三月二十八日，黑岛召集他的参谋们开始认真研究中途岛作战方案。 【注：对渡边的采访，一九六四年九月二十五日和一九六五年一月七日。 】但不久，他们就遇到了一个需要解决的手续问题。联合舰队是帝国海军的三大部分之一，另外两个是海军省和海军军令部。三者的职责大体上分别为作战、内务管理和计划。制定作战计划是军令部计划课的专门职责。该课课长由富冈定俊海军大佐担任，他聪明，头脑冷静，手下全是年轻有为的军官。
这时，军令部设想美国反击日本可能采用的进攻路线有三条：阿留申群岛、马绍尔群岛和澳大利亚。军令部认为最后一条路线对日威胁最大。 【注：巴德对富冈的采访，一九六六年五月六日。 】因此，富冈的计划课赞成攻击萨摩亚和斐济群岛，相信此举可诱出美国舰队来保护它与澳大利亚之间的交通线。但是，山本不同意这种设想，派出两名代表前往东京与富冈及其参谋们争个明白。
凡是了解山本的人都会估计到他的特使一定是黑岛和渡边。他们两人对山本极端忠诚，都愿拼死实现山本的每一项计划。
首席参谋黑岛饭量、酒量都大得惊人，看起来仍然像埃尔‧格列柯【译者注：埃尔‧格列柯（Ｅｌ Ｇｒｅｃｏ）：文艺复兴时期西班牙画家。 】笔下大斋期的修道士。黑岛这个人与众不同，在这样一个厌恶、怀疑不随大流者的国度和时代，他简直是一个怪人。他头皮紧绷，脑子虽有些古怪曲折，但却十分好使。山本对他甚是器重。
渡边是联合舰队参谋班子里黑岛最好的朋友，他也深得山本的宠爱。他高高的个子，瘦骨嶙峋，长方脸，牙齿大而洁白，笑起来十分温和。渡边是个出色的计划参谋，同时又心地善良，单纯朴实。 【注：这些描写出于本文作者与渡边、黑岛的长期的友谊。 】
四月二｜五日，在一系列会议上，他们两人或一块儿或单独地起劲而雄辩地阐述了山本的看法。他们说，首先，斐济和萨摩亚距离美国本土太远，即使失守，激起的舆论反应也不大可能强到足以诱出美太平洋舰队。其次，日本制造的军舰的快速度是以牺牲续航距离为代价的，到那么远的地方去作战不大现实。第三，美国的海军航空兵实力仍很强大。 【注：对渡边的采访，一九六四年九月二十五日；对黑岛的采访，一九六四年十一月二十八日。 】
要在这场辩论中取胜绝不是轻而易举的事。联合舰队的代表遭到了各级不同程度的反对。富冈的顶头上司军令部第一部部长福留繁海军中将不喜欢中途岛战役计划，但没有表示坚决反对。而富冈本人非常反对。他说，中途岛难以补给供应，而且会经常受到美远程飞机的袭击。这块环礁对日本没有战略价值。此外，富冈还提出美国是否会觉得不值得派舰队来冒险。 【注：巴德对富冈的采访，一九六六年五月六日。 】
两位代表说中途岛可以作为进攻夏威夷群岛的中途站。但富冈及其航空方面的专家三代辰吉海军中佐根本不听。他们说，日本没有这种大规模行动所需的部队和舰只，即使有，中途岛这区区弹丸之地也难以容下。 【注：同上；巴德对三代辰吉的采访，一九六六年五月六日。 】
三代是最强烈反对中途岛计划的。他主张攻打新喀里多尼亚，以切断同盟国的交通线，迫敌于靠近日本基地而远离美国的海区进行决战。作为富冈计划课里唯一的飞行员，他从技术角度摆出了种种反对中途岛计划的理由：山本想在那里建立的空中巡逻不可能覆盖中途岛至阿留申群岛的整个区域，情况紧急时。虽能飞出七百五十海里，但五百海里更实际些。即便是飞出六百海里，飞机也只能在这个限度内停留很短时间。这种情况，再碰上恶劣的气候，就意味着美舰可能会躲过我方侦察。他说，建立这种巡逻基地简直是胡来。他指出，这一方案在纸上看起来挺好，但这样的基地很难防守，极易受到敌潜艇炮火和Ｂ｜１７轰炸机的攻击。
