他虽然明知道赖朝藏匿之处，但他放了一马让赖朝逃跑，后来又降了赖朝成为亲信。儿子景季，从小就追随赖朝，成为体己的副官，守在赖朝的卧室，任他的护卫，那时景季精于骑射，是个俊秀的勇将，他在一之谷大战中，身上插了一枝梅花作战，博得倜傥风流的美名。景季几次和义经共同冲锋陷阵，年龄也相若，可以算得是投机的朋友，但是景时与义经之间，却有过很深的过节，平时两人意见总是不合，坛之浦一役，景时请当先锋，义经不肯，反而自己当了先锋，景时破口大骂，义经于是也火了起来，认为他不从军令，要处罚他，景时居然拔出剑说：我只知道有镰仓公！不知道有什么军令！从此景时对义经有了成见，不断地在赖朝面前说义经的坏话。
梶原景季奉命到京都走了一趟，回来报告说：义经病了，等了两天才见到他，是又瘦又憔悴。景时马上说：他那里会是病，两天里他不吃又不睡，出来见你时，自然又瘦又憔悴！赖朝这时已经下了决心，他对诸将说道：各位有哪一个替我去除掉九郎！九郎真岂有此理，他居然不告诉我就去当了五位尉，比我还先升殿，车服华丽奢侈得不得了，皇上赏赐的恩宠，应该谦辞才对呀，反而狂妄了起来，坛之浦战后，居然和太后同乘一船，又娶了俘虏的女儿当妻子，实在是太过份了，这样不知轻重的狂人，不能饶他！谁替我去除九郎！
由这番话里，很清楚地说明了赖朝恨义经的理由，只不过是妒他抢先得到皇室的恩典而已，他竟不顾手足之情，非要折磨九郎至死不可。他于是派了一位和尚去杀义经。本来是奈良寺里的僧兵名昌俊，他因事留在镰仓，很受赖朝优遇。他奉命到了京都，就住在义经左近的一所大邸宅里。义经听说有这么一个和尚来到，心知不妙，便把他请来，一看是熟人，于是问他此行有什么任务，和尚说要参拜奈良的七处大寺之后再来请安的，义经笑着说道：不是，不是，你是奉命来杀我的，不过我不能先下手，人家会说我胆怯，何况你是我哥哥的使者，得对你客气点。送客出去之后，义经的舞姬名唤静的，告诉义经，客人走时东张西望，尤其注意馬廄，恐怕他不怀好意。黄昏时分，静又来说路上人声嘈杂，灰尘大起，怕会有事，于是叫两个侍童去看看究竟，居然久久不回来，觉得奇怪，再叫丫头去看时，她吓得面如土色跑回来说不好了，那两个侍童被人杀死在邻宅的门前，门前有好多马匹和武装了的士兵！到了夜里，忽然喊声大震，一群马队直奔到义经住处，而义经家里这时只有七个人，静急忙替义经披上盔甲，他骑上马，开了大门直冲出去，叫道：今天还有谁敢来杀源义经的！这时昌俊和尚以及他的党羽六十多人散开，齐向他射来，义经的从士闻变都来救援，叔叔行家也及时赶到，昌俊不敌，终于败走。义经全身被射像个大刺猬，到法皇宫奏变，幸而甲胄都厚，他居然没有受伤。昌俊逃到鞍马山躲在庙里，恰好庙里山僧和义经有旧，将他捉牢，杀了。
此案发生后，双方抓破了脸，只有干到底了，义经和行家联名奏请讨伐赖朝，公卿们怕义经，大家唯唯诺诺，不敢表示主张，唯独内大臣藤原兼实以为不可，他说赖朝的行为，对朝廷没有什么违难之处，讨伐无名，并且以弟讨兄也为伦常所不许。但是法皇还是偏袒了义经，下了讨伐赖朝的诏旨。
赖朝这一面，早就由潜伏在义经家里的人，连夜赶到了镰仓报信，那天刚好长胜寿院落成，他行了礼回来，便大集诸将说：九郎杀了我的使臣，我也可以动手了。命令他的部属，明晨就出发，而部将里有五十多人请求就在当夜动程为先锋，赖朝说：好！希望我人还没有到前就斩了这两个家伙！
赖朝的行动很迅速，五天之后他亲自带了大队人马由镰仓西征，同时传檄各地军兵会集在他经过的地点。义经这一方面的动员，就很缓慢了，他赶不及地请法皇下诏出动关西的兵丁，法皇也依了他，但是官文书从古到今都一样，手续繁多，除了咬文嚼字之外，还要到处承转，义经、行家虽然在名义上发动了九国的武力，扰攘了个把月，还不见有一兵一卒，而这时赖朝的大军已经逼近了。
