敌舰队中似乎有一艘航空母舰殿后（五时二十分）。 【注：日本的叙述，第七页。 】利根号上的大忙人四号侦察机发回的这个报告使日本人大为震惊，其程度比美机在那天上午扔下的哪一颗炸弹都厉害。
草鹿回忆说：虽然我们并没有完全排除这种不测，但我的确大吃一惊。 【注：草鹿的陈述；《联合舰队》，第八十五页。 】从理智上接受一个概念是一回事，相信确有其事则又是一回事。利根号上的侦察机八时零九分的报告并没有排除在这一海域有航空母舰的可能性，这一点南云及其幕僚是一清二楚的，因此他们只是暂时松了一口气。这下真的发现美国航空母舰了，他们感到很是意外。
糟糕！草鹿暗自吃了一惊。
一个人头脑中所考虑的问题，另一个人很难确切知道。但草鹿却了解南云。只有才干卓著、忠心耿耿的参谋长对自己的长官才能有这样的了解。一个人对另一个人的了解，大概最多也只能达到这种程度。草鹿发现在危急关头，南云既没有郁郁不悦，也没有举棋不定。草鹿说：也许他曾一度感到震惊，但我认为，面临这种突然情况，谁都可能一下子感到很吃惊。 【注：草鹿的陈述。 】
这个报告大约在八时三十分送到南云手中，【注：日本的叙述，第七页。 】而且来得正是时候。仅在几分钟之前，天边曾出现大批飞机，护航舰艇很自然地就把它们当成又一批来犯敌机，于是向它们开了火。 【注：悲剧之战。 】幸亏有人眼尖，认出他们是我方攻击中途岛后返航的飞机，才没有造成损失。 【注：日本的叙述，第六页。 】友永的返航飞机盘旋着待命降落，这时南云及其幕僚正在研究分析来自利根号上四号机的最新报告。
友永的飞机和侦察机的情报同时到达。这就迫使南云去作出既十分关键又非常棘手的决定。毫无疑问，应当攻击这艘航空母舰以及为之护航的巡洋舰和驱逐舰。正如源田所说：我们当时都觉得是中了埋伏。这也促使我们下决心无论如何要与敌人决战一场。在这方面，南云的任务是明确的，问题在于，他是立即把当时所有的飞机派去攻击敌航空母舰，还是让友永的飞机降落，补充油料和弹药，再以集团进攻来对付这一威胁？ 【注：源田的陈述。 】
这时，山口通过野分号驱逐舰打信号提出了自己的见解：宜立即派出攻击部队。 【注：源田和草鹿的陈述；悲剧之战；《中途岛海战》，第一百六十九｜一百七十页。据日本的叙述，南云的战斗日志中没有记载山口的这个意见。 】这是多此一举，因为如果南云要征求他的意见，是会问他的。山口保持了一段时间的缄默，现在再也憋不住了。他性情急躁，求战心切，又与南云不睦。而且他似乎毫不怀疑，由他来担任机动部队司令，他会比他的上司南云更称职。 【注：宇垣日记，一九四二年六月八日】
南云无须这个督促。他是袭击珍珠港的胜利者，对突然袭击和速战速决的作用比谁都清楚。但南云手上捏着几百号人的性命。对此，他要对山本，对天皇，对列祖列宗的神灵负责。这时候，机动部队中能立即起飞的只有飞龙号和苍龙号上的三十六架俯冲轰炸机，以及停放在赤城号和加贺号飞行甲板上的已经换装上单重八百公斤炸弹的鱼雷机。这两艘舰上其余的鱼雷机还正在换装炸弹。 【注：源田的陈述。 】
不宜立即派飞机去歼灭美舰队有三个原因。第一，实施鱼雷轰炸是日本海军航空兵的专长，水平轰炸无论如何也不理想，效果也差，而俯冲轰炸的效果也不见得好多少。第二，南云已派不出战斗机来为轰炸机护航。他的战斗机已全部升空，有的正随友永的飞机一起在天上盘旋，有的正在追歼中途岛的陆基攻击飞机的残兵败将，还有一部分受了伤。所有这些飞机上油料都已所剩无几。
在这个问题上，草鹿的态度是坚定的。他说：山口提出的不补充油料弹药就去攻击敌舰队的观点，我并不完全反对，但不派战斗机掩护这一点，我是不同意的。因为我亲眼看见了没有战斗机掩护的美轰炸机是怎样被我方战斗机无情地、几乎全部消灭的。我真心实意地想尽量为他们提供战斗机掩护。 【注：草鹿的陈述。 】
