联合舰队和第一航空舰队幕僚们的讨论还在进行，近藤信竹海军中将率领他的第二舰队返回了濑户内海。前几天，他一直率领众战舰在日本附近的洋面上游弋，寻找起飞杜利特尔轰炸机群的航空母舰，结果一无所获。五月一日，近藤登上大和号参加中途岛作战的预备演习，他当即对即将进行的中途岛计划表示怀疑，他向山本指出，美航空母舰部队受创甚微，而且中途岛守军可以使用陆基航空兵，但日军不能。有鉴于此，他希望不打中途岛，而集中力量切断美国和澳大利亚之间的各条运输线。
可是，山本拒绝更改中途岛战役计划。他对近藤说，只要能够做到出其不意，就没有理由认为日本不能再次取胜。对此，近藤摆出了一个难题：即使中途岛拿得下，守得住，可联合舰队准备如何保障其供应？宇垣作了十分蹩脚的回答：如果真的无法保障后勤，完全可以在摧毁尚存的一切以后撤出。 【注：《中途岛海战》，第九十三｜九十四页。 】总之，联合舰队的幕僚们没有进一步考虑到实际存在的，而且又是至关重要的后勤问题。
近藤的建议没有被采纳。当天就开始图上演习。整个一九四二年暮春和夏季的作战将分四个阶段进行，进攻中途岛只不过是整个行动的起点：
第一阶段：联合舰队主力部队将攻占中途岛：一支机动部队将攻占阿留申群岛西部。此举诱出美太平洋舰队后，日军随即对其实施决定性打击。使其在以后几个月内不能成为一支主力。
第二阶段：完成中途岛｜阿留申群岛作战任务后，大部分战舰将返回本土待命，其余参加中途岛作战的部队在特鲁克集结，准备七月初进攻新喀里多尼亚和斐济群岛。
第三阶段：南云的航空母舰部队将空袭雪梨和澳大利亚东南部其他要地。
第四阶段：南云舰队与新喀里多尼亚｜斐济参战部队在特鲁克会合，补充给养。八月初，联合舰队将以全部兵力攻打约翰斯顿岛和夏威夷。 【注：《中途岛海战》，第九十五页。 】
庞大的图上演习由宇垣主持，自始至终，他一直不切实际地盲目乐观，态度强硬。他深信根本不会存在日本人不能完全控制的局势。因此，他不允许出现任何可能严重影响演习顺利达到预期结论的情况，他毫无顾忌地对其他演习裁判作出的不利裁决予以否定。 【注：同上，第九十六页。 】
山本已经调集二百余艘舰船参加这一大规模战役，并确定六月七日为Ｎ日【译者注：Ｎ日即进攻日，相当于美军的Ｄ日。 】。选择这一天进攻可以使南云和近藤两支舰队有充足的时间进行彻底检修，同时，这一天又是在未来一个多月时间里利用满月进行夜战的最后机会。 【注：《中途岛海战》，第七十九页和八十四页。 】按照计划，Ｎ日前五天即六月二日，小松辉久海军中将的先遣潜艇部队将在中途岛以东设置由三个部分组成的警戒线，以便侦察敌舰队活动情况。第三潜艇战队（伊｜一六八、伊｜一六九、伊｜一七一、伊｜一七四、伊｜一七五）将部署在北纬十九度三十分｜二十三度三十分、西经一六七度一线；第五潜艇战队（伊｜一五六、伊｜一五七、伊｜一五十八、伊｜一五九、伊｜一六二、伊｜一六五、伊｜一六六）将部署在北纬二十九度三十分、西经一百六十四度三十分至北纬二十六度十分、西经一百六十七度一线，最后，第十三潜艇分队（伊｜一二一、伊｜一二二、伊｜一二三）将作为补给队，向利相斯基岛和弗伦奇｜弗里盖特环礁运送汽油和柴油。 【注：同上，第八十九页；对渡边的采访，一九六四年九月二十六日。 】
按照海军军令部三代的计划，这些潜艇还负责为两架各重三十一吨、飞行距离为四千海里的川西二式水上飞机加油的任务。这两架飞机将从沃特杰环礁起飞，在弗伦奇｜弗里格特环礁接受潜艇加油，并对敌兵力及活动进行侦察。因为日本战前在欧胡岛建立的出色的谍报机构已经痛失。在三月四日，已有两架这种水上飞机飞抵珍珠港上空作摹拟投弹练习并投了几颗炸弹，但完全是为了吓唬对方。 【注：同上，第八十八页；巴德对三代的采访，一九六六年五月六日。 】