到了十一月三日义经与行家带了女婿及亲兵等二百余骑，只好偷偷往西跑了。在摄津河畔遇到了赖朝的部队，他们冲杀了过去，到了大物浦找到一条船，仓皇地上了去，预备到九州另打天下。不料解缆不久，便遇到台风遭逢海难，一行人中多数都不知下落，义经总算漂流在和泉浦爬上岸，已经筋疲力尽，幸而看到了一所庙宇，在那里寄宿了一夜，从此便到处飘零，像捉迷藏一样，躲躲藏藏，躲避赖朝所派的眼线。
这时赖朝率领的大军已经越过了富士山麓，进屯黄濑川了。听到义经逃离的消息，便班师回镰仓，命令他丈人北条时政进驻京都，名为卫戍，实际是监视法皇的行动，他对于法皇深为不满，因为法皇曾经对他下过讨伐令，于是他再三上表声诉，法皇这时没有办法只好认错，把一切罪名加到义经身上，对义经也下了讨伐令，赖朝还不满意，他又用了大江广元的献策，奏请朝廷，由他新设守护一职，分驻各地，以防止叛乱，另外再设地头，以管辖庄园及公领地，把全国的武力财政全部移转到他掌握之中，不但是对义经撒下了天罗地网，连皇室摄政都变成无事可做，专吃闲饭的一群了。
可怜义经被兄长逼得无路可走，无家可归，只能在暗中流浪，仗他往日人缘好，居然混过几年，到了文治二年的十月，搜捕越来越紧，不得已只好去投奔在陆奥的老友藤原秀衡了，他的爱妾静，同他共过甘苦共过患难，是当年白拍子歌舞的明星，难分难舍地只好分离，分手时他把一切财宝分了给她，并且派了五名贴身随从护卫她，送她到安全地方去，不料护卫摇身一变成为强盗，把金银财宝抢得一干二净，所谓的安全地方却是将她扔到冰天雪地的山谷里，总算她命大，被山僧救起，送到京都北条时政那里，再转送到镰仓。
义经本人带同他的部将弁庆化装为道士，由北陆道终于逃到了陆奥。
自从后三年之役后，藤原清衡以陆奥为中心，在东北地区拥有了六郡之地。土地肥腴，民风淳朴，产金砂，出骏马，清衡善于经营，也精于公共关系，和各方相处和睦，形成了一番和平富庶的局面。清衡以七十三岁的高龄逝世。传位给儿子基衡，再传给孙子秀衡，享有了八十余年的太平，在这八十余年间，他们祖孙三代建造了不少金碧辉煌的大寺院，陆奥的首都平泉繁华得几乎不亚于京都了。秀衡本来对义经就十分投缘，知道他是稀有的人才，前次他离开时，已极不舍，今番再来，更是喜不自胜，虽然义经此时是个被追讨的要犯，收容他将招来大祸，但是义薄云天，秀衡甘冒不韪了。经过多少苦难与白眼的义经，忽然受到了上宾的待遇，真如从十八层地狱中，直上三十三天了。满布侦骑的赖朝，很快知道义经去了陆奥，秀衡敢于收容他，当然大怒，不过一时不敢轻动，因为秀衡这时也是一方之雄，既强且富，又有了义经为辅，简直如虎添翼。偏偏赖朝时运亨通，义经在文治三年二月到达陆奥，同年的十月秀衡就突然逝世，在他病革时，吩咐他儿子泰衡将全区的武力交给义经，由他抗拒赖朝，可情泰衡天生懦弱，不但没有遵从亡父的遗命，并且由于受到赖朝不断的胁迫，认为义经是个祸源。法皇同时也接到了赖朝的表奏，劾责泰衡：泰衡庇反者，罪与反同，臣请奉王命伐之。泰衡闻悉之后，更是战栗不安，他为了自保，只有屈服。到了文治五年闰四月晦，泰衡遣兵龚衣川义经的行馆，义经的部将弁庆、经春等奋战而死，义经手刃了妻子后自杀。泰衡终于自坏了长城。
义经二十一岁和长兄赖朝相逢于黄濑川阵营中，发誓共兴源氏。此后五年间替赖朝打天下讨伐平家将，又五年被赖朝折磨、追讨、逃窜，以至于死。一代名将就这样结束了他三十一岁的生命。时为西历一一八九年。