早在珊瑚海战役开始前，旨在进攻中途岛的训练工作就已开始。现在，该战役已经结束，而训练工作仍在进行。一直关注着这一训练的南云痛心地看到人员的素质起了变化。任何懂行的观察家都看到，这种随随便便、马马虎虎的演习很难令人相信这就是为袭击珍珠港曾受过持久不懈的严格细致训练的海军航空兵部队。在许多方面，它确实是今不如昔了。
南云的四艘航空母舰中，只有被认为运气很好的坚强的老姑娘加贺号仍处于良好状态，可供飞机起降练习。其余三艘在海上活动数月后均需大修和补充。因此，五月初的演习一结束，南云就改加贺号为旗舰，直到五月中旬赤城号返回濑户内海。 【注：见《日本对中途岛海战的叙述》（英译本），第六页。以下称日本的叙述。 】
总的说来，那些感到对作战训练应负主要责任的人对训练计划是不满意的。这种情绪不无道理。虽然每个人都从自己的角度看问题，但一致认为训练效果不如人意。
在源田看来，时间太紧。他说：我们没有充足的时间训练飞行员。结果，训练不及珍珠港作战时那样充分。只有新近配备的彗星式舰载侦察机例外，它们虽然数量很少，但都受过以跟踪敌航空母舰为重点的专门训练。他承认并没有采取特别的训练措施。因为我相信迄今为止所运用的训练方法和作战程序在即将进行的中途岛战役中可以奏效。但是，鉴于珊瑚海战役的经验，鱼雷轰炸机投放鱼雷的高度被尽可能地降到了最低点。 【注：源田的陈述。 】
桥口看到了在中途岛战役前与袭击珍珠港前准备工作的明显不同：
袭击珍珠港之前，进攻训练极为充分。训练中使用了珍珠港的模型。结果，飞行员们对该岛的地形、各自的攻击目标、攻击路线、攻击方式等等都很熟悉。而中途岛战役开始前训练时间很短。而且很明显，当时的重点不是放在训练上，而是放在完成准备工作和补充上。
桥口还说，另一原因也许是舰载机飞行员早已受过了良好的训练。 【注：桥口的陈述。 】显然，由于六个月来接连不断地取得胜利，这些老飞行员对于中途岛战前的例行复习并不十分认真。
使南云担心的是：准备的时间太少，补充的新手太多。他在中途岛战役以后报告说，由于这些原因，除基本训练外，实际上没有人受过进一步训练。说实在的，人们不禁要问：南云这些哀伤的话有多少是对当时情况的准确诚实的回顾，又有多少是事后为开脱罪责的托词：
毫无经验的飞行员刚刚达到白天在航空母舰上降落的水平甚至一些较有经验的飞行员技术也荒疏了。没有机会进行联合训练，这样，联络部队、照明部队、攻击部队之间当然不可能协同动作，因此，夜间进攻取得满意效果的可能性近乎零。 【注：日本的叙述，第五页。 】
水平轰炸机的长机在岩国以战舰摄津号作为靶子进行演练，技术水平达到相当熟练的程度，但却没有机会参加编队轰炸练习。由于摄津号不能开到俯冲轰炸机的基地附近，因而俯冲轰炸机只能不断往返于基地与濑户内海西部之间，这样就浪费了宝贵的时间。而且，这些人员如果每天参加一次以上的俯冲轰炸练习，他们的基本训练就会受到严重干扰。他们的空战演习情况也不妙，仅仅进行了单机空战实弹射击和基本训练。较有经验的飞行员虽然参加了编队空战战术练习，但也只限于三机编队。 【注：同上，第五｜六页。 】
鱼雷机轰炸是日本的拿手好戏，在珍珠港曾立下赫赫战功。然而现在这方面的情况却最为糟糕。五月中旬进行了模拟攻击，由横须贺陆军航空队的军官担任裁判，结果并不令人乐观。事实上，这些演习的结果很令人失望，连一些裁判员都感慨地说，水平如此低劣的人员竟然能在珊瑚海战役中取得辉煌战果，简直不可思议。 【注：同上，第五页。 】
显然没有人告诉他们这些并不是参加珊瑚海战役的飞行员，他们的惊奇也没有使他们去探究珊瑚海上的战果是否确如宣扬的那么辉煌。从战役结束至五月底，日本淹没在一片自吹自擂之中。
五月十三日，《日本时报与广告报》真的大大地吹了一番。一篇未署名的文章乐观地宣告，大东亚战争开始以来（美国）海军的这些失败几乎排除了日美在太平洋再次进行大海战的可能性。美国海军的主力舰队正躺在太平洋底。美国有无能力再派舰队到太平洋来是大可怀疑的。