尽管水下先遣任务极为重要，但潜艇部队司令小松没有亲自参加演习。不过，他的全体参谋都参加了。在中途岛作战计划的正式命令中只字未提潜艇搜索任务。这类作战命令中的潜艇部分通常是由山本的潜艇参谋有马高泰海军中佐负责起草的，但出于某种原因，黑岛告诉他不必这样做。 【注：对渡边的采访，一九六四年九月二十六日和十月六日。 】
就位的下一支部队是细萱戍四郎海军中将的北方部队。他们将于Ｎ日前三天即六月四日进攻阿留申群岛。这支舰队大得令人生畏。它辖有三艘重型巡洋舰、三艘轻型巡洋舰、一艘辅助巡洋舰、十二艘驱逐舰、三艘扫雷舰、一艘布雷舰、三艘共载一千二百人的陆军登陆队和一千二百五十人的海军登陆队的运输舰，还有二艘航空母舰载有十六架战斗机和二十一架鱼雷轰炸机的龙骧号和搭载二十四架战斗机和二十一架俯冲轰炸机的隼鹰号。 【注：《中途岛海战》，第八十九｜八十三页。 】
主攻方向是中途岛。南云的第一航空母舰突击部队将于Ｎ日前二天（六月五日）从中途岛东北约二百五十海里处开始行动。任务是：清除攻击范围内所有敌水面及空中部队，摧毁中途岛海岸设施。按原计划，南云将率领袭击珍珠港时的六艘航空母舰，但由于翔鹤号和瑞鹤号仍在南太平洋作战，能否赶回来还不知道，但他能指望赤城号、加贺号、飞龙号和苍龙号四艘航空母舰投入中途岛作战。赤城号和加贺号共载四十二架战斗机、四十二架俯冲轰炸机、五十一架鱼雷轰炸机。苍龙号和飞龙号也有同样数目的战斗机和俯冲轰炸机，还有四十二架鱼雷轰炸机。南云的支援舰只有战舰榛名号和雾岛号、重巡洋舰利根号和筑摩号、轻巡洋舰长良号，还有十一艘驱逐舰。 【注：同上，第八十｜八十一、八十五，一百零六页。 】
该计划要求由水上飞机母舰千岁号和神川丸号、一艘驱逐舰和一艘巡逻艇组成的藤田类太郎海军少将的水上飞机母舰部队于次日攻占中途岛西北约六十海里的库雷岛。这样，二十四架舰载战斗机和八架侦察机将以库雷岛为基地支援主力登陆。
根据演习中的计划，从塞班岛出发的由十二艘运输船和三艘快速运输舰组成的田中赖三海军少将的输送船团将于同日（六月六日）与从本土向东稍偏南运动的近藤的中途岛攻击部队主力相会合。 【注：《中途岛海战》，第八十六｜八十六页。 】为使美国人误以为日军主力来自南方，田中的船队须在此时故意让敌方发现。 【注：对渡边的采访，一九六四年九月二十六日。 】这就需要精确地计算时间：攻击部队既要被敌人发现，又不能过早暴露。
Ｎ日凌晨，田中将使搭载的拥有五千人的部队登陆，同时从关岛开来的栗田健男海军中将的重巡洋舰熊野号、三隈号，铃谷号、最上号以及二艘驱逐舰实施近距离支援。近藤的主力战舰金刚号、比睿号，重巡洋舰爱宕号、鸟海号、妙高号、羽黑号，轻巡洋舰由良号，八艘驱逐舰，以及载有十二架战斗机和十二架鱼雷轰炸机的小型航空母舰瑞凤号将留在中途岛西南稍偏南处掩护侧翼。 【注：《中途岛海战》，第八十一｜八十二、八十六页。 】
山本的主力将如何动作？由战舰日向号、伊势号、扶桑号、山城号，二艘轻巡洋舰及十二艘驱逐舰组成的高须四郎海军中将指挥的警戒部队将按计划为进攻阿留申群岛提供警戒。山本将在大和号上，该舰由战舰长门号和陆奥号护卫。轻巡洋舰川内号、九艘驱逐舰、携带八架轰炸机的小型航空母舰凤翔号、携带水面作战时用以骚扰美舰的袖珍潜艇的水上飞机母舰千代田号和日进号，均作为支援部队。 【注：同上，第八十、八十五页。 】
这样，山本的指挥位置将在中途岛西北六百海里处，远离潜在的战场。高须的警戒部队在山本以北五百海里处。作为整个作战尖兵的南云部队将在山本以东三百海里处。最后，这时已经从阿拉斯加海域返回的角田觉治海军少将的第二航空母舰攻击部队将位于警戒部队以东三百海里处。 【注：《中途岛海战》，第八十六页。 】