最后，渡边打电话向联合舰队司令部作了报告。渡边返回富冈的办公室后，把司令部的答覆告诉了与会者：山本已经声明，如果他的计划不被采纳，他可能辞职。考虑到山本的地位和威望，军令部只好十分勉强地撤销了反对意见。讨论珍珠港作战计划时的情况重演了山本僭取了本不属于他的职责，并以如不如愿就辞职相威胁，于是军令部只好屈从了他那客客气气的讹诈。 【注：详见《黎明，我们还在酣睡》，第三十七章。 】
三代十分伤心，掉了眼泪。福留繁开导他，要他降低反对的调子，指示他研究联合舰队的计划并对就该计划须作出的兵力调整提出建议。 【注：巴德对三代的采访，一九六六年五月六日，奥宫正武在一九五○年五月三日及四日的《日本时报》上发表了一篇题为中途岛之战的文章，详细叙述了在军令部讨论的情况。 】黑岛和渡边摇起了橄榄枝，许下诺言说，联合舰队在中途岛得手后一定去对付斐济和萨摩亚有谁能怀疑日本会打赢中途岛这一仗呢？ 【注：对黑岛的采访，一九六四年十一月二十八日。 】谁能怀疑联合舰队的威力，特别是南云的航空母舰部队就在那一天四月五日重创了停泊在锡兰科伦坡港内的敌货船队后又击沉了英巡洋舰多塞特郡号和康沃尔号？ 【注：渊田美津雄和奥宫正武《中途岛海战》，第四十二｜四十三页。 】
军令部要求修改这一作战计划，联合舰队表示同意。山本原计划集中全部兵力攻打中途岛，而军令部的意见是同时也对阿留申群岛实施攻击。攻打阿留申群岛不仅是一次牵制性行动渡边很喜欢兵分两路的方法，而且也是海军对建立大东亚共荣圈的一个贡献。东京方面的计划者们已经意识到阿留申群岛一带常有恶劣天气，难以成为有效的基地；但是该地区可以成为经过中途岛不远处并一直延伸到新几内亚和澳大利亚之间的托里斯海峡这一弧形保护圈的锚地。此外，日军控制阿留申群岛后，即使俄国参加对日作战，美国也无法在荷兰港与符拉迪沃斯托克之间实施穿梭轰炸。 【注：巴德对三代的采访，一九六六年五月六日；巴德对渡边的采访，一九六六年二月三｜四日。 】
这样，有那么一段时间，双方皆大欢喜。对联合舰队来说，攻打中途岛计划得到了军令部的批准，而军令部也得到了联合舰队把攻打阿留申群岛纳入该计划的保证。最感到高兴的也许要数南云部队了。四月九日，它对英国在锡兰亭可马里的基地内的飞机和设施进行了轰炸，那天晚些时候又击沉了英国航空母舰赫尔默斯号及其护航驱逐舰吸血鬼号。 【注：《中途岛海战》，第四十三｜四十五页。 】
如果说山本还需要什么来证实坚持攻打中途岛的意见的话，那么一九四二年四月十八日他就找到了证据。那天美国詹姆斯‧杜利特尔陆军中校率十六架Ｂ｜２５轰炸机飞袭了东京、横滨和其它一些日本城市。日本海军当局早就估计到了这种可能性。宇垣在一九四一年十二月二十六日就在日记中写道，几乎可以肯定，美国重整部队后会来报复的必须保护东京使其不受空袭，这是必须牢记的最重要的事情。