最后，还有一个重要原因。不清理出飞行甲板，就无法回收攻击中途岛后返航的飞机。每一秒钟它们的油料都在下降，许多飞机处境危急。源田说：这关系到第一波一百多架精锐飞机是否会因为在水面迫降而报销。
作为第一航空舰队航空参谋的源田不禁犹豫起来：难道真要让大约二百名技术熟练的飞行员在海上迫降，眼巴巴地盼着在一旁待命的驱逐舰来救他们。另外，他与草鹿两人意见完全一致，也认为刚才的战斗有力地证明了没有战斗机掩护，空中攻击部队是不能给有战斗机护航的敌部队造成什么损失的。基于这些原因，源田向南云和草鹿建议，先回收第一波飞机，再准备发起攻击。
要把在天上嗡嗡盘旋的第一波飞机收回，首先必须清理飞行甲板，这样送下机库的飞机可以趁此机会重新卸下炸弹，换装鱼雷。在舰桥上，南云综观全局、权衡利弊，丝毫没有陷入哈姆雷特式的沉思和犹豫。源田坚定地认为：当机立断的人是绝不会犹豫不决的。 【注：源田的陈述。 】收到利根号上侦察机的无线电报告顶多一一二分钟后，南云就迅速下令：舰载轰炸机准备第二次攻击。装上二百五十公斤重的炸弹（鱼雷）。 【注：日本的叙述，第十六页。 】
脾气很好的增田乐呵呵地说道：你看看，又得重来一遍！这玩艺儿像快速换装比赛了。 【注：《中途岛》，第一百七十｜一百七十一页。 】有些作业队员则不那么开心，因为这些笨重的家伙得由他们来搬运、堆放，卸下、装上。他们相互议论：司令部究竟在搞什么名堂？ 【注：悲剧之战。 】
经过五分钟的紧张突击，甲板清理完毕。八时三十七分，桁端升起开始降落的信号。飞龙号上的一架轰炸机刚降落，被机枪打伤的驾驶员角野博治海军大尉就昏过去了。 【注：《中途岛海战》，第一百六十四页。 】友永走出飞机，与桥本海军大尉并肩而行。他若有所思地说：离岛不远时我们遭到敌战斗机攻击，我以为这下完蛋了。自支那事件以来，我多次死里逃生，所以我这次即使死，也死而无憾了。但我想，像你这样的年轻人不该死。桥本看到自己所衷心钦佩的飞行队长在这种情况下还记挂着自己，深为感动，心中十分感激。 【注：桥本的陈述。 】
千早在赤城号上降落后气得哇哇直叫：把友机当敌机的炮兵指挥官应当撤职！他和他的队友山田海军大尉向舰桥报告说，岛上的简易机场不像日本情报资料所说的只有一个，而是有三个。
敌人出动战斗机没有？渊田问道。他急于想了解这次袭击的每个细节，仍然认为这次攻击严格地说是他的事。
我们离岛大约还有十分钟的时候，格鲁曼式飞机出动，弄得我们很狼狈，山口答道。他还说高炮火力比预料的要猛。 【注：悲剧之战。 】
直到九时十八分，最后一架飞机才降落。这时赤城号上忙得不亦乐乎。大约八时三十分，舰桥上又收到利根号上那架可靠的侦察机的报告：又发现巡洋舰二艘，方位八度，距中途岛二百五十海里，航向一百五十度，航速二十五节，八时四十五分，赤城号收到一份内容几乎完全相同的电报。 【注：日本的叙述，第十六｜十七页。 】
这项报告没有引起多大波动。草鹿认为这也许只说明敌航空母舰群不是一个，而是二个。这样，机动部队就应当攻击先发现的那个航空母舰群，因为它可能离得近些。 【注：草鹿的陈述。 】但如果像大多数参谋人员所推测的那样，这二艘巡洋舰只是后加入先前发现的舰群的，那将无碍于大局。南云已经作了决定。甲板下的机库里，穿着短衬衫和短裤的舰员们正汗流浃背地把单重八百公斤的炸弹卸下来。他们没有把这些炸弹送进弹药库，而是把它们胡乱地堆在机库附近。 【注：《中途岛海战》，第一百七十一页。 】
按照南云的计划，赤城号和加贺号应当在十时三十分前把所有飞机都加足油，把所有轰炸机都挂上鱼雷，作好起飞准备，苍龙号和飞龙号最迟不得超过十一时也要把一切准备就绪。他计划第一波每舰起飞三架战斗机，从赤城号、苍龙号和飞龙号各起飞十八架轰炸机，从加贺号起飞二十七架轰炸机。 【注：同上，第八页。 】