如果一切按照计划进行，这支庞大的舰队将分散在中太平洋北部一千海里的水面上。每支部队都将等待着Ｎ日后的某个时候美国太平洋舰队出现在水天线上。
虽然兵力很分散，但如出现不测，仍可合兵一处集中对敌。不过，并没有人真正相信会出现这种情况。几乎所有的人都认为胜利在握，渡边说，美国舰队的大部在大西洋。据此，我们相信在太平洋上日本海军居于优势。如果指挥得当，不可能不取胜。 【注：对波边的采访，一九六四年九月二十六日。 】这本身就有个很大的如果问题，而且，不用说，这个计划是建立在美国人的行动都不出日本人所料的基础之上。
飞行员们痛心地看到，联合舰队将不按照山口在四月下旬的会议上提出的方法进行改编。 【注：《中途岛海战》，第九十九页。 】主力这个称号意味深长。尽管山本侈谈要坚持进攻原则，要发挥海军航空兵的威力，但他仍然也许是下意识地视战舰为舰队的皇后。万一美国人提前出现，南云的航空母舰则将承受全部正面压力，而这时这些战舰又在哪儿呢？山本将在南云西面三百海里，高须将在南云北面近一千海里。如果真的出现紧急情况，即使本领再大也无济于事，还不如留在柱岛节省些燃料算了。而南云所需的警戒和保障还得靠南云自己来解决。他的二艘战舰、二艘重巡洋舰、一艘轻巡洋舰并不能为四艘也许是六艘航空母舰提供有效的掩护。
然而，几个月来在南方海域战事中晒黑了皮肤、养壮了身体的第一航空舰队的军官们十分自信。对于上述顾虑他们由于性格不同而反应各异：有的恼怒，有的厌恶，有的扫兴，有的嘲笑逗趣。但就是没有人警觉，没有人预感到将灾难临头。他们感到单凭自己的力量也完全可以取得中途岛作战的胜利。
在这些复杂的图上演习的过程中，一些作战指挥官注意到联合舰队的幕僚们严重低估了敌方能力，而且，一旦出现重大困难，宇垣总是任意地将其颠倒为对日方有利的条件。但是，他们谁也不想提反对意见，免得宇垣大发雷霆。他们都认为提了也不管用。联合舰队司令部的幕僚们和战术指挥官们都争先恐后地表达自己的信心。 【注：《中途岛海战》，第九十六页。 】
在图上演习中，有一次，宇垣和黑岛都提出问题：当第一航空舰队的战斗机全部出动为进攻中途岛的轰炸机护航时，他们打算怎样保护航空母舰使之不受敌轰炸机的攻击，大家不约而同地看着源田而不是南云，等着他作答。 【注：对渡边的采访，一九六四年九月二十六日。 】
自战争开始以来，每次只要是源田发牌，南云总是牌运亨通，但是他却从不要求摊牌。南云深信自己已经握有象征幸福的蓝鸟，也就越来越依靠这位才华横溢的航空参谋。而且，其他参谋对他（源田）有某种敬畏。心直口快的人公开地把这支机动部队叫作源田的舰队。 【注：牧岛贞一：悲剧性的中途岛海战。以下称悲剧之战。 】
才能不及源田的人会陶醉于这种不加质疑的全盘接受。但源田是个优秀的军官，对这种情形他感到不自在，有时感到十分可怕。原因之一是，南云具有多年宝贵的实践经验，但他却不提出敏锐的问题，不发表有益的怀疑意见，这样，源田就没有机会对自己的想法进行琢磨、澄清。这就像试图在薄绸上而不是在皮带上磨剃刀一样。更重要的是，南云的态度表明他并不在认真思考，并不真正在吸取海军航空部队的理论和实践经验，他只是盲目地相信源田的工作。源田和南云一样充满了自信，但他很清楚谁都会犯错误。当想到自己的不成熟的建议可能会影响到国家的前途时，不禁起了一身鸡皮疙瘩。 【注：《中途岛海战》，第一百一十七｜十一页。 】
这次，听到宇垣和黑岛的谈话，注意到大家都眼巴巴地看着他，源田陶醉于胜利之中，一时忘了谨慎二字，干脆回答说：铁袖一触！ 【注：对渡边的采访，一九六四年九月二十六日。 】他不是在故弄玄虚，他说的是一句日本诗，用现在美国人的话来说就是：我们要把他们打垮！