早在一九四二年二月八日，联合舰队作战参谋三和义勇海军中佐就预料到敌空袭东京的可能性。但认为这并不是个大问题。不过，毕竟东京是我们的首都，是我们神圣国土的中心。因此，从这个意义上说，无论如何不允许此类事情发生。 【注：三和日记，一九四二年二月八日。 】
这位四十三岁英俊、聪明的飞行员并不是无事惊慌的人。他原在霞浦日本的彭萨科拉【译者注：霞浦是日本海军一级航空站，彭萨科拉是美国海军一级航空站。 】任主任参谋的要职。一九四一年战争爆发前一个月：山本需要他在海军航空方面出色的经验和迅速、准确的专业判断能力，把他调到身边当参谋。三和不仅是个训练有素的飞行员，而且在过去近二十年里曾在日本海军航空部队的各个部门任过职，研究过并熟谙空中战术和战略。他毕业于东京海军参谋学院，因此，将来很有可能晋升为将官。
南云及其幕僚们对杜利特尔空袭东京的消息并不感到十分意外。当时，南云率领赤城号从印度洋回国，正驶至台湾与菲律宾群岛中间。他们已经预见到美国人迟早要进行这种行动，但估计袭击将来自航空母舰上的海军飞机，而且这艘航空母舰得驶到距日本本土三百海里处才行。然而，杜利特尔使用的是陆军轰炸机，是从距日本本土约七百海里外起飞的。这样就打乱了日本的防御计划，因为，尽管守方已经接到了关于发现美特混舰队的报告，但他们估计敌机次日才会出现。三和写道，因此，当东京来电话说东京和横滨地区被炸，我们根本不相信。 【注：三和日记，一九四二年四月十八日。 】
不仅如此，来空袭的美机飞得比预料的低得多，从日本陆军战斗机眼皮底下溜了过去。渊田及其飞行员们认为美这次空袭战略实在高超。当了解到空袭飞机是单程飞行时，他们对这些人表示了由衷的钦佩。 【注：对渊田的采访，一九六七年八月二十四日。 】
虽然杜利特尔的空袭实际战果甚微，但正如黑岛所说，它使日本打了个冷颤。 【注：对黑岛的采访，一九六四年十一月二十八日。 】日本报纸《东京日日新闻》为此发表了一篇调子冷静的社论：
在现代战争中，不可能绝对排除敌方空袭的可能性，这是人所共知的常识。敌方星期六对京滨地区和其他地区的空袭只是表明不可避免的事确实发生了，在大东亚战争中，日本正在与有着强大空中力量的可怕的对手较量，因此，我们对这类事件是有充分准备的
皇室绝对安全
虽然这次空袭对日本是第一次；但这类事件还会经常发生，全体国民必须有所准备。据信，以后的空袭会更猛烈，规模会更大。全体国民必须抱定更坚定的决心，冷静而充满信心地对付之。 【注：引自《日本时报和广告报》，一九四二年四月十九日。 】
这种极其客观而现实的态度持续时间不长。没多久，陆军就宣布它击落了九架敌机。三和在日记中说，事实上一架敌机也没有打下来。我真不明白陆军虚报战绩目的何在？ 【注：三和日记，一九四二年四月十九日。 】目的很清楚，因为报界不久就开始遮掩空袭事件。四月二十七日，星期三，政府的英文报纸《日本时报和广告报》评论说：
这件事本身已经证明是一件不引人注意的小事，大多数东京市民都没有意识到这次空袭警报与平时防空演习警报有什么不同
日本空防的成功可以从下面的事实看出来：只有约十架敌机在中午时突破了日本警戒线一艘美航空母舰可以起飞近百架飞机，但仅有十架突入我几乎密不透风的空防，这真是少有的记录。
这次空袭最确凿地证明美国现在是处于多么绝望的境地这次空袭纯粹是为了讨好国内公众，堵他们的嘴巴，平息他们的批评