日本人就是这样笃定地设想着自己的优势。对于一支正在准备将来的一场大海战的海军来说，提倡这种态度是有害的。如果少吹一点，日本人也许会加紧修复翔鹤号，补充瑞鹤号，它们也许能赶上参加中途岛战役。即便是很瞧不起美国人的作战效能和战斗意志，日本人也应该记着中国的一句古老谚语：狮子搏兔，亦用全力。 【注：原为一、弗雷德‧塞托、罗杰‧皮努合着《日本驱逐舰舰长》，第一百零三页。以下称《驱逐舰舰长》。 】
然而，折磨着草鹿的是日本的一句俗话：一人追两兔，一只也捉不住。他担心在即将到来的战役中这句话会应验在肩负双重任务的第一航空舰队身上。他解释道：
联合舰队的计划给我们规定了两个目标：一是作为以攻占中途岛为主要目标的先头突击部队，二是当敌特混舰队出迎我军时将其歼灭。从整个作战计划考虑，应以前者为主。而且还应考虑到敌可能出动陆基飞机对我发动进攻我最担心这一点，因为这意味着第一航空舰队要同时追逐两只兔子。 【注：草鹿龙之介《联合舰队》，第七十三｜七十四页。以下称《联合舰队》。 】
但是在战前这一关键时期，草鹿没有向南云提出意见和建议。他正在东京鼓动高级将领同意像海军对袖珍潜艇人员那样，给在珍珠港阵亡的飞行员追加两级。对于源田、渊田和他们的飞行员来说，这个问题很棘手。使他们极为反感的是：那些作战勇敢、勇于牺牲、然而又可怜可悲、无甚建树的袖珍潜艇人员明显地受到了偏爱。这些船员确实心甘情愿地为国家、为天皇尽了忠，理应享受荣誉。但是，飞行员们何尝不是这样？而且，飞行员们没有白白牺牲，他们是完成了任务的。所以，第一航空舰队全体官兵一致要求给他们的英雄以同样待遇。但是，这一切都已过去。当前，源田和渊田倒是非常希望草鹿这位能够安定人心的将领在为下次战役操劳，而不是为过去的争论瞎忙。 【注：《中途岛海战》，第六｜八页。 】
南云在训练中遇到的问题继续迅速增加。加贺号从清晨到黄昏忙碌于飞机的起降训练，但即使这样，有经验的飞行员每人也只有一次机会进行黄昏降落。如果气候条件允许，他们每天都进行夜间飞行训练，但由于维修保障和时间有限，没有经验的飞行员只学了最基本的技术。总之，南云无法回避的事实是，由于需要进行人员补充和调动，各舰的战斗效能大大下降。 【注：日本的叙述，第六页。 】
作战保密也非无懈可击。草鹿说，与珍珠港作战时的情形相比，我们不能不感到对这次作战计划的保密问题缺乏细致的考虑。 【注：《联合舰队》，第七十五页。 】的确，该计划的抄件早已广泛散发，甚至发到了非参战部队。在锚地，联合舰队正在准备一次大的行动似乎已经成了公开的秘密。 【注：源田的陈述。 】
在海军军令部，气氛也是这样。在珍珠港作战时率领第六舰队（潜艇舰队）的清水光美海军中将于一九四二年二月哈尔西袭击马绍尔群岛时颈部为弹片所伤，此时已经康复，临时在军令部任职。他大约每隔一天到其挚友军令部次长伊藤整一海军中将的办公室小坐。在东京那里，他看到了中途岛战役的准备情况。他回忆说：中途岛战役开始前我就有些担心，因为在军令部和其他地方，人们过分公开地谈论这一战役，这与珍珠港作战前的情形差别太大，使我担心。 【注：对清水光美的采访，一九六五年一月十六日。 】
日本人当时就是这样自信，而所有这些考虑也只是事后回过头来看才显得重要。源田对这一战役的信心虽不及对珍珠港和印度洋战役那么足，但是并没有预感到灾难临头，只是朦朦胧胧地感到太受束缚，缺乏灵活性。机动部队的行动自由在时间上给限死了。他解释说，由于对中途岛发起攻击的日期已经确定，这就限定了机动部队发起攻击的时间及其进攻位置的选择。 【注：源田的陈述。 】
战前就感到或至少承认自己感到忧虑不安的只是极少数。三和是其中之一。他虽然对取胜未表现怀疑，但确实感到情况不妙，十分不安。五月十四日哀悼高桥之死这天，他在日记中写道，据报美海军正在改变其建造战舰的方针而转向建造航空母舰。可以说他们终于明白过来了，跟上了形势；但如果他们现在就全面转变，则他们比我们更先进。这是多么敏锐、实在的看法！