宇垣早已感到第一舰队的年轻军官们妄自尊大。他听到源田的回答后，提醒南云：必须考虑到敌人有突围的可能性。然而，宇垣随即抵消了这一告诫可能产生的好作用。在图上演习时，出现了宇垣担心的局面：在南云的战斗机全部飞离航空母舰前往攻打中途岛后，美国部队突破防线轰炸了南云的航空母舰。这时图上演习的裁判奥宫正武海军少佐裁决说，敌机九颗炸弹中的，击沉赤城号和加贺号。可是宇垣不容许下级这样犯上。他立即宣布奥宫的裁决无效，说敌机只有三颗炸弹中的，击沉了加贺号，轻伤了赤城号。此后，在进行第二阶段图上演习时，他满不在乎地让加贺号从海底复活，参加进攻新喀里多尼亚和斐济的战斗。 【注：《中途岛海战》，第九十六｜九十七页；类似的骗局在袭击珍珠港的演习中也曾出现，见《黎明，我们还在酣睡》，第二十八｜二十九章。 】
除此之外，在图上演习中，美国舰队并未出动进行决战，虽然实际上存在着这种可能性。统率假想敌的是松田海军大佐。源田后来回顾此事时认为：松田在图上演习时的指挥（没有美军的特点）可能使我们对美军的作战思想产生了错误的印象。 【注：源田和草鹿的陈述。 】
在关于中途岛的图上演习结束之前，山本指示南云尽最大努力对美太平洋舰队，特别是美航空母舰进行侦察，并作好准备用鱼雷进行反击。因此，他要求南云部队的攻击机必须有一半挂带鱼雷。
山本的航空参谋佐佐彰木海军大佐负责起草联合舰队给第一航空舰队的命令。但是黑岛口头通知他不必将山本关于鱼雷轰炸机的指示写进命令。 【注：对渡边的采访，一九六四年十月六日。 】负责校勘佐佐彰木起草的所有命令并与他商讨命令内容的渡边事后并未给自己和黑岛找借口。不过，人们一眼就可以看出黑岛的做法是很有道理的。南云及其幕僚已经亲耳听到了这一指示，尤其是，日本的训练和实战经验都已清楚地表明山本关于鱼雷轰炸机比例的指示是正确的，所以根本没有必要把每个战术细节都写进命令中去。
所以是黑岛和渡边两人协同起草了联合舰队的命令。命令中没有明确提到关于潜艇搜索和第一舰队鱼雷机进攻的问题。后来渡边回忆这段历史时坚持认为：这是我们的错误。 【注：同上。 】然而，后来证明，潜艇问题不是个命令是否明确的问题，而是个时机问题。人们有理由认为在计划的行动开始前整整一个月就束缚住战术指挥官的手脚，这种做法并不是指挥战争的最明智的办法。
源田十分担心部队部署太分散，这样海军可能会看不见目标，会违反集中兵力的军事原则。在图上演习结束后的讲评会上，他就此问题与黑岛进行了争论。源田断言：作战计划的重点应该是消灭美国的舰队。为此，用于进攻阿留申群岛的部队应该也部署在中途岛方向，所有可以使用的兵力都应该用于中途岛，甚至等到第五舰队来后再一起行动。
联合舰队司令长官不能眼看着首都受到袭扰，黑岛回答说他暗指杜利特尔的空袭，机动部队的首要任务是支援攻占中途岛。
原来是这样！源田明白了。在联合舰队的幕僚们看来，中途岛是第一位的目标，美国舰队是第二位的。源田思量；自己的意思已经说了，硬拿自己的脑袋去撞南墙没有用处。 【注：源田的陈述。 】
大和号上召开的会议于五月四日结束。会后，袭击珍珠港时带领鱼雷轰炸机的村田重治海军少佐大声说：什么鬼行动！简直是胡闹！大和号和其他战舰在我们机动部队后面三百海里，那些大炮在我们航空母舰部队屁股后头能他妈的顶什么用！
渊田也说，要是他娘的那些战舰在我们面前，那些大炮还能派上点用场，而且还能有助于机动部队的行动。可是现在情况不是这样。我不禁要问他们究竟想不想打仗。
听到他们的对话，当赤城号还在南太平洋时就已上舰的摄影师牧岛贞一认为即将到来的战役里有某种严重缺陷。
我们的司令长官根本不中用，他只是个鱼雷手，村田嘟哝着说。
也许，领航员三浦毅四郎海军中佐耸耸肩，可我们还是会打赢的。
村田的好脾气恢复了，他咧嘴一笑：这回没那么好玩了，敌人可能不会出来。他像往常那样顽皮，对牧岛说要带他坐鱼雷机兜一圈。 【注：悲剧之战。 】