与此同时，南云下令苍龙号派出一架高速试验型侦察机，前去核实利根号上那架侦察机所报告的敌情。 【注：日本的叙述，第七页。 】大约在同一时间里，即八时四十五分，阿部下令筑摩号派一架零型水上飞机去执行同样的任务。他作出这项决定时，利根号上的侦察机报告说它正在返航。 【注：同上，第十六页。 】
阿部当即严令该机暂缓返航，南云命令其打开发报机，准备测向。这一命令的言外之意就是让其当信标，为机动部队向敌舰队运动导航。阿部也向其转达了内容相同的命令，并要其监视敌人，等待筑摩号上的四架飞机到来。由于通讯量陡增，这位侦察机的驾驶员一定是忙得不可开交。 【注：日本的叙述，第十七页。 】
山本的联合舰队司令部由于监听到一部分无线电通讯的内容，所以对战局的发展相当明了。当他们知道有一艘美航空母舰处在机动部队的攻击范围之内时感到很高兴。宇垣在日记中写道：开始我们很乐观，以为这就是我们一直在寻找的美特混舰队。我们还考虑，在立即派出第二攻击波击沉敌航空母舰后如何歼灭其残部呢！ 【注：宇垣日记，一九四二年六月八日。 】
直到这时，山本以及他的参谋们才知道，美国人有一艘航空母舰就在附近活动，或者更确切地说，在中途岛以西有美舰活动。如此看来，这种不负责任的乐观情绪实在令人惊愕。这种不负责任的乐观情绪使他们无视这一不愉快的事实，按照他们的时间表，现在还不到发现敌航空母舰的时候。
山本问黑岛：你是否认为我们应当命令南云马上攻击美航空母舰？我想最好立即下达命令。
黑岛提醒山本说：南云已准备拿出一半航空兵力来攻击美航空母舰特混舰队，也许他已经在准备进攻了。于是山本就将此事搁下了。对于自己所说的这番话，黑岛直到临死仍深感内疚。
如果当时黑岛毕恭毕敬地说一声是的，长官，那么一项由山本签发的命令也许能促使南云立刻发动进攻。黑岛事后万分懊恼地说：南云没有按联合舰队的要求去做，这是我的过错。实际上黑岛首席参谋过高地估计了南云。他以为南云懂得中途岛之战的目的是攻击敌航空母舰部队，因而会完全想到去发动进攻。 【注：对黑岛的采访，一九六四年十一月二十八日。 】
可是，专门把攻占中途岛列为一号优先作战任务的人是黑岛，【注：见本书第四章。 】机动部队别出心裁地把鱼雷改换成炸弹的决定，其想法和做法都据此而来。南云之所以按兵不动，并非是不想攻击美航空母舰部队。恰恰相反，他很想拿出像样的兵力发动攻击，并尽可能取得成功。
南云居然步了迷糊蛋西奥博尔德的后尘，这真是绝妙的讽刺。他的指挥决定从理论上是无懈可击的，但偏偏是错误的。南云不知道自己已丧失了主动权，而且也没有充分理由认为南云根据当时手头的情报会怀疑这一点。当然他不必惊慌失措，在没有充分准备的情况下，不必去攻击一支大大处于劣势的敌舰队。
决定作出之后，南云于八时三十五分发信号给各舰：完成回收任务后向北航行。我们计划寻歼这支特混舰队。接着他正式向山本报告说：五时发现敌舰队，计有航空母舰一艘、巡洋舰五艘、驱逐舰五艘，方位十度，距中途岛二百四十海里。我们正向敌方驶去。 【注：日本的叙述，第十七页。 】
他删繁就简，对情况作了这番简明扼要的概括。对第二次发现二艘巡洋舰一事他只字未提。对于为什么在发现敌人将近一小时后才动手，他也未作任何解释。他也没有告诉山本：不把攻击中途岛的飞机全部回收，他不能改变航向。如果山本要靠这份报告来了解战况，他就会变成一个被人搞得糊里糊涂的将军了。
八时五十九分，友永的最后一架轰炸机降落。只剩下几架战斗机还没有回收。九时零一分，南云草草地看了一下由不知疲倦的利根号上的侦察机发来的最新报告：收到命令。这是指他收到了南云八时五十四分发出的命令。他又补充了一句，似乎是又想起来的：敌鱼雷机十架正朝你方向飞去【注：日本的叙述，第十七页。 】