次日，日本侦察机报告，于南太平洋发现二艘美航空母舰并正确地判断出这是企业号和大黄蜂号。三和对哈尔西在那里干什么感到迷惑不解，写道：我们不能理解为何敌人这支舰队开到那里。敌人这种行动使我们感到其战术低劣。如果这时他们集中一支航空母舰部队从南面发动强攻，甚至可以轻而易举地摧毁我特鲁克基地。既然他们分散使用航空母舰，他们就将陷于绝境。 【注：三和日记，一九四二年五月十五｜十六日。 】美国人十分幸运：日本人只看到对方而没有看到自己违反了集中兵力这一作战原则。事实上，正如我们已看到的，哈尔西的二艘航空母舰已在返回珍珠港的途中。
五月十七日十七时，翔鹤号吃力地驶入吴港。三和写道，它的损伤程度虽不及想像的那么严重，但看来需要三个月才能修复。它遭到了近一百架敌机的攻击。遭受的损伤也只达到这个程度，必须承认它很幸运，或者可以说敌航空兵的技术相当差。 【注：同上，一九四二年五月十七日。 】
三和说翔鹤号运气好，真是一点也没有说错。该舰在进港前一天差点遭殃。深入日本领海的美潜艇之一海神号当时在四国以南发现了翔鹤号及其二艘护航驱逐舰，但潜艇的速度不及它们的快，没有追上。 【注：《珊瑚海海战、中途岛海战及潜艇作战》，第二百零二页。 】
三和大大缩小了翔鹤号的损伤情况。按渊田的说法，该航空母舰是太平洋战争开始以来进港维修损伤最重的舰只。 【注：《中途岛海战》，第一百零六页。 】然而从当时的情况看，三和认为美国人的射击术有待提高是有道理的。但是，美国人的绝大多数鱼雷未能中的是由于鱼雷质量太差，甚至有些鱼雷直接命中了目标而不爆炸；有的下沉过多，从敌舰下面滑过，根本未能损伤敌舰。对此，飞行员和潜艇人员都气得破口大骂。 【注：《珊瑚海海战、中途岛海战及潜艇作战》，第一百八十八、二百零二页。 】
不过，对美潜艇的战绩不可过于鄙视，情况很快就有了改观。在翔鹤号进港的当天，五月十七日，海神号艇长查尔斯‧Ｃ‧柯克帕特里克海军少校因未能追上日本那艘航空母舰而十分懊悔的心情得到了一些安慰。他的潜艇在九州外的水下潜行时，发现日潜水艇伊｜一六四号在水面上行驶。仔细瞄准对方驾驶指挥塔上漆着的旗子，柯克帕特里克开了火，仅用一枚鱼雷就炸掉了这艘毫无戒备的潜艇，把一大块舰身炸上了天。 【注：同上。 】因为伊｜一六四号归属第五潜艇战队，根据中途岛战役计划，该战队是组成日潜艇警戒线的重要部分，可以认为这一仗是中途岛战役中流的第一滴血。
已经取代负伤的清水担任第六舰队司令的小松海军中将为完成山本赋予的极为重要的任务侦察美舰队的活动情况，需要使用能调集的所有潜艇。在位于马绍尔群岛的瓜佳林岛的老式训练用巡洋舰香取号上，他已派遣以宫崎武春海军大佐为司令的、由伊｜一二一号、伊｜一二二号、伊｜一二三号潜艇组成的第十三潜艇分队悄悄通过太平洋驶抵夏威夷西北约五百海里处的弗伦奇｜弗里格特环礁。我们早已交待过，它们将在那里待命并为两架川西二式远程水上飞机加油。 【注：《中途岛海战》，第二百五十九页；中途岛海战分析，第二十六页。 】
五月十七日，日本人的注意力也集中到受了损伤的翔鹤号上，因为山本、宇垣及其他参谋们正在上面视察。与三和一样，宇垣也表示翔鹤号未受更大损失得归功于它的好运气。宇垣在日记中说，悼念了近一百名阵亡海军人员，其中四十名是机组人员。探望了伤员。对烧伤人员表示了慰问。 【注：宇垣缠海军中将日记，一九四二年五月十七日。以下称宇垣日记。 】
三和随同参加视察后，用简洁的语言在日记中写道：这是很好的作战经验。高桥少佐及其他四十名人员的阵亡可谓重大牺牲，但是可以告慰他们的是：他们的牺牲换来了击沉二艘敌航空母舰的辉煌战果。 【注：三和日记，一九四二年五月十八日。 】
在评价这天的演习结束时，南云可没有那么豁达。他的飞行员对第八巡洋舰战队进行了对抗演习。该战队虽然行驶速度相当快，达到三十节，但为了让对方好打一些，故意只转了四十五度的弯，然而飞行员的成绩仍然糟糕得很，南云说，水深只有四十｜五十米，但约有三分之一的鱼雷没有击中目标。 【注：日本的叙述，第五页。 】
视察翔鹤号后，宇垣与军令部第一课（人事课）课长中濑海军少将就对珍珠港作战中的阵亡人员追加两级这一棘手问题进行了讨论。