虽然这服镇静剂挺甜，但仍有许多日本人因为看到海军竟然让美国人的军舰开到离神圣的本土海岸这么近的地方而有所醒悟。山本本人收到的信件中虽然有的仍是他听惯了的颂扬之词，但也确有不少是对他兴师问罪的。 【注：三和日记，一九四二年四月二十四日。 】这次空袭敲了一下山本的傲气。他对天皇和皇族的安全忧心忡忡，进攻的劲头也小了下来，此后再也没有完全恢复。现在，他比以往任何时候都更加坚持要在阿留申群岛和中途岛之间建立警戒线。 【注：对渊田的采访，一九六七年四月二十四日。 】三和在四月二十日的日记中概括地归纳了山本的推论：
根据在南昌抓获的俘虏的供词，美机似乎是从航空母舰上起飞的。如果真是这样，这一行动即便是敌人干的，也应该被看成是件好事。要压制敌方这类企图，就必须在夏威夷登陆，舍此别无他法。这样，登上中途岛就成了先决条件。这正是联合舰队极力主张中途岛作战的原因所在。
不仅如此，原先拒绝参加中途岛作战的陆军在杜利特尔空袭东京后，也坚决要求参加。 【注：巴德对渡边的采访，一九六六年二月三｜四日。 】
陆军部长史汀生发现，观察他们（日本人）在这种情况下的举动很有趣。他们并没有很好地自我克制。他原来对总统喜欢的这个计划还有些怀疑，担心这次空袭对日本造成不了大的伤害，反而会导致他们激烈的报复。现在他承认这次行动在心理上产生的效果很好【注：史汀生日记，一九四二年四月十八日。 】
然而，四月二十一日，史汀生部长召见参谋长乔治‧Ｃ‧马歇尔将军和陆军航空兵司令Ｈ‧Ｈ‧阿诺德将军，跟他们认真地商谈了有关日军攻打西海岸的可能性他在日记中作了说明：
我深感有这种危险：我们最近轰炸东京、横滨， 日本人已大大地丢了脸，他们一定会动用航空母舰进行反攻。但是西海岸兵力仍然严重不足，而且麻烦的是我们还很难派出轰炸机去支援他们。 【注：史汀生日记，一九四二年四月二十一日。 】
一位对珊瑚海海战进行分析的美国专家把杜利特尔空袭东京所产生的意外结果列为一条经验教训：
整个这次行动突出了一条战略原则：空袭可以造成比原先期望的大得多的战略效果。这次空袭规模太小，未能给对方造成物质上的重大创伤；但是，由于对方担心再受袭击，所以它的政治影响是巨大的，而且看来已经使日本改变了它在其他战区的作战时间表。显然，日本实施包括攻占中途岛在内的总的战略计划的决心已坚定不移。 【注：《对一九四二年五月一｜十一日珊瑚海战役的战略战术分析》（以下称《珊瑚海战役分析》），第一百一十五页。 】
从地理上说，南云的航空母舰部队追击杜利特尔的航空母舰部队是不可行的，于是日本航空母舰驶回本土，准备进行休整、修理、训练。四月二十二日抵达日本后，南云和参谋们没有耽搁，很快就上了大和号。在旗舰的参谋室里，他们第一次听到了拟议中的中途岛作战计划。总的说来，航空母舰上的人们赞成这一计划，尤其是恃强逞能的第二航空母舰战队司令山口多闻海军少将。他一直想大打一场，渴望把美国的舰队清除出太平洋。 【注：草鹿龙之介海军中将填写的未注明日期的调查表，以下称草鹿的陈述；《中途岛海战》，第九十三页。 】
南云的聪明能干的航空参谋源田实海军中佐把这次新的行动看作是完成珍珠港袭击未竟之事的一个机会。他说，我赞成这项计划，因为我希望通过中途岛之战，我们能有机会迫使美主力与我决战。当听到联合舰队计划以后还要攻占夏威夷时，他认为作为第一步攻打中途岛环礁是很重要的，不过他更希望把中途岛行动作为舰队行动，而不是登陆作战。