看到这种无忧无虑的自信的样子，人们真想知道要是日本人得知尼米兹这时掌握的情况这么多的话，其态度和计划是否会变化，变化会有多大。尼米兹将军并没有像莱顿和罗奇福特那样匆匆忙忙地全部相信报告的情况。也许这全是敌人设下的圈套，是日本情报部门故意泄露的假情报？我得好好想想，他说，不过我相信我知道的是实情。 【注：对尼米兹的采访，一九六四年九月四日。 】尼米兹主意既定，就不再浪费时间去怀疑和犹豫了。五月二日，当山本、南云及他们的参谋们还在大和号上考虑计划时，尼米兹飞到了中途岛。他在那里与海军陆战队第六营营长哈罗德‧Ｄ‧香农中校和中途岛海军航空站站长西里尔‧Ｔ‧赛马德中校一起呆了一整天。这个环礁上的两个岛沙岛和东岛可以自给，可是水上飞机机库在沙岛，其他飞行设施却在东岛。当时尼米兹并没有向他们吐露秘密，只是询问香农，要抵住日军大规模的水陆进攻，前哨基地需要些什么。 【注：美海军陆战队罗伯特‧Ｃ‧麦格拉申中校一九四七年八月十二日给新闻处处长的信。以下称麦格拉申的信。 】
回到司令部，尼米兹个人写了封信给中途岛的两位指挥官。他称赞他们在中途岛的出色工作，通知他们已分别被临时提升【译者注：指战地指挥官临时提升军官，使其具有所需之权力。 】为海军陆战队上校和海军上校。接着，他说日本人准备全力进攻中途岛，进攻时间据战斗情报局估计很可能在五月二十八日。他概述了敌军可能采用的战略和可能投入的兵力，并许诺将尽力援助他们。香农和赛马德读信后非常吃惊。这是可想而知的。但是他俩都没有惊慌失措。中途岛早已处于戒备状态，每天凌晨都有巡逻飞机在西部上空警戒，海军陆战队员们随时都携着步枪，戴着钢盔，就是吃饭，游泳时也不例外。 【注：麦格拉申的信见美海军陆战队中校罗伯特‧Ｄ‧海纳尔的《中途岛海战中的海军陆战队》，第二十三页。 】
但是美国方面并不是所有的人都同意尼米兹对形势的估计。上层的许多人不大愿意相信日军的真正目标不是欧胡岛，也不是美国西海岸。 【注：塞缪尔‧埃利奥特‧莫里森的《珊瑚海海战、中途岛海战及潜艇作战，一九四二年五月｜九月》，第八十页。以下称《珊瑚海海战、中途岛海战及潜艇作战》。 】夏威夷司令部兼夏威夷属地军人州长迪洛斯‧Ｃ‧埃蒙斯陆军中将就担心日本人会首先进攻欧胡岛，这毫不奇怪。大约在尼米兹到欧胡岛就任新职的同时，埃蒙斯接替了沃尔特‧Ｃ‧肖特中将。总的说来，他给人的印象是严肃可畏，但想讨人欢心时，他也会显得迷人可亲。 【注：对詹姆斯‧Ａ‧莫利森陆军准将的采访，一九六六年十二月十九日。以下称莫利森。 】与尼米兹打交道时，他总是选用后一种态度，因为他们都忠于军种间协作一致的原则。他俩从一开始就相处得很好。在日本人的威胁之下，埃蒙斯几乎每天都到太平洋舰队司令部与尼米兹共商军机大事。 【注：对尼米兹的采访，一九六四年九月四日。 】他当过飞行员，懂得空战的威力，也知道它的局限性。
五月三日（星期天）上午，埃蒙斯在檀香山体育馆对大约五千名民防队员和观众说：由于我们这个群岛的战略地位和重要性，敌人很可能来再次轰炸，大规模地轰炸。这里的平民必须和军人一起战斗。
我们绝不能自鸣得意，或认为我们不会受到攻击，他告诫说。我们的守备部队是训练有素的，他们时时刻刻保持着警惕，他们将给来犯之敌以打击。但是，期望我们不会遭受损失是不切实际的。 【注：《檀香山广告报》，一九四二年五月四日。 】
由于珍珠港事件的教训，埃蒙斯要是没有首先考虑到他的防区面临的直接危险，那就太愚蠢了。但是这一次，欧胡岛并没有遭到直接危险。一九四二年五月五日，海军军令部总长永野修身大将在给山本的指示中说：联合舰队司令长官将与陆军协同攻打并占领阿留申群岛西部的战略要点和中途岛。 【注：《珊瑚海海战、中途岛海战及潜艇作战》，第七十五页。 】山本对军令部总是言听计从只要他事先就确知这些命令与他本人的愿望完全一致。