是否实行按第一航空舰队请求的对所有阵亡人员追加两级的制度， 或者对谁都不追加，这对海军内外都会产生很大的影响。我们达成了协议，决定按以前规定对选定的少数人员实行此项制度。 【注：宇垣日记，一九四二年五月十七日。 】
宇垣对这天的决定作了上述归纳。显然，他担心这次开了先例，以后会极难对付。在大规模的战争中，不可能对所有阵亡人员追加两级，否则就抹去了各种荣誉的区别。另一方面，海军已经给予袖珍潜艇人员这种奖赏，如果撤回，会使整个帝国感到愤慨。唯一不伤海军面子的办法是好言劝说第一航空舰队同意只对经挑选的少数人追加两级。
据宇垣说，山本非正式地同意了此项决定，并命令第一航空舰队向海军省提交他们认为需享受这种追加的人员名单。 【注：宇垣日记，一九四二年五月十七日。 】山本和宇垣本该知道草鹿办事很公正，不会在他光荣阵亡的官兵中挑来拣去。五月十九日下午一点，当大和号停泊在柱岛时，南云和草鹿来到舰上。草鹿再次与山本讨论了这个问题，但结果仍然是坚持既定方针，宇垣说。问题就这样搁置了起来。 【注：同上，一九四二年五月十九日。 】
海军内部这场小小口角若不是暗示着令人十分的不安，本不值一提。随即授予潜艇人员以荣誉，相对地却忽视了飞行人员，这一情况清楚地表明联合舰队仍然没有把飞行员完全看作是海上兄弟。
同一天，三和与黑岛就第二战舰战队问题争论起来。三和倾向于将它从联合舰队调出，用于训练，而黑岛坚持它应参加中途岛战役。三和心神不宁，一直担心美太平洋舰队会出乎他们的预料，根本不出现。这样的话，对他来说，这次大规模突然袭击的主要目的就达不到了。 【注：三和日记，一九四二年五月十九日。 】
然而，五月二十日，山本向舰队所有作战部队下达了正式命令：按演习时的规定参加战斗。命令中包括了对中途岛、夏威夷和阿留申群岛敌方实力的估计：阿留申群岛不屑一提，因为除荷兰港外，那里没有美军的重要设施和兵力。日本人推断：日军对中途岛发起进攻后，美军在夏威夷一带可能出动下述部队：二｜三艘航空母舰、二｜三艘特种航空母舰、二艘战舰、四｜五艘Ａ型巡洋舰、三｜四艘Ｂ型巡洋舰、四艘轻巡洋舰，约三十艘驱逐舰以及二十五艘潜艇。 【注：日本的叙述，第二页；《中途岛海战》，第一百零八｜一百零九页。 】
截止五月二十日，日本人对大型航空母舰、各类巡洋舰、驱逐舰和潜艇的估计均准确无误。但是，美国人在中太平洋没有特种航空母舰，没有战舰；而且到参加会战时，只有八艘巡洋舰和十四艘驱逐舰还留在中途岛一带，其余各舰均已派往阿留申群岛。 【注：中途岛海战分析，第十三页。 】
日本人估计美航空母舰为二｜三艘是基于下述可能性：报导说已经沉在珊瑚海海底的航空母舰中也许有一艘只受损伤，大黄蜂号其下落何在对日本人仍是个难解的谜也许就在太平洋上。这一估计还考虑到在夏威夷一带可能有美军飞机，一旦出现紧急情况，它们可立即被派往中途岛。他们估计这支空中力量为：约有六十架水上飞机、一百架轰炸机、二百架战斗机。这一估计虽不绝对准确，但与事实也相差无几。 【注：日本的叙述，第二｜三页；中途岛海战分析，第十三页。 】
根据山本收到的最佳情报，中途岛守军有二个中队的水上飞机，即二十四架；有一个中队（十二架）的陆军轰炸机；一个中队的战斗机，即二十架。根据情报部门的报告，这支力量在紧急时实力可以增加一倍。此外，中途岛方面已派飞机在其以西六百海里范围内日夜巡逻，而且至少有三架战斗机一直在环礁上空巡逻；空中巡逻还得到水面舰只和数艘潜艇的支援。报告还指出岛上除装有高射机枪外，还装有大批各种型号的水平及高射大口径火炮。海军陆战队已经上岛。总之，该岛防御力量很强。所有这些情报都相当准确。 【注：日本的叙述，第二｜三页，中途岛海战分析，第十四页。 】
这些估计进一步表明：必须在派出登陆部队之前，进行一次或两次大规模强有力的空袭，以摧毁中途岛上所有防御设施。在某种程度上可以说，随着对即将开始的战役的计划、训练和各种准备工作的展开，山本及其部队对这两个小岛越来越着迷了。