源田注意到南云的态度并不十分明确。他的多数同事对这一步没有什么反应。 【注：源田实填写的未注明日期的调查表，以下称源田的陈述。 】当源田听说有人想在阿留申群岛与中途岛之间建立一道屏障保护本土时，他觉得这是种幼稚的做法。 【注：对渊田的采访，一九六四年二月十四日。 】按南云的参谋长草鹿龙之介海军少将的说法，第一航空舰队的大多数参谋反对此项计划，他们向联合舰队司令部激烈地提出了反对意见，草鹿自己就带头反对：
我反对这个计划，理由是：尽管自珍珠港作战以来，机动部队在各战区战果辉煌，但是它，特别是它的飞行员们已精疲力竭，舰只和设备也都需要维修。我的意见是将这些飞行员调到岸上空军基地去，为下次作战训练新的飞行员，同时，应换上新飞行员，修缮舰只，充实武器弹药。这样，拥有新练就和补充的空军的机动部队就有能力投入下次战斗。再说，进攻中途岛是否明智我很怀疑。 【注：草鹿的陈述。 】
然而，没过多久，第一航空舰队的幕僚们就明白了：邀他们来是听取指示而不是发表意见的。正如草鹿所说，事实上，这一计划联合舰队司令部早已确定，我们只好全盘接受。但是，思想一向公正不偏的草鹿承认，山本根本不必这么硬逼他们。他在日记中坦率地写道，由于在第一阶段轻易取胜，我们日本人瞧不起美国人的力量，感到自己很了不起。也就是说，我们以为，即使他们会出来跟我们打，我们也能轻而易举地消灭他们。南云虽然同意草鹿的想法，可他一点也不怀疑他的舰队能够胜利完成山本交给的任何任务。 【注：同上。 】
四月二十八日，山本在大和号上召开会议，探讨战争第一阶段的经验教训。三和讥诮说，研究至今仍是场场胜利的战争，这样的会议令人愉快，可是并没有开出多大结果来。 【注：三和日记，一九四二年四月二十八日。 】
会上，山口极力主张应将联合舰队组建成以航空母舰为核心的三支庞大的机动部队。这与渊田的思想是一致的，他俩都认为日本有绰绰有余的战舰、巡洋舰、驱逐舰等支援舰只用于掩护部队，有足够的航空母舰把两支庞大的机群运送到海上，而且，按预定计划，到年底还会有足够的新的航空母舰可用来组成第三支机动部队。空军【Ｊ注：指第一航空舰队】认为联合舰队司令部同意了他们的建议，但是时间一天天地过去了，却总不见建议被实施。 【注：《中途岛海战》，第九十八｜九十九页。 】
山本对这种普遍进行自吹自擂的气氛有些恼火。四月二十九日十八时，他在会议结束时作了简短的讲话，警告说，如果不根据长远计划进行更多的作战准备并在作战中作出更大努力，最后胜利是很难取得的。他强调指出：如果陶醉于过去的一系列战斗胜利，并认为今后我们一定也会战无不胜，这种思想就像疾病缠身，是有害的。 【注：三和日记，一九四二年四月二十九日。 】
同一天，即四月二十九日，尼米兹向美国舰队总司令欧内斯特‧Ｊ‧金海军上将发了一份电报。要是山本看了，真不知他在会上对那些忠心耿耿而又有点沾沾自喜的部下会说些什么。尼米兹的电报说：
中途岛防御问题我认为该岛目前能抵御中等规模的进攻，但对付大规模的进攻则需舰队支援。我拟于五月二日上午视察该岛。我将充分考虑可行的加强及支援该岛的措施。 【注：富兰克林‧Ｄ‧罗斯福的文件